BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkter

Bulk Segregant-analyse

Bulked segregant analyse (BSA) er en teknikk som brukes for raskt å identifisere fenotype-assosierte genetiske markører.Hovedarbeidsflyten til BSA inneholder å velge ut to grupper av individer med ekstremt motstridende fenotyper, slå sammen DNAet til alle individer for å danne to bulker av DNA, identifisere differensielle sekvenser mellom to bassenger.Denne teknikken har blitt mye brukt for å identifisere genetiske markører som er sterkt assosiert med målrettede gener i plante-/dyre-genomer.


Tjenestedetaljer

Demo resultater

Kasusstudie

Tjenestefordeler

12

Takagi et al., The plant journal, 2013

● Nøyaktig lokalisering: Blanding av bulks med 30+30 til 200+200 individer for å minimere bakgrunnsstøy;ikke-synonyme mutatanter-basert kandidatregionprediksjon.

● Omfattende analyse: Inngående annotering av kandidatgenfunksjoner, inkludert NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG osv.

● Raskere behandlingstid: Rask genlokalisering innen 45 virkedager.

● Omfattende erfaring: BMK har bidratt med tusenvis av egenskaper lokalisering, og dekker ulike arter som avlinger, vannprodukter, skog, blomster, frukt, etc.

Tjenestespesifikasjoner

Befolkning:
Segregering av etterkommere av foreldre med motstridende fenotyper.
f.eks. F2-avkom, tilbakekryssing (BC), rekombinant innavlet linje (RIL)

Blandebasseng
For kvalitative egenskaper: 30 til 50 individer (minimum 20)/bulk
For kvantitativ tratis: topp 5 % til 10 % individer med enten ekstreme fenotyper i hele befolkningen (minimum 30+30).

Anbefalt sekvenseringsdybde
Minst 20X/foreldre og 1X/avkomindivid (f.eks. for avkomsblanding på 30+30 individer, vil sekvenseringsdybden være 30X per bulk)

Bioinformatikkanalyser

● Resekvensering av hele genomet
 
● Databehandling
 
● SNP/Indel-anrop
 
● Screening av kandidatregioner
 
● Annotering av kandidatgenfunksjon

流程图-BS-A1

Prøvekrav og levering

Eksempelkrav:

Nukleotider:

gDNA-prøve

Vevsprøve

Konsentrasjon: ≥30 ng/μl

Planter: 1-2 g

Mengde: ≥2 μg (Volum ≥15 μl)

Dyr: 0,5-1 g

Renhet: OD260/280= 1,6-2,5

Fullblod: 1,5 ml

Servicearbeidsflyt

Prøve QC

Eksperimentdesign

prøvelevering

Prøvelevering

Piloteksperiment

RNA-ekstraksjon

Bibliotekforberedelse

Bygging av bibliotek

Sekvensering

Sekvensering

Dataanalyse

Dataanalyse

Ettersalgstjenester

Ettersalgstjenester


  • Tidligere:
  • Neste:

  • 1. Assosiasjonsanalyse baserer på euklidisk avstand (ED) for å identifisere kandidatregion.I den følgende figuren

    X-akse: Kromosomnummer;Hver prikk representerer en ED-verdi av en SNP.Den svarte linjen tilsvarer den tilpassede ED-verdien.En høyere ED-verdi indikerer en mer signifikant assosiasjon mellom stedet og fenotypen.Rød stiplet linje representerer terskelen for signifikant assosiasjon.

    mRNA-FLNC-lese-lengde-fordeling

     

    2.Associasjonsanalyse basert på ingen SNP-indeks

    X-akse: Kromosomnummer;Hver prikk representerer SNP-indeksverdien.Den svarte linjen står for tilpasset SNP-indeksverdi.Jo større verdien er, jo mer betydningsfull er assosiasjonen.

    mRNA-fullstendig-ORF-lengde-fordeling

     

    BMK sak

    Hovedeffekten kvantitative egenskap locus Fnl7.1 koder for et rikelig protein i sen embryogenese assosiert med frukthalslengde i agurk

    Publisert: Plantebioteknologisk tidsskrift, 2020

    Sekvenseringsstrategi:

    Foreldre (Jin5-508, YN): Resekvensering av hele genomet for 34× og 20×.

    DNA-pooler (50 langhalsede og 50 korthalsede): Resekvensering for 61× og 52×

    Nøkkelresultater

    I denne studien ble segregerende populasjon (F2 og F2:3) generert ved å krysse langhalset agurklinje Jin5-508 og korthalset YN.To DNA-pooler ble konstruert av 50 ekstremt langhalsede individer og 50 ekstreme korthalsede individer.Major-effekt QTL ble identifisert på Chr07 ved BSA-analyse og tradisjonell QTL-kartlegging.Kandidatregionen ble ytterligere innsnevret ved finkartlegging, kvantifisering av genuttrykk og transgene eksperimenter, som avslørte nøkkelgen i kontroll av nakkelengde, CsFnl7.1.I tillegg ble polymorfisme i CsFnl7.1-promoterregionen funnet å være assosiert med tilsvarende uttrykk.Ytterligere fylogenetisk analyse antydet at Fnl7.1 locus er svært sannsynlig å stamme fra India.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-studie

    QTL-kartlegging i BSA-analyse for å identifisere kandidatregion assosiert med agurkhalslengde

    PB-full-lengde-RNA-alternativ-spleising

    LOD-profiler av agurkhalslengde QTL identifisert på Chr07

     
    Henvisning

    Xu, X. et al."Den kvantitative hovedeffekten locus Fnl7.1 koder for et rikelig protein i sen embryogenese assosiert med frukthalslengde i agurk."Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).

    få et tilbud

    Skriv din melding her og send den til oss

    Send din melding til oss: