Amplikonsekvensering (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS)-sekvensering med Illumina er en metode for å analysere mikrobielt mangfold ved å identifisere mikrobielle profiler i henhold til deres sekvenser og deretter forsøke å tyde samfunnsrikdom og mangfold innenfor hver prøve og mellom prøver. BMKCloud Amplicon (NGS)-pipelinen tillater analyse av 16S-, 18S-, ITS- og flere funksjonelle gener. Det starter med trimming av lesninger, sammenkobling av lesninger i par og kvalitetsvurdering, etterfulgt av gruppering av lignende lesninger for å generere operasjonelle taksonomiske enheter (OTU-er) som brukes i seks forskjellige analyseseksjoner. Taksonomisk annotering gir informasjon om den relative forekomsten og sammensetningen av hver prøve, mens alfa- og beta-mangfoldsanalyser fokuserer på mikrobielt mangfold innenfor og mellom prøver, henholdsvis. Differensialanalyse mellom grupper finner OTU-er som er forskjellige ved bruk av både parametriske og ikke-parametriske tester, mens korrelasjonsanalyse relaterer disse forskjellene til miljøfaktorer. Til slutt forutsies funksjonell genforekomst basert på markørgenforekomst, noe som gir innsikt i funksjon og økologi i hver prøve.