-
Asociacijska analiza celotnega genoma
Cilj genomske asociacijske študije (GWAS) je identificirati genetske različice (genotip), ki so povezane s posebnimi lastnostmi (fenotip).Študija GWAS raziskuje genetske označevalce, ki prečkajo celoten genom velikega števila posameznikov in s statistično analizo na ravni populacije napoveduje povezave genotipa in fenotipa.Široko se uporablja v raziskavah človeških bolezni in funkcionalnem genskem rudarjenju kompleksnih lastnosti živali ali rastlin.
-
Sekvenciranje enojedrne RNA
Napredek pri zajemanju posamezne celice in tehniki gradnje posamezne knjižnice v kombinaciji z visoko zmogljivim sekvenciranjem omogoča študije izražanja genov na podlagi celice za celico.Omogoča globljo in popolno sistemsko analizo na kompleksnih celičnih populacijah, pri čemer se v veliki meri izogne maskiranju njihove heterogenosti z jemanjem povprečja vseh celic.
Nekatere celice pa niso primerne za pripravo enocelične suspenzije, zato so potrebne druge metode priprave vzorcev – ekstrakcija jedra iz tkiv, to pomeni, da se jedro ekstrahira neposredno iz tkiva ali celice in se pripravi v enojedrno suspenzijo za enojedrno suspenzijo. sekvenciranje celic.
BMK zagotavlja 10× storitev zaporedja enocelične RNA na podlagi Genomics ChromiumTM.Ta storitev se pogosto uporablja v študijah o študijah, povezanih z boleznijo, kot je diferenciacija imunskih celic, heterogenost tumorja, razvoj tkiva itd.
Čip prostorskega transkriptoma: 10× Genomics
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Sekvenciranje celotnega genoma rastline/živali
Ponovno zaporedje celotnega genoma, znano tudi kot WGS, omogoča odkrivanje pogostih in redkih mutacij na celotnem genomu, vključno s polimorfizmom enega nukleotida (SNP), vstavljeno delecijo (InDel), variacijo strukture (SV) in variacijo števila kopij (CNV). ).SV predstavljajo večji del variacijske baze kot SNP in imajo večji vpliv na genom, kar pomembno vpliva na žive organizme.Ponovno zaporedje dolgega branja omogoča natančnejšo identifikacijo velikih fragmentov in zapletenih variacij, ker dolga branja olajšajo kromosomsko prečkanje zapletenih regij, kot so tandemske ponovitve, regije, bogate z GC/AT, in hiper-variabilne regije.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 prostorski transkriptom
Prostorska organizacija celic ima ključno vlogo pri različnih bioloških procesih, kot je imunska infiltracija, razvoj zarodkov itd. Prostorsko sekvenciranje transkriptoma, ki kaže na profiliranje genske ekspresije ob ohranjanju informacij o prostorskem položaju, je zagotovilo odličen vpogled v arhitekturo tkiva na ravni transkriptoma.Z razvojem tehnologije je treba ultra-jasno morfologijo tkiva in resnično strukturno razliko prostorske molekularne ekspresije preučiti z višjo ločljivostjo.BMKGENE zagotavlja celovito storitev sekvenciranja prostorskega transkriptoma na enem mestu od vzorcev do bioloških vpogledov.
Tehnologije prostorske transkriptomike so okrepile nove perspektive v različnih raziskovalnih arenah z razrešitvijo profila genskega izražanja s prostorsko vsebino v heterogenih vzorcih.
Čip prostorskega transkriptoma: BMKMANU S1000
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
10x prostorski transkriptom Genomics Visium
Visium Spatial Gene Expression je glavna tehnologija prostorskega sekvenciranja transkriptoma za razvrščanje tkiva na podlagi celotne mRNA.Preslikajte celoten transkriptom z morfološkim kontekstom, da odkrijete nove vpoglede v normalen razvoj, patologijo bolezni in klinične translacijske raziskave.BMKGENE zagotavlja celovito storitev sekvenciranja prostorskega transkriptoma na enem mestu od vzorcev do bioloških vpogledov.
Tehnologije prostorske transkriptomike so okrepile nove perspektive v različnih raziskovalnih arenah z razrešitvijo profila genske ekspresije s prostorsko vsebino v heterogenih vzorcih.
Čip prostorskega transkriptoma: 10x Genomics Visium
Platforma:Illumina NovaSeq 6000
-
Celotna dolžina mRNA Sekvenciranje-Nanopore
Sekvenciranje RNA je bilo neprecenljivo orodje za celovito analizo transkriptoma.Nedvomno je tradicionalno zaporedje kratkih branj tukaj doseglo številne pomembne napredke.Kljub temu pogosto naleti na omejitve pri identifikaciji izoform v polni dolžini, kvantifikaciji, pristranskosti PCR.
Nanopore sekvenciranje se razlikuje od drugih platform za sekvenciranje po tem, da se nukleotidi berejo neposredno brez sinteze DNK in ustvarja dolgo branje na desetine kilobaz.To omogoča neposredno branje s prečkanjem transkriptov v polni dolžini in reševanje izzivov v študijah na ravni izoform.
Platforma:Nanopore PromethION
Knjižnica:cDNA-PCR
-
Sekvenciranje mRNA v polni dolžini -PacBio
De novosekvenciranje transkriptoma polne dolžine, znano tudi kotDe novoIso-Seq izkorišča prednosti sekvencerja PacBio v dolžini branja, ki omogoča sekvenciranje cDNA molekul polne dolžine brez prekinitev.S tem se popolnoma izognemo kakršnim koli napakam, ustvarjenim v korakih sestavljanja prepisa, in konstruiramo nize unigene z ločljivostjo na ravni izoforme.Ta komplet unigene zagotavlja močne genetske informacije kot "referenčni genom" na ravni transkriptoma.Poleg tega ta storitev v kombinaciji s podatki o sekvenciranju naslednje generacije omogoča natančno kvantifikacijo izražanja na ravni izoforme.
Platforma: PacBio Sequel IIKnjižnica: knjižnica zvoncev SMRT -
Sekvenciranje evkariontske mRNA-Illumina
Sekvenciranje mRNA omogoča profiliranje vseh mRNA, prepisanih iz celic pod določenimi pogoji.Je zmogljiva tehnologija za razkrivanje profila izražanja genov, strukture genov in molekularnih mehanizmov določenih bioloških procesov.Do danes se je sekvenciranje mRNA široko uporabljalo v temeljnih raziskavah, klinični diagnostiki, razvoju zdravil itd.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Nereferenčno zaporedje mRNA-Illumina
Sekvenciranje mRNA sprejme tehniko sekvenciranja naslednje generacije (NGS) za zajemanje sporočilne RNA (mRNA) iz evkarionta v določenem obdobju, ko se aktivirajo nekatere posebne funkcije.Najdaljši spojeni prepis je bil imenovan 'Unigene' in uporabljen kot referenčno zaporedje za kasnejšo analizo, ki je učinkovito sredstvo za preučevanje molekularnega mehanizma in regulativne mreže vrste brez sklicevanja.
Po sestavljanju podatkov transkriptoma in funkcionalni opombi unigene
(1) Izvedena bo analiza SSR, napoved CDS in struktura genov.
(2) Izvedena bo kvantifikacija izražanja unigena v vsakem vzorcu.
(3) Različno izraženi unigeni med vzorci (ali skupinami) bodo odkriti na podlagi izražanja unigenov
(4) Izvedeno bo grozdenje, funkcionalna anotacija in analiza obogatitve diferencialno izraženih unigenov
-
Dolgo nekodirajoče sekvenciranje-Illumina
Dolge nekodirajoče RNA (lncRNA) so vrsta molekul RNA z dolžino nad 200 nt, za katere je značilen izjemno nizek kodirni potencial.LncRNA, kot ključni člen v nekodirajočih RNA, se nahaja predvsem v jedru in plazmi.Razvoj tehnologije sekvenciranja in bioinformatike omogoča identifikacijo številnih novih lncRNA in njihovo povezovanje z biološkimi funkcijami.Zbrani dokazi kažejo, da je lncRNA močno vključena v epigenetsko regulacijo, regulacijo transkripcije in regulacijo po transkripciji.
