● Dual bibliotek for å sekvensere det komplette transkriptomet: rRNA -uttømming etterfulgt av PE150 bibliotekforberedelse og valg av størrelse etterfulgt av SE50 bibliotekforberedelse
● Komplett bioinformatikkanalyse av mRNA, lncRNA, circRNA og miRNA i separate bioinformatikkrapporter
● Fellesanalyse av alt RNA -ekspresjon i en kombinert rapport, inkludert CERNA Networks -analyse.
●Dyptgående analyse av regulatoriske nettverk: CERNA -nettverksanalyse er aktivert ved leddsekvensering av mRNA, lncRNA, circRNA og miRNA og ved en uttømmende bioinformatisk arbeidsflyt.
●Omfattende merknad: Vi bruker flere databaser for å funksjonelt kommentere de differensialt uttrykte genene (DEG) og utføre den tilsvarende berikelsesanalysen, og gir innsikt i de cellulære og molekylære prosessene som ligger til grunn for transkriptomresponsen.
●Omfattende kompetanse: Med en merittliste for å lykkes med å lukke over 2100 hele transkriptomprosjekter innen forskjellige forskningsdomener, bringer teamet vårt et vell av erfaring til hvert prosjekt.
●Streng kvalitetskontroll: Vi implementerer kjernekontrollpunkter over alle trinn, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne omhyggelige overvåkningen sikrer levering av konsekvent høykvalitetsresultater.
●Støtte etter salg: Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets fullføring med en 3-måneders serviceperiode etter salg. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å adressere eventuelle spørsmål relatert til resultatene
Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefalt | Kvalitetskontroll |
rRNA utarmet | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
Størrelse valgt | Illumina SE50 | 10-20m leser |
Nukleotider:
Conc. (Ng/μl) | Beløp (μg) | Renhet | Integritet |
≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA -forurensning vist på gel. | Rin≥6,0 5,0 ≥28s/18S≥1,0; begrenset eller ingen baselinehøyde |
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Eksempelmerking: Gruppe+replikat Eg A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Dry-is: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. Rnastable rør: RNA -prøver kan tørkes i RNA -stabiliseringsrør (f.eks. Rnastable®) og sendes ved romtemperatur.
Bioinformatikk
RNA -ekspresjonsoversikt
Differensialt uttrykte gener
CERNA -analyse
Utforsk forskningsutviklingene tilrettelagt av Bmkgene 'hele transkriptomsekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Dai, Y. et al. (2022) 'Omfattende uttrykksprofiler av mRNA, lncRNA og miRNA i Kashin-Beck sykdom identifisert ved RNA-sekvensering', Molecular Omics, 18 (2), s. 154–166. doi: 10.1039/d1mo00370d.
Liu, N. Nan et al. (2022) 'Transkriptomanalyse av full lengde av kaldresistens av APIer Cerana i Changbai-fjellet i overvintrende periode.', Gen, 830, s. 146503–146503. doi: 10.1016/j.gene.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics integrasjonsbasert prioritering av konkurrerende endogene RNA-reguleringsnettverk i småcellet lungekreft: molekylære egenskaper og medikamentkandidater', Frontiers in Oncology, 12, p. 904865. Doi: 10.3389/fonc.2022.904865/bibtex.
Xu, P. et al. (2022) 'Integrert analyse av lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-ekspresjonsprofilene avslører ny innsikt i potensielle mekanismer som respons på rotknute nematoder i peanøtt', BMC Genomics, 23 (1), s. 1–12. doi: 10.1186/s12864-022-08470-3/figurer/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'Hele-transkriptom RNA-sekvensering fremhever molekylære mekanismer assosiert med opprettholdelse av postharvestkvalitet i brokkoli ved rød LED-bestråling', Postharvest Biology and Technology, 188, s. 111878. Doi: 10.1016/j.postharvbio.2022.111878.