Metagenomika (NGS)

Metagenomika puške z Illumino je priljubljeno orodje za preučevanje mikrobiomov z neposrednim sekvenciranjem DNK iz kompleksnih vzorcev, kar omogoča preučevanje taksonomske in funkcionalne raznolikosti. Metagenomski (NGS) cevovod BMKCloud se začne z nadzorom kakovosti in sestavljanjem metagenoma, iz katerega so geni predvideni in združeni v neredundantne nabore podatkov, ki so označeni za funkcijo in taksonomijo z uporabo več baz podatkov. Te informacije se uporabljajo za analizo taksonomske raznolikosti znotraj vzorca (alfa raznolikost) in raznolikosti med vzorci (beta raznolikost). Diferencialna analiza med skupinami najde OTU in biološke funkcije, ki se med obema skupinama razlikujejo z uporabo parametričnih in neparametričnih testov, korelacijska analiza pa te razlike poveže z okoljskimi dejavniki.