●Plattformer:Illumina NovaSeq 6000 og NovaSeq X Plus
●Sekvenseringsmoduser:PE150 og PE250
●Kvalitetskontroll av biblioteker før sekvensering
●Sekvenseringsdata QC og levering:levering av QC-rapport og rådata i fastq-format etter demultipleksing og filtrering av Q30-avlesninger
●Allsidigheten til sekvenseringstjenester:Kunden kan velge å sekvensere etter bane, flytcelle eller etter mengde data som kreves (delvis banesekvensering).
●Omfattende erfaring med Illumina-sekvenseringsplattformen:med tusenvis av avsluttede prosjekter med ulike arter.
●Levering av QC-rapport for sekvensering:med kvalitetsmålinger, datanøyaktighet og generell ytelse for sekvenseringsprosjektet.
●Moden sekvenseringsprosess:med kort behandlingstid.
●Streng kvalitetskontrollVi implementerer strenge kvalitetskontrollkrav for å garantere levering av resultater av gjennomgående høy kvalitet.
| Plattform | Flytcelle | Sekvenseringsmodus | Enhet | Estimert produksjon |
| NovaSeq X | 10B (8 baner) | PE150 | Enkeltfelt Delvis kjørefelt | 375 GB / fil |
| 25B (8 kjørefelt) | PE150 | Enkeltfelt Delvis kjørefelt | 1000 Gb/fil | |
| NovaSeq 6000 | SP Flow-celle (2 baner) | PE250 | Flytcelle Enkeltfelt Delvis kjørefelt | 325–400 millioner avlesninger/felt |
| S4 Flowcelle (4 baner) | PE150 | Flytcelle Enkeltfelt Delvis kjørefelt | ~800 Gb / fil |
| Datamengde (Gb) | Kons. (qPCR) PE150 | Kons. (qPCR) PE250 | Volum | |
| Delvis kjørefelt
| G ≤ 10 | ≥ 1 nM | ≥ 2nM | ≥ 25 μl |
| 10 < G ≤ 50 | ≥ 2 nM | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 < G ≤ 100 | ≥ 3 nM | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| G > 100 | ≥ 4 nM | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Enkeltfelt | Per kjørefelt | ≥ 1,5 nM/bibliotekspool | ≥ 2 nM/bibliotekspool | ≥ 25 µL/bibliotekpool |
I tillegg til konsentrasjon og totalmengde kreves også et passende toppmønster.
Merk: Filsekvensering av biblioteker med lavt mangfold krever PhiX-spike-in for å sikre robust basekall.
Vi anbefaler å sende inn forhåndssamlede biblioteker som prøver for banesekvensering. Hvis du trenger at BMKGENE skal utføre bibliotekspooling, se bibliotekkravene for delvis banesekvensering.
For PE150-sekvensering bør innsettingsstørrelsen være 300–400 bp (eksklusive adaptere); for PE250-sekvensering bør innsettingsstørrelsen være 150–500 bp (eksklusive adaptere).
Biblioteker bør ha én hovedtopp, ingen adapterforurensning og ingen primerdimerer.
En rapport om bibliotekets kvalitet gis før sekvensering, vurdering av bibliotekmengde og fragmentering.
Tabell 1. Statistikk over sekvenseringsdata.
| Eksempel-ID | BMKID | Rå lesninger | Rådata (bp) | Rene avlesninger (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4 415 360 100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37,08 |
Figur 1. Kvalitetsfordeling langs avlesningene i hver prøve
Figur 2. Fordeling av basisinnhold
Figur 3. Fordeling av lest innhold i sekvenseringsdata