● To eksompaneler tilgjengelig basert på målberikelse med prober: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) og xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
● Bioinformatisk pipeline rettet mot sykdomsanalyse eller tumoranalyse.
●Målretter seg mot proteinkodende regionVed å fange og sekvensere proteinkodende regioner, brukes hWES til å avdekke varianter relatert til proteinstruktur.
●Kostnadseffektiv:hWES gir omtrent 85 % av de sykdomsassosierte mutasjonene fra 1 % av det menneskelige genomet.
●Høy nøyaktighetMed høy sekvenseringsdybde forenkler hWES deteksjonen av både vanlige varianter og sjeldne varianter med frekvenser lavere enn 1 %.
●Streng kvalitetskontrollVi implementerer fem kjernekontrollpunkter på tvers av alle stadier, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne grundige overvåkingen sikrer levering av resultater av gjennomgående høy kvalitet.
●Omfattende bioinformatisk analyseForskningspipelinen vår går utover å identifisere variasjoner i referansegenomet, ettersom den inkluderer avansert analyse designet for å spesifikt adressere forskningsspørsmål knyttet til genetiske aspekter ved sykdommer eller tumoranalyse.
●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
| Eksonfangststrategi | Sekvenseringsstrategi | Anbefalt datautgang |
| Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) eller xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5–10 GB For mendelske lidelser/sjeldne sykdommer: > 50x For tumorprøver: ≥ 100x |
| Prøvetype
| Beløp(Qubit®)
| Konsentrasjon | Volum
| Renhet (NanoDrop™) |
|
Genomisk DNA
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1,8–2,0 ingen nedbrytning, ingen forurensning
|
Bioinformatisk analyse av hWES-sykdomsprøver inkluderer:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Referansegenomjustering
● Identifisering av SNP-er og InDel-er
● Funksjonell annotering av SNP-er og InDels
Bioinformatisk analyse av tumorprøver inkluderer:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Referansegenomjustering
● Identifisering av SNP-er, InDels og somatiske variasjoner
● Identifisering av kimlinjevarianter
● Analyse av mutasjonssignaturer
● Identifisering av drivgener basert på gain-of-function-mutasjoner
● Mutasjonsannotering på nivået av legemiddelfølsomhet
● Heterogenitetsanalyse – beregning av renhet og ploiditet
Data QC – Statistikk over eksomfangst
Variantidentifikasjon – InDels
Avansert analyse: identifisering og distribusjon av skadelige SNP-er/InDels – Circos-plott
Tumoranalyse: identifisering og distribusjon av somatiske mutasjoner – Circos-plott
Tumoranalyse: klonale avstamninger