mRNA-seq (NGS) z referenčnim genomom
RNA-seq je standardno orodje v znanostih o življenju in poljščinah, ki premosti vrzel med genomi in proteomi. Njegova moč je v odkrivanju novih transkriptov in kvantifikaciji njihove ekspresije v enem samem testu. Široko se uporablja za primerjalne transkriptomske študije, ki osvetljujejo gene, povezane z različnimi lastnostmi ali fenotipi, kot je primerjava mutantov z divjimi tipi ali razkrivanje ekspresije genov pod določenimi pogoji. Aplikacija BMKCloud mRNA(Reference) integrira kvantifikacijo ekspresije, analizo diferencialne ekspresije (DEG) in analize zaporedne strukture v bioinformatični cevovod mRNA-seq(NGS) ter združuje prednosti podobne programske opreme, kar zagotavlja udobje in prijaznost do uporabnika. Uporabniki lahko naložijo svoje podatke RNA-seq v oblak, kjer aplikacija ponuja celovito rešitev za bioinformatično analizo na enem mestu. Poleg tega daje prednost uporabniški izkušnji in ponuja prilagojene operacije, prilagojene specifičnim potrebam uporabnikov. Uporabniki lahko sami nastavijo parametre in oddajo nalogo cevovoda, preverijo interaktivno poročilo, si ogledajo podatke/diagrame in izvedejo rudarjenje podatkov, kot so: izbira ciljnih genov, funkcionalno združevanje, diagramiranje itd.
Platforma:Illumina, MGI
Strategija:RNA-Seq
Postavitev: Sešteti, čisti podatki.
Vrsta knjižnice:fr-neverižna, fr-prva veriga ali fr-druga veriga
Dolžina branja:150 bazičnih točk
Vrsta datoteke:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ali *.fq.gz. Sistem bosamodejno združi datoteke .fastq glede na njihova imena datotek,npr. *_1.fastq v paru z *._2.fastq.
Število vzorcev:Ni omejitev glede številavzorcev, vendar se bo čas analize povečal s številomvzorci rastejo.
Priporočena količina podatkov:6G na vzorec