BMKCloud Log in
条形banner-03

Balita

GENOME

Kalikasan_Komunikasyon_Logo

Chromosome-scale na pagpupulong at pagsusuri ng biomass crop na Miscanthus lutarioriparius genome

Nanopore sequencing |Illumina |Hi-C |RNA-sequencing |Phylogeny

Sa pag-aaral na ito, ang Biomarker Technologies ay nagbigay ng teknikal na suporta sa Nanopore sequencing, de novo genome assembly, Hi-C assisted assembly, atbp.

Abstract

Miscanthus, isang rhizomatous perennial plant, ay may malaking potensyal para sa bioenergy production para sa mataas nitong biomass at stress tolerance.Nag-uulat kami ng isang chromosome-scale na pagpupulong ngMiscanthus lutarioripariusgenome sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng Oxford Nanopore sequencing at Hi-C na mga teknolohiya.Ang 2.07-Gb na pagpupulong ay sumasaklaw sa 96.64% ng genome, na may contig N50 na 1.71 Mb.Ang centromere at telomere sequence ay binuo para sa lahat ng 19 chromosome at 10 chromosome, ayon sa pagkakabanggit.Ang allotetraploid na pinagmulan ng M. lutarioriparius ay kinumpirma gamit ang centromeric satellite repeats.Ang istraktura ng tetraploid genome at ilang mga chromosomal na muling pagsasaayos na nauugnay sa sorghum ay malinaw na ipinakita.Tandem duplicate na genes ngM. lutarioripariusay functional enriched hindi lamang sa mga tuntunin na may kaugnayan sa stress response, ngunit cell wall biosynthesis.Ang mga pamilya ng gene na nauugnay sa paglaban sa sakit, cell wall biosynthesis at metal ion transport ay lubos na pinalawak at umunlad.Ang pagpapalawak ng mga pamilyang ito ay maaaring isang mahalagang genomic na batayan para sa pagpapahusay ng mga kapansin-pansing katangian ngM. lutarioriparius.

Mga pangunahing istatistika ng genome assembly

balita-1
balita-2

Pigura.Pangkalahatang-ideya ng M. lutarioriparius genome assembly

Mga Balita at Highlight naglalayong ibahagi ang pinakabagong matagumpay na mga kaso sa Biomarker Technologies, pagkuha ng mga nobelang siyentipikong tagumpay pati na rin ang mga kilalang pamamaraan na inilapat sa panahon ng pag-aaral.


Oras ng post: Ene-05-2022

Ipadala ang iyong mensahe sa amin: