ГЕНОМ
Зборка храмасом і аналіз геному ўраджаю біямасы Miscanthus lutarioriparius
Секвеніраванне нанапор |Ілюміна |Прывітанне-C |РНК-секвенирование |Філагенез
У гэтым даследаванні кампанія Biomarker Technologies аказала тэхнічную падтрымку па секвеніраванні нанапор, зборцы геному de novo, зборцы з дапамогай Hi-C і г.д.
Анатацыя
Міскантус, карэнішчавая шматгадовая расліна, мае вялікі патэнцыял для вытворчасці біяэнергіі з-за высокай біямасы і стрэсаўстойлівасці.Мы паведамляем аб зборцы ў храмасомным маштабеМискантус лутариорипарныйгеному шляхам аб'яднання секвенирования Oxford Nanopore і тэхналогій Hi-C.Зборка 2,07 Гб ахоплівае 96,64% геному з кантыгам N50 1,71 Мб.Паслядоўнасці цэнтрамер і теломер сабраны для ўсіх 19 храмасом і храмасомы 10 адпаведна.Алатэтраплоіднае паходжанне M. lutarioriparius пацверджана з дапамогай цэнтрамерных сатэлітных паўтораў.Выразна дэманструецца тетраплоидная структура геному і некалькі храмасомных перабудоў адносна сорга.Тандэмныя дублікаты генаўМ. лутариорипарныйфункцыянальна ўзбагачаюцца не толькі з пункту гледжання рэакцыі на стрэс, але і біясінтэзу клеткавай сценкі.Сямейства генаў, звязаных з устойлівасцю да хвароб, біясінтэзам клеткавай сценкі і транспартам іёнаў металаў, значна пашыраецца і развіваецца.Пашырэнне гэтых сем'яў можа быць важнай геномнай асновай для ўзмацнення выдатных прыкметМ. лутариорипарный.
Ключавая статыстыка зборкі геному
Малюнак.Агляд зборкі геному M. lutarioriparius
Навіны і асноўныя моманты накіравана на абмен апошнімі паспяховымі кейсамі з Biomarker Technologies, фіксаванне новых навуковых дасягненняў, а таксама вядомых метадаў, якія прымяняюцца падчас даследавання.
Час публікацыі: 5 студзеня 2022 г