● To eksompaneler tilgjengelig basert på målberikelse med prober: SureSelect Human All Exon v6 (Agilent) og xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
- Basert på SureSelect Human All Exon V6 Panel, er UTR-regioner og mtDNA i full lengde supplert til målfangstområdet.
– UMI-aktivert bibliotekkonstruksjon er tilgjengelig med SureSelect Human All Exon V6 Panel.
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
● Bioinformatisk pipeline rettet mot sykdomsanalyse eller tumoranalyse.
●Målretter seg mot proteinkodende regionVed å fange og sekvensere proteinkodende regioner, brukes hWES til å avdekke varianter relatert til proteinstruktur.
●Kostnadseffektiv:hWES gir omtrent 85 % av de sykdomsassosierte mutasjonene fra 1 % av det menneskelige genomet.
●Høy nøyaktighetMed høy sekvenseringsdybde forenkler hWES deteksjonen av både vanlige varianter og sjeldne varianter med frekvenser lavere enn 1 %.
●Streng kvalitetskontrollVi implementerer fem kjernekontrollpunkter på tvers av alle stadier, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne grundige overvåkingen sikrer levering av resultater av gjennomgående høy kvalitet.
●Omfattende bioinformatisk analyseForskningspipelinen vår går utover å identifisere variasjoner i referansegenomet, ettersom den inkluderer avansert analyse designet for å spesifikt adressere forskningsspørsmål knyttet til genetiske aspekter ved sykdommer eller tumoranalyse.
●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
| Eksonfangststrategi | Sekvenseringsstrategi | Anbefalt datautgang |
| Agilent SureSelectXT Human All Exon V6 + UTR + mtDNA Agilent SureSelectXT humant all-ekson V6 + UTR + mtDNA (med UMI) IDT xGen Exome Hyb Panel V2 | Illumina NovaSeq PE150 | 5–10 GB For mendelske lidelser/sjeldne sykdommer: > 50x For tumorprøver: ≥ 100x |
| Prøvetype | Beløp(Qubit®) | Konsentrasjon | Volum | Agarosegel |
| WES-FF | ≥ 150 ng | ≥ 15 ng/µL |
≥ 15 µL | Ingen eller begrenset forurensning og nedbrytning (hovedbåndet er klart). FFPE-DNA: Hvis hovedbåndet er uklart, kreves et tydelig utstryk over 2 kb. |
| WES-FFPE | ≥ 200 ng | ≥ 15 ng/µL |
Bioinformatisk analyse av hWES-sykdomsprøver inkluderer:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Referansegenomjustering
● Identifisering av SNP-er og InDel-er
● Funksjonell annotering av SNP-er og InDels
Bioinformatisk analyse av tumorprøver inkluderer:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Referansegenomjustering
● Identifisering av SNP-er, InDels og somatiske variasjoner
● Identifisering av kimlinjevarianter
● Analyse av mutasjonssignaturer
● Identifisering av drivgener basert på gain-of-function-mutasjoner
● Mutasjonsannotering på nivået av legemiddelfølsomhet
● Heterogenitetsanalyse – beregning av renhet og ploiditet
Data QC – Statistikk over eksomfangst
Variantidentifikasjon – InDels
Avansert analyse: identifisering og distribusjon av skadelige SNP-er/InDels – Circos-plott
Tumoranalyse: identifisering og distribusjon av somatiske mutasjoner – Circos-plott
Tumoranalyse: klonale avstamninger