Genom-bred assosiasjonsanalyse
Arbeidsflyt
Tjenestefordeler
●Omfattende kompetanse- og publikasjonsoppføringer: Med akkumulert erfaring i GWAS har BMKGene fullført hundrevis av artsprosjekter i befolkningens GWAS -forskning, hjulpet forskere med å publisere mer enn 100 artikler, og den kumulative påvirkningsfaktoren nådde 500.
● Omfattende bioinformatikkanalyse: Arbeidsflyt inkluderer SNP-Trait Association-analyse, og leverer et sett kandidatgener og deres tilsvarende funksjonelle merknad.
●Svært dyktige bioinformatikkteam og kort analysesyklus: Med stor erfaring med avansert genomikkanalyse leverer BMKGENEs team omfattende analyser med en rask behandlingstid.
●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets fullføring med en 3-måneders serviceperiode etter salg. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og spørsmål for å adressere spørsmål relatert til resultatene.
Tjenestespesifikasjoner og krav
| Type sekvensering | Anbefalt befolkningsskala | Sekvenseringsstrategi | Nukleotidkrav |
| Hele genomsekvensering | 200 prøver | 10x | Konsentrasjon: ≥ 1 ng/ ull Totalt beløp ≥ 30ng Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning |
| Spesifikt-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Tagdybde: 10x Antall tagger: <400 MB: WGS anbefales <1GB: 100K -tagger 1 GB > 2 GB: 300K -tagger Maks 500k -tagger | Konsentrasjon ≥ 5 ng/ull Totalt beløp ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Agarosegel: Ingen eller begrenset nedbrytning eller forurensning
|
Materiell valg
Ulike varianter, underarter, landraces/genbanks/blandede familier/ville ressurser
Forskjellige varianter, underarter, landraces
Half-Sib-familie/full-SIB-familie/ville ressurser
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Eksempellevering
RNA -ekstraksjon
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Etter salgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
- Genom-bred assosiasjonsanalyse: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM Model
- Funksjonell merknad av kandidatgener
SNP-Trait Association Analyse-Manhattan Plot
SNP-Trait Association Analyse-QQ Plot
Utforsk fremskrittene som er tilrettelagt av Bmkgens de Gwas -tjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner:
LV, L. et al. (2023) 'innsikt i det genetiske grunnlaget for ammoniakktoleranse i barberhøvel musling Sinonovacula constricta av genomomfattende assosiasjonsstudie',Havbruk, 569, p. 739351. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Multi-Omics-analyser av 398 Foxtail hirse-tiltredelser avslører genomiske regioner assosiert med domestisering, metabolittegenskaper og betennelsesdempende effekter',Molekylær plante, 15 (8), s. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genomomfattende assosiasjonskartlegging av Hulless knapt fenotyper i tørke miljø',Grenser i plantevitenskap, 13, s. 924892. Doi: 10.3389/fpls.2022.924892/bibtex.
Zhao, X. et al. (2021) 'GMST1, som koder for en sulfotransferase, gir motstand mot soyabønne mosaikkvirusstammer G2 og G3',Plante, celle og miljø, 44 (8), s. 2777–2792. doi: 10.1111/pce.14066.
