HI-C-basert genomsamling
HI-C er en metode designet for å fange opp kromosomkonfigurasjon ved å kombinere sondering av nærhetsbaserte interaksjoner og sekvensering med høy gjennomstrømning. Intensiteten til disse interaksjonene antas å være negativt korrelert med fysisk avstand på kromosomer. Derfor brukes HI-C-data for å veilede gruppering, bestilling og orientering av samlede sekvenser i et utkast til genom og forankre dem på et visst antall kromosomer. Denne teknologien styrker et genomsamling på kromosomnivå i fravær av et populasjonsbasert genetisk kart. Hvert eneste genom trenger en HI-C.
Servicefunksjoner
● Sekvensering på Illumina Novaseq med PE150.
● Tjeneste krever vevsprøver, i stedet for ekstraherte nukleinsyrer, for å tverrbinding med formaldehyd og bevare DNA-protein-interaksjonene.
● HI-C-eksperimentet innebærer begrensning og sluttreparasjon av de klissete endene med biotin, etterfulgt av sirkularisering av de resulterende stumpe ender mens de bevarer interaksjonene. DNAet trekkes deretter ned med streptavidinperler og renses for påfølgende bibliotekforberedelse.
Tjenestefordeler
Oversikt over Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Vitenskap, 2009)
●Eliminere behovet for genetiske populasjonsdata:HI-C erstatter den essensielle informasjonen som kreves for å forankre seg.
●Høy markørtetthet:som fører til et høyt forankringsforhold over 90%.
●Omfattende kompetanse- og publikasjonsoppføringer:Bmkgene har enorm erfaring med mer enn 2000 tilfeller av Hi-C-genomsamling fra 1000 forskjellige arter og forskjellige patenter. Over 200 publiserte tilfeller har en akkumulert påvirkningsfaktor på over 2000.
●Meget dyktig bioinformatikkteam:Med interne patenter og programvareopphavsrett for HI-C-eksperimenter og dataanalyse, muliggjør den selvutviklede visualiseringsdataprogramvaren manuell blokkering av blokk, reversering, tilbakekalling og omgivelse.
●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets fullføring med en 3-måneders serviceperiode etter salg. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og spørsmål for å adressere spørsmål relatert til resultatene.
●Omfattende merknad: Vi bruker flere databaser for å funksjonelt kommentere genene med identifiserte variasjoner og utføre den tilsvarende berikelsesanalysen, og gir innsikt i flere forskningsprosjekter.
Servicespesifikasjoner
| Bibliotekforberedelse | Sekvenseringsstrategi | Anbefalt datautgang | Kvalitetskontroll |
| HI-C-bibliotek | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Prøvekrav
| Vev | Nødvendig beløp |
| Animal Viscera | ≥ 2 g |
| Dyremuskel | |
| Pattedyrblod | ≥ 2 ml |
| Fjærkre/fiskeblod | |
| Plant- Ferskt blad | ≥ 3 g |
| Dyrkede celler | ≥ 1x107 |
| Insekt | ≥ 2 g |
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Eksempellevering
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Etter salgstjenester
1) Rå data QC
2) HI-C-bibliotek QC: Estimering av gyldige HI-C-interaksjoner
3) HI-C-montering: Clustering av kontigter i grupper, etterfulgt av Contig-bestilling i hver gruppe og tilordne Contig-orientering
4) HI-C evaluering
HI-C Library QC-Estimering av HI-C gyldig interaksjonspar
Hi-C Assembly-Statistikk
Evaluering etter montering-Varmekart for signalintensitet mellom binger
Utforsk fremskrittene som BMKGENEs HI-C-samlingstjenester letter seg gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Tian, T. et al. (2023) 'genommontering og genetisk disseksjon av en fremtredende tørkeresistent mais-kimplasm', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl et al. (2020) 'En kromosomskala montering av det asiatiske honningbi-apis cerana genom', grenser i genetikk, 11, s. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/Bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) 'Avslører evolusjon av tropanalkaloidbiosyntese ved å analysere to genomer i Solanaceae -familien', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomer av Banyan Tree og Pollinator Wasp gir innsikt i fig-wasp coevolution', Cell, 183 (4), s. 875-889.e17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
