GENOME
Zostavenie a analýza biomasy na úrovni chromozómov, genóm Miscanthus lutarioriparius
Sekvenovanie nanopórov |Illumina |Ahoj-C |RNA-sekvenovanie |Fylogenéza
V tejto štúdii spoločnosť Biomarker Technologies poskytla technickú podporu pre sekvenovanie Nanopore, de novo zostavenie genómu, zostavenie pomocou Hi-C atď.
Abstraktné
Miscanthus, rhizomatózna trváca rastlina, má veľký potenciál na výrobu bioenergie pre svoju vysokú biomasu a odolnosť voči stresu.Uvádzame zostavenie na úrovni chromozómovMiscanthus lutaroripariusgenóm kombináciou Oxford Nanopore sekvenovania a Hi-C technológií.Zostava 2,07-Gb pokrýva 96,64 % genómu s kontigom N50 1,71 Mb.Sekvencie centroméry a teloméry sú zostavené pre všetkých 19 chromozómov a 10. chromozóm.Allotetraploidný pôvod M. lutarioriparius je potvrdený pomocou centromerických satelitných opakovaní.Štruktúra tetraploidného genómu a niekoľko chromozomálnych preskupení v porovnaní s cirokom sú jasne preukázané.Tandemové duplicitné gényM. lutaroripariussú funkčne obohatené nielen z hľadiska reakcie na stres, ale aj biosyntézy bunkovej steny.Génové rodiny súvisiace s odolnosťou voči chorobám, biosyntézou bunkovej steny a transportom kovových iónov sú značne rozšírené a vyvíjané.Rozšírenie týchto rodín môže byť dôležitým genomickým základom pre zlepšenie pozoruhodných vlastnostíM. lutaroriparius.
Kľúčové štatistiky zostavovania genómu
Obrázok.Prehľad zostavy genómu M. lutarioriparius
Novinky a najvýznamnejšie udalosti sa zameriava na zdieľanie najnovších úspešných prípadov s Biomarker Technologies, zachytávanie nových vedeckých úspechov, ako aj významných techník použitých počas štúdie.
Čas odoslania: Jan-05-2022