Izdelki

Sekvenciranje prokariontske RNA

Sekvenciranje prokariontske RNA uporablja sekvenciranje naslednje generacije (NGS), da razkrije prisotnost in količino RNA v danem trenutku z analizo spreminjajočega se celičnega transkriptoma.Sekvenciranje prokariontske RNA našega podjetja je posebej namenjeno prokariontom z referenčnimi genomi, kar vam omogoča profiliranje transkriptoma, analizo genske strukture itd. Široko se uporablja za temeljne znanstvene raziskave, raziskave in razvoj zdravil in drugo.

Platforma: Platforma Illumina NovaSeq

Kontaktiraj nas

Podrobnosti storitve

Specifikacije storitve

Platforma: platforma Illumina NovaSeq, PE150

Vrsta knjižnice: 350bp vstavljena knjižnica cDNA (odvisno od porazdelitve vrhov)

Strategija zaporedja: Paired-End 150 bp

Priporočena količina podatkov: 2 Gb neobdelanih podatkov/vzorec

Bioinformatika

(1) Kontrola kakovosti podatkov sekvenciranja: porazdelitev nukleotidov, porazdelitev osnovne kakovosti, ocena razmerja rRNA;

(2) Analiza poravnave zaporedja: statistika rezultatov poravnave, nasičenost zaporedja, pokritost zaporedja;

(3) Anotacija referenčnega genoma (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analiza izražanja: Porazdelitev izražanja (z dvema ali več vzorci), Analiza izražanja med vzorci (Vennova analiza, korelacijska analiza, PCA analiza);

(5) analiza diferencialne ekspresije (z dvema ali več vzorci);

(6) Analiza genskega niza: Vennova analiza, analiza grozdov, analiza oznak funkcij (COG, GO, KEGG), analiza obogatitve funkcij (GO, KEGG), akordalni graf obogatitve funkcij, analiza Ipath;

(7) analiza sRNA: napoved sRNA, anotacija sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), napoved sekundarne strukture sRNA, napoved ciljnega gena sRNA;

(8) Analiza strukture transkripta: operonska analiza, napovedovanje začetnih in končnih mest transkripcije, opomba in analiza UTR, napoved zaporedja promotorja, analiza SNP/InDel (oznaka SNP/InDel, regionalna porazdelitev SNP/InDel, statistika SNP).