ГЕНОМ
Сглобяване в хромозомен мащаб и анализ на генома на реколтата от биомаса Miscanthus lutarioriparius
Секвениране на нанопори |Илюмина |Hi-C |РНК-секвениране |Филогенеза
В това проучване Biomarker Technologies предостави техническа поддръжка за секвениране на нанопори, сглобяване на геном de novo, асистирано сглобяване на Hi-C и др.
Резюме
Мискантус, коренищно многогодишно растение, има голям потенциал за производство на биоенергия поради високата си биомаса и устойчивост на стрес.Докладваме сглобяване на хромозомна скала наMiscanthus lutarioripariusгеном чрез комбиниране на Oxford Nanopore секвениране и Hi-C технологии.Сглобката от 2,07 Gb покрива 96,64% от генома, с контиг N50 от 1,71 Mb.Последователностите на центромерите и теломерите се сглобяват съответно за всичките 19 хромозоми и хромозома 10.Алотетраплоидният произход на M. lutarioriparius се потвърждава с помощта на центромерни сателитни повторения.Тетраплоидната структура на генома и няколко хромозомни пренареждания по отношение на соргото са ясно демонстрирани.Тандемни дублирани гени наМ. lutarioripariusса функционално обогатени не само по отношение на отговора на стреса, но и биосинтезата на клетъчната стена.Семействата гени, свързани с резистентността към болести, биосинтезата на клетъчната стена и транспортирането на метални йони, са значително разширени и еволюирали.Разширяването на тези семейства може да бъде важна геномна основа за подобряване на забележителни черти наМ. lutarioriparius.
Ключови статистически данни за сглобяването на генома
Фигура.Преглед на сглобяването на генома на M. lutarioriparius
Новини и Акценти има за цел да сподели най-новите успешни случаи с Biomarker Technologies, да улови нови научни постижения, както и видни техники, приложени по време на проучването.
Време на публикуване: 5 януари 2022 г