BMKCloud Log in
条形banner-03

hírek

GENOM

Nature_Communications_Logo

A Miscanthus lutarioriparius genomjának kromoszóma léptékű összeállítása és elemzése

Nanopórus szekvenálás |Illumina |Hi-C |RNS-szekvenálás |Törzsfejlődés

Ebben a tanulmányban a Biomarker Technologies technikai támogatást nyújtott a Nanopore szekvenáláshoz, a de novo genom összeállításhoz, a Hi-C asszisztált összeszereléshez stb.

Absztrakt

Miscanthus, rizómás évelő növény, nagy bioenergia-termelési potenciállal rendelkezik magas biomassza és stressztűrő képessége miatt.Egy kromoszóma-méretű összeállításról számolunk beMiscanthus lutarioripariusgenomot az Oxford Nanopore szekvenálás és a Hi-C technológiák kombinálásával.A 2,07 Gb-os szerelvény a genom 96,64%-át fedi le, 1,71 Mb N50 kontiggal.A centromer és a telomer szekvenciák mind a 19 kromoszómához, illetve a 10 kromoszómához vannak összeállítva.A M. lutarioriparius allotetraploid eredetét centromer szatellit ismétlődések segítségével erősítették meg.A tetraploid genom szerkezete és számos kromoszóma-átrendeződés a cirokhoz képest egyértelműen kimutatható.Tandem duplikált génjeiM. lutarioripariusfunkcionálisan gazdagodnak nemcsak a stresszválasz, hanem a sejtfal bioszintézise szempontjából is.A betegségekkel szembeni rezisztenciával, a sejtfal bioszintézisével és a fémiontranszporttal kapcsolatos géncsaládok nagymértékben bővültek és fejlődtek.Ezeknek a családoknak a terjeszkedése fontos genomikai alapot jelenthet a faj figyelemre méltó tulajdonságainak fokozásáhozM. lutarioriparius.

A genom összeállítás legfontosabb statisztikái

hír-1
hír-2

Ábra.A M. lutarioriparius genom összeállítás áttekintése

Hírek és kiemelések célja a legújabb sikeres esetek megosztása a Biomarker Technologies vállalattal, megörökítve az új tudományos eredményeket, valamint a tanulmány során alkalmazott kiemelkedő technikákat.


Feladás időpontja: 2022-05-05

Küldje el nekünk üzenetét: