PERIMÄ
Biomassasadon Miscanthus lutarioriparius -genomin kromosomimittakaavainen kokoonpano ja analyysi
Nanopore-sekvensointi |Illumina |Hi-C |RNA-sekvensointi |Fylogeny
Tässä tutkimuksessa Biomarker Technologies tarjosi teknistä tukea Nanopore-sekvensoinnille, de novo -genomin kokoonpanolle, Hi-C-avusteiselle kokoonpanolle jne.
Abstrakti
Miscanthus, juurakoinen monivuotinen kasvi, jolla on suuret mahdollisuudet bioenergian tuotantoon sen korkean biomassan ja stressinsietokyvyn vuoksi.Raportoimme kromosomimittakaavaisen kokoonpanonMiscanthus lutarioripariusgenomia yhdistämällä Oxford Nanopore -sekvensointi ja Hi-C-teknologiat.2,07 Gb:n kokoonpano kattaa 96,64 % genomista, ja N50:n jatkuvuus on 1,71 Mb.Sentromeeri- ja telomeerisekvenssit kootaan kaikille 19 kromosomille ja kromosomille 10, vastaavasti.M. lutarioripariuksen allotetraploidinen alkuperä varmistetaan käyttämällä sentromeerisiä satelliittitoistoja.Tetraploidinen genomirakenne ja useat kromosomaaliset uudelleenjärjestelyt suhteessa durraan ovat selvästi osoitettu.Tandem-kaksoisgeenitM. lutarioripariusovat toiminnallisesti rikastuneet paitsi stressivasteeseen, myös soluseinän biosynteesiin liittyvien termien suhteen.Taudin vastustuskykyyn, soluseinän biosynteesiin ja metalli-ionien kuljetukseen liittyvät geeniperheet ovat laajentuneet ja kehittyneet suuresti.Näiden perheiden laajentaminen voi olla tärkeä genomiperusta, jolla parannetaan merkittäviä ominaisuuksiaM. lutarioriparius.
Genomin kokoonpanon keskeiset tilastot
Kuva.M. lutarioripariuksen genomikokoonpanon yleiskatsaus
Uutisia ja kohokohtia Tavoitteena on jakaa uusimmat onnistuneet tapaukset Biomarker Technologiesin kanssa, vangita uusia tieteellisiä saavutuksia sekä tutkimuksen aikana käytettyjä merkittäviä tekniikoita.
Postitusaika: 05.01.2022