Prijava v BMKCloud

Izdelki

Sekvenciranje DNK/RNK – Nanopore sekvencer

Sekvenciranje DNK/RNK – Nanopore Sequencer – predstavljena slika

Sekvenciranje ONT je tehnologija sekvenciranja električnih signalov posameznih molekul v realnem času, ki temelji na nanoporah. Načelo sekvenciranja obeh platform je enako. Dvoverižna DNK/RNK se veže na nanoporozni protein, vgrajen v biofilm, in se pod vplivom motornega proteina odvije. Pod vplivom napetostne razlike na obeh straneh biofilma verige DNK/RNK z določeno hitrostjo prehajajo skozi kanal proteina nanopor. Zaradi razlik v kemijskih lastnostih različnih baz v verigi DNK/RNK, ko ena sama baza ali molekula DNK prehaja skozi kanal nanopor, se spremenijo različni električni signali. Z zaznavanjem in prilagajanjem teh signalov je mogoče izračunati ustrezne tipe baz in zaključiti zaznavanje zaporedja v realnem času.

Kontaktirajte nas

Podrobnosti o storitvi

Rezultat predstavitve

Podrobnosti o storitvi Funkcije

Platforma	Velikost knjižnice	Teoretični izkupiček podatkov (na celico)	Natančnost ene baze	Aplikacije
Nanopore	8 kb, 10 kb, 20 kb, ultra dolga, cDNA-PCR	70–90 Gb/celica	85–92 %	Klic SV, De novo, Sekvenciranje celotne dolžine, Iso-Seq, Označevanje genov, Zaznavanje metilacije DNA

Prednosti storitve

● Več kot 5 let izkušenj na platformi za sekvenciranje PacBio s tisoči zaključenih projektov z različnimi vrstami.
● BMKGENE je uradni partner podjetja Oxford Nanopore z dvojno platformo RNA/DNA certificiranja.
● Obstajajo običajni modeli sekvencerjev s popolno opremo in zadostno prepustnostjo sekvenciranja.
● Na podlagi platforme Nanopore je bilo v mednarodno priznanih revijah objavljenih več kot 10 raziskav Denovo o živalih in rastlinah.

Zahteve za vzorec

Vrsta vzorca

Znesek

Koncentracija (Qubit ®)

Glasnost

Čistost

Drugi

Genomska DNK

Odvisno od podatkovnih zahtev

≥20 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7–2,2;

OD260/230 ≥ 1,5;

Jasen vrh pri 260 nm, brez kontaminacij

Koncentracijo je treba izmeriti s kubitom in kubitom/nanoporami ≤ 2

Celotna RNK

≥1,2 μg

≥100 μg/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7–2,5;

OD260/230 = 0,5-2,5; brez kontaminacij

Vrednost RIN ≥7,5

Potek dela storitve

Priprava vzorca

Gradnja knjižnice

Sekvenciranje

Analiza podatkov

Izvedba projekta

Prejšnje: Vnaprej pripravljene knjižnice Illumina

Naprej: Sekvenciranje ojačanih fragmentov s specifičnim lokusom (SLAF-Seq)

Ocena kakovosti podatkov vzorca DNK

Tabela 1. Statistični podatki o čistih podatkih.

BMKID	surovaZaporednaNum	surovaVsotaBase	čistaZaporednaNum	čistaSumBase	čistN50Len	čistaN90Len	čistMeanLen	cleanMaxLen	čistaMeanQual
DNA_BMK01	1.218.239	26,37	1.121.736	25,90	28.014	15.764	23.090	143.181	9

Ocena kakovosti podatkov vzorca RNA

Tabela 1. Statistični podatki o čistih podatkih.

Ime datoteke	ID stranke	ŠtevilkaPrebranega	OsnovnaŠtevila	N50	Povprečna dolžina	Največja dolžina	PovprečnaQ-vrednost
RNA_BMK001	C2	8.947.708	4.047.230.083	398	452	129.227	V12