Amplicon Sequencing (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) sekvensering med Illumina er en metode for å analysere mikrobielt mangfold ved å identifisere mikrobielle profiler i henhold til deres sekvenser og deretter forsøke å tyde samfunnsrikdom og mangfold i hver prøve og mellom prøver. BMKCloud Amplicon (NGS) rørledning tillater analyse av 16S, 18S, ITS og flere funksjonelle gener. Det starter med lest trimming, sammenkoblet lesemontering og kvalitetsvurdering, etterfulgt av gruppering av lignende leser for å generere operasjonelle taksonomiske enheter (OTU) brukt i seks forskjellige analyseseksjoner. Taksonomisk merknad gir informasjon om den relative forekomsten og sammensetningen av hver prøve, mens alfa- og beta -mangfoldsanalyser fokuserer på henholdsvis mikrobielt mangfold innen og mellom prøver. Differensiell analyse mellom gruppene finner OTU som er forskjellige ved bruk av både parametriske og ikke-parametriske tester, mens korrelasjonsanalyse relaterer disse forskjellene til miljøfaktorer. Til slutt er funksjonell genforekomst forutsagt basert på markørgenforekomst, noe som gir innsikt i funksjon og økologi i hver prøve ..