GENOM
Sestavljanje na kromosomski lestvici in analiza genoma pridelka biomase Miscanthus lutarioriparius
Sekvenciranje nanopor |Illumina |Hi-C |Sekvenciranje RNA |Filogenija
V tej študiji je Biomarker Technologies zagotovil tehnično podporo pri sekvenciranju nanopor, sestavljanju de novo genoma, sestavljanju s pomočjo Hi-C itd.
Povzetek
Miskant, rizomatozna trajnica, ima velik potencial za proizvodnjo bioenergije zaradi visoke biomase in odpornosti na stres.Poročamo o nizu kromosomovMiscanthus lutarioripariusgenoma s kombinacijo sekvenciranja Oxford Nanopore in tehnologij Hi-C.Sklop 2,07 Gb pokriva 96,64 % genoma s kontigom N50 1,71 Mb.Zaporedja centromer in telomer so sestavljena za vseh 19 kromosomov oziroma za 10. kromosom.Alotetraploidni izvor M. lutarioriparius je potrjen z uporabo centromernih satelitskih ponovitev.Jasno je prikazana struktura tetraploidnega genoma in več kromosomskih preureditev glede na sirek.Tandem podvojenih genovM. lutarioripariusso funkcionalno obogateni ne le v smislu odziva na stres, ampak tudi biosinteze celične stene.Družine genov, povezane z odpornostjo proti boleznim, biosintezo celične stene in transportom kovinskih ionov, so se močno razširile in razvile.Razširitev teh družin je lahko pomembna genomska osnova za krepitev izjemnih lastnostiM. lutarioriparius.
Ključna statistika sestavljanja genoma
Slika.Pregled sestave genoma M. lutarioriparius
Novice in poudarki želi deliti najnovejše uspešne primere z Biomarker Technologies, zajeti nove znanstvene dosežke in vidne tehnike, uporabljene med študijo.
Čas objave: 5. januarja 2022