Toplotni zemljevid
Orodje Heatmap sprejema matrično podatkovno datoteko kot vhod in uporabnikom omogoča filtriranje, normalizacijo in združevanje podatkov. Primarni primer uporabe toplotnih kart je analiza združevanja ravni izražanja genov med različnimi vzorci.
Anotacija genov
Orodje za anotacijo genov izvaja anotacijo genov na podlagi poravnave zaporedja vhodnih datotek FASTA z različnimi podatkovnimi bazami.
Osnovno orodje za iskanje lokalnih poravnav (BLAST)
Orodje BLAST je v BMKCloud integrirana različica orodja NCBI BLAST in se lahko uporablja za izvajanje istih funkcij z uporabo podatkov, naloženih v račun BMKCloud.
Napoved CDS_UTR
Orodje za napovedovanje CDS_UTR je zasnovano za napovedovanje kodirajočih regij (CDS) in nekodirajočih regij (UTR) v danih transkriptnih zaporedjih na podlagi rezultatov BLAST v primerjavi z znanimi bazami podatkov o beljakovinah in rezultati napovedovanja ORF.
Manhattanska parcela
Orodje Manhattan Plot omogoča prikaz poskusov z veliko vzorci in se pogosto uporablja v študijah asociacij na ravni celotnega genoma (GWAS).
Diagram Circosa
Orodje CIRCOS Diagram omogoča učinkovito vizualizacijo porazdelitve genomskih značilnosti po genomu. Skupne značilnosti vključujejo kvantitativne lokuse, SNP-je, InDele, strukturne različice in različice števila kopij.
Obogatitev genske ontologije (GO)
Orodje GO Enrichment omogoča analizo funkcionalne obogatitve. Primarna programska oprema v tem orodju je paket TopGO-Bioconductor, ki vključuje analizo diferencialne ekspresije, analizo obogatitve GO in vizualizacijo rezultatov.
Analiza utežene mreže za soizražanje genov (WGCNA)
WGCNA je široko uporabljena metoda podatkovnega rudarjenja za odkrivanje modulov za soekspresijo genov. Uporablja se za različne nabore podatkov o ekspresiji, vključno s podatki o ekspresiji genov z mikromrežami in NGS.
InterProScan
Orodje InterProScan omogoča analizo in klasifikacijo zaporedja beljakovin InterPro.
Obogatitev GO KEGG
Orodje za obogatitev GO KEGG je zasnovano za ustvarjanje histograma obogatitve GO, histograma obogatitve KEGG in poti obogatitve KEGG na podlagi podanega nabora genov in ustrezne opombe.
