GENOM
Sklapanje kromosoma i analiza genoma usjeva biomase Miscanthus lutarioriparius
Sekvenciranje nanopora |Illumina |Hi-C |RNA-sekvenciranje |Filogenija
U ovoj studiji, Biomarker Technologies pružio je tehničku podršku za sekvenciranje nanopora, de novo sklapanje genoma, Hi-C potpomognuto sklapanje, itd.
Sažetak
miscanthus, rizomatozna višegodišnja biljka, ima veliki potencijal za proizvodnju bioenergije zbog svoje visoke biomase i otpornosti na stres.Izvještavamo o sklopu kromosomaMiscanthus lutarioripariusgenoma kombinirajući Oxford Nanopore sekvenciranje i Hi-C tehnologije.Sklop od 2,07 Gb pokriva 96,64% genoma, s kontigom N50 od 1,71 Mb.Sekvence centromera i telomera sastavljene su za svih 19 kromosoma, odnosno za kromosom 10.Alotetraploidno podrijetlo M. lutarioriparius potvrđeno je pomoću centromernih satelitskih ponavljanja.Jasno je prikazana tetraploidna struktura genoma i nekoliko kromosomskih preustroja u odnosu na sirak.Tandem dupliciranih genaM. lutarioripariussu funkcionalno obogaćeni ne samo u smislu odgovora na stres, već i biosinteze stanične stijenke.Genske obitelji povezane s otpornošću na bolesti, biosintezom stanične stijenke i transportom metalnih iona uvelike su proširene i evoluirale.Širenje ovih obitelji može biti važna genomska osnova za poboljšanje izvanrednih svojstavaM. lutarioriparius.
Ključne statistike sklopa genoma
Lik.Pregled sklopa genoma M. lutarioriparius
Vijesti i istaknuto ima za cilj podijeliti najnovije uspješne slučajeve s Biomarker Technologies, bilježeći nova znanstvena dostignuća kao i istaknute tehnike primijenjene tijekom studije.
Vrijeme objave: 5. siječnja 2022