BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkter

Hi-C basert Genome Assembly

Hi-C er en metode designet for å fange kromosomkonfigurasjon ved å kombinere sonderende nærhetsbaserte interaksjoner og sekvensering med høy gjennomstrømning.Intensiteten til disse interaksjonene antas å være negativt korrelert med fysisk avstand på kromosomene.Derfor kan Hi-C-data veilede klynging, rekkefølge og orientering av sammensatte sekvenser i et utkast til genom og forankre disse på et visst antall kromosomer.Denne teknologien styrker en genomsamling på kromosomnivå i fravær av populasjonsbasert genetisk kart.Hvert genom trenger en Hi-C.

Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen / DNBSEQ


Tjenestedetaljer

Demo resultater

Kasusstudie

Tjenestefordeler

1Prinsipp-av-Hi-C-sekvensering

Oversikt over Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Vitenskap, 2009)

● Ingen behov for å konstruere genetisk populasjon for contig-ankring;
● Høyere markørtetthet som fører til høyere contigs forankringsforhold på over 90 %;
● Muliggjør evaluering og korreksjoner på eksisterende genomsammenstillinger;
● Kortere omløpstid med høyere nøyaktighet i genomsamling;
● Rikelig erfaring med over 1000 Hi-C-biblioteker konstruert for over 500 arter;
● Over 100 vellykkede saker med akkumulert publisert effektfaktor på over 760;
● Hi-C basert genomsammenstilling for polyploid genom, 100 % forankringshastighet ble oppnådd i tidligere prosjekt;
● Interne patenter og programvareopphavsrett for Hi-C-eksperimenter og dataanalyse;
● Egenutviklet programvare for visualisert datainnstilling, muliggjør manuell blokkflytting, reversering, tilbaketrekking og omgjøring.

Tjenestespesifikasjoner

 

Bibliotektype

 

 

Plattform


Les lengde
Anbefal strategi
Hei-C
Illumina NovaSeq
PE150
≥ 100X

Bioinformatikkanalyser

● Kvalitetskontroll av rådata

● Hi-C-bibliotekets kvalitetskontroll

● Hi-C basert genomsammenstilling

● Evaluering etter montering

HiC arbeidsflyt

Prøvekrav og levering

Eksempelkrav:

Dyr
Sopp
Planter

 

Frosset vev: 1-2g per bibliotek
Celler: 1x 10^7 celler per bibliotek
Frosset vev: 1g per bibliotek
Frosset vev: 1-2g per bibliotek

 

 
*Vi anbefaler på det sterkeste å sende minst 2 alikvoter (1 g hver) for Hi-C-eksperimentet.

Anbefalt prøvelevering

Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
For de fleste prøvene anbefaler vi å ikke konservere i etanol.
Prøvemerking: Prøver må være tydelig merket og identiske med innsendt prøveinformasjonsskjema.
Forsendelse: Tørris: Prøver må først pakkes i poser og begraves i tørris.

Servicearbeidsflyt

Prøve QC

Eksperimentdesign

prøvelevering

Prøvelevering

Piloteksperiment

DNA-ekstraksjon

Bibliotekforberedelse

Bygging av bibliotek

Sekvensering

Sekvensering

Dataanalyse

Dataanalyse

Ettersalgstjenester

Ettersalgstjenester


  • Tidligere:
  • Neste:

  • *Demoresultatene vist her er alle fra genomer publisert med Biomarker Technologies

    1.Hi-C interaksjon varme kart overCamptotheca acuminatagenom.Som vist på kartet er intensiteten av interaksjoner negativt korrelert med den lineære avstanden, noe som indikerer en svært nøyaktig sammenstilling på kromosomnivå.(Forankringsgrad: 96,03 %)

    3Hi-C-interaction-heatmap-showing-contigs-anchoring-in-genome-assembly

    Kang M et al.,Naturkommunikasjon, 2021

     

    2.Hi-C forenklet valideringen av inversjoner mellomGossypium hirsutumL. TM-1 A06 ogG. arboreumChr06

    4Hi-C-varmekart-lette-avsløre-av-inversjoner-mellom-genomer

    Yang Z et al.,Naturkommunikasjon, 2019

     

     

    3. Montering og biallelisk differensiering av kassava-genomet SC205.Hi-C varmekart vist tydelig splitt i homologe kromosomer.

    5Hi-C-varmekart-viser-homologe-kromosomer

    Hu W et al.,Molekylær plante, 2021

     

     

    4.Hi-C varmekart på to Ficus-arters genomsamling:F.microcarpa(forankringsgrad: 99,3%) ogF.hispida (forankringsforhold: 99,7 %)
    6Hi-C-varmekart-viser-kontig-forankring-av-Ficus-genomer

    Zhang X et al.,Celle, 2020

     

     

    BMK sak

    Genomene til Banyantreet og pollinatorvepsen gir innsikt i fikenvepsens koevolusjon

    Publisert: Celle, 2020

    Sekvenseringsstrategi:

    F. microcarpa genom: Ca.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

    F. hispidagenom: Ca.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

    Eupristina verticillatagenom: Ca.170 X PacBio RSII (65 Gb)

    Nøkkelresultater

    1.To banyantreegenom og ett pollinatorvepsgenom ble konstruert ved bruk av PacBio-sekvensering, Hi-C og koblingskart.
    (1)F. microcarpagenom: En samling på 426 Mb (97,7 % av estimert genomstørrelse) ble etablert med contig N50 på 908 Kb, BUSCO-score på 95,6 %.Totalt ble 423 Mb-sekvenser forankret til 13 kromosomer med Hi-C.Genomannotering ga 29 416 proteinkodende gener.
    (2)F. Hispidagenom: En samling på 360 Mb (97,3 % av estimert genomstørrelse) ble utbytte med contig N50 på 492 Kb og BUSCO-score på 97,4 %.Totalt 359 Mb-sekvenser ble forankret på 14 kromosomer med Hi-C og svært identiske med koblingskart med høy tetthet.
    (3)Eupristina verticillatagenom: En samling på 387 Mb (estimert genomstørrelse: 382 Mb) ble etablert med contig N50 på 3,1 Mb og BUSCO-score på 97,7%.

    2. Sammenlignende genomikkanalyse avdekket et stort antall strukturvariasjoner mellom toFicusgenomer, som ga uvurderlig genetisk ressurs for adaptive evolusjonsstudier.Denne studien ga for første gang innsikt i samevolusjon av fig-veps på genomisk nivå.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-studie

    Circos-diagram på genomiske trekk ved toFicusgenomer, inkludert kromosomer, segmentelle duplikasjoner (SD), transposoner (LTR, TE, DNA TE), genuttrykk og synteny

    PB-full-lengde-RNA-alternativ-spleising

    Identifikasjon av Y-kromosom- og kjønnsbestemmelseskandidatgenet

     
    Henvisning

    Zhang, X., et al."Genomer av Banyan Tree og Pollinator Wasp gir innsikt i Fig-Wasp Coevolution."Cell 183.4(2020).

    få et tilbud

    Skriv din melding her og send den til oss

    Send din melding til oss: