GENOME
Sklapanje na skali hromozoma i analiza genoma usjeva biomase Miscanthus lutarioriparius
Sekvenciranje nanopora |Illumina |Hi-C |RNA-sekvenciranje |Filogenija
U ovoj studiji, Biomarker Technologies je pružio tehničku podršku za Nanopore sekvenciranje, de novo sastavljanje genoma, Hi-C asistirano sastavljanje itd.
Abstract
Miscanthus, rizomatozna višegodišnja biljka, ima veliki potencijal za proizvodnju bioenergije zbog svoje visoke biomase i otpornosti na stres.Izvještavamo o skupu na skali hromozomaMiscanthus lutarioripariusgenom kombinacijom Oxford Nanopore sekvenciranja i Hi-C tehnologija.2,07-Gb sklop pokriva 96,64% genoma, sa kontigom N50 od 1,71 Mb.Sekvence centromera i telomera su sastavljene za svih 19 hromozoma i hromozoma 10, respektivno.Alotetraploidno porijeklo M. lutarioriparius je potvrđeno korištenjem centromernih satelitskih ponavljanja.Tetraploidna struktura genoma i nekoliko hromozomskih preuređivanja u odnosu na sirak su jasno prikazani.Tandem duplikati genaM. lutarioripariusfunkcionalno su obogaćene ne samo u smislu odgovora na stres, već i biosinteze staničnog zida.Porodice gena koje se odnose na otpornost na bolesti, biosintezu ćelijskog zida i transport metalnih jona su znatno proširene i evoluirane.Proširenje ovih porodica može biti važna genomska osnova za poboljšanje izvanrednih osobinaM. lutarioriparius.
Ključna statistika sklapanja genoma
Slika.Pregled sklopa genoma M. lutarioriparius
Vijesti i istaknuti detalji ima za cilj dijeljenje najnovijih uspješnih slučajeva sa Biomarker Technologies, bilježi nova naučna dostignuća, kao i istaknute tehnike primijenjene tokom studije.
Vrijeme objave: Jan-05-2022