Proizvodi

DNK/RNA sekvenciranje -PacBio Sequencer

PacBio platforma za sekvenciranje je platforma za sekvencioniranje dugog čitanja, koja je također poznata kao jedna od tehnologija sekvenciranja treće generacije (TGS).Osnovna tehnologija, jednomolekularna u realnom vremenu (SMRT), omogućava generisanje čitanja sa desetinama kilograma dužine.Na osnovu „Sekvenciranja po sintezi“, rezolucija jednog nukleotida se postiže pomoću nultog moda talasovoda (ZMW), gdje je osvijetljen samo ograničen volumen na dnu (mjestu sinteze molekula).Osim toga, SMRT sekvenciranje u velikoj mjeri izbjegava pristrasnost specifičnu za sekvencu u NGS sistemu, jer većina koraka PCR amplifikacije nije potrebna u procesu izgradnje biblioteke.

Platforma: Sequel II, Revio

Kontaktiraj nas

Detalji usluge

Demo Results

Karakteristike

Dva načina sekvenciranja na PacBio sekvenceru: kontinuirano dugo čitanje (CLR) i kružno konsenzus čitanje (CCS)

Sequencing Mode

Veličina biblioteke

Teorijski podaciPrinos (po ćeliji)

Jedno-bazniPreciznost

Prijave

CLR

20Kb, 30Kb, itd.

80 Gb do 130 Gb

Pribl.85%

De novo, SV pozivanje itd.

CCS

15-20 Kb

14 do 40 Gb/ćeliju (nastavak II)

70 do 110 Gb/ćelija (Revio)

Zavisi od uzoraka

Pribl.99%

De novo, SNP/Indel/SV pozivanje, Iso-Seq,

Poređenje performansi i karakteristika Revio i Sequel II

Uslovi	Sistem Sequel II	Revio sistem	Povećati
Veća gustina	8 miliona ZMW	25 miliona ZMW	3x
Nezavisne faze	1	4	4x
Kraće vrijeme rada	30 sati	24 sata	1,25x
30X HiFi ljudski genomi/god	88	1,300	15x ukupno

Prednosti usluge

● Preko 8 godina iskustva na PacBio platformi za sekvenciranje sa hiljadama zatvorenih projekata sa različitim vrstama.

● Potpuno opremljen najnovijim PacBio Sequencing platformama, Revio da garantuje dovoljan protok sekvenciranja.

● Brže vrijeme obrade, veći prinos podataka i precizniji podaci.

● Doprineo stotinama uspešnih publikacija zasnovanih na PacBio.

Zahtjevi za uzorke

Tip uzorka

Iznos

Koncentracija （Qubit®）

Volume

Čistoća

Drugi

Genomska DNK

Zavisi od zahtjeva za podacima

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5;
Jasan vrh na 260 nm,nema kontaminacije

Koncentraciju je potrebno mjeriti Qubitom i Qubitom/Nanopore = 0,8-2,5

Totalna RNA

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;nema kontaminacije

RIN vrijednost ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Service Workflow

Priprema uzorka

Izgradnja biblioteke

Sekvenciranje

Analiza podataka

Isporuka projekta

Prethodno: OEM proizvođač Mrna Sequencing Service - Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina – Biomarker

Sljedeći: Illumina i BGI

1. In-house Data Yield

Podaci generirani iz 63 CCS ćelije (od 26 vrsta)

PODACI-PacBio-CCS-15 Kb	Prosjek	Max	Min	Medijan
Prinos - podčitanja (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimeraza N50	145,651	175,430	118,118	144,689
Subreads N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Prosječna dužina-polimeraza	67,995	89,379	49,664	66,433
Prosječna dužina-Podhljebovi	15,866	21,036	11,657	16,012
Prosječna dužina-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Podaci generirani iz 16 CLR ćelija (od 76 vrsta)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Prosjek	Max	Min	Medijan
Prinos - podčitanja (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polimeraza N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Subreads N50	28,490	41,012	14,430	29,063
Prosječna dužina-polimeraza	22,063	48,886	8,747	21,555
Prosječna dužina-Podhljebovi	17,720	27,225	8,293	17,779

2. QC podataka – DemoStatistika prinosa podataka

Uzorak	ccs Čita br	Ukupne ccs baze (bp)	ccs čita N50 (bp)	ccs Srednja dužina (bp)	cc Najduže čitanje (bp)	subreads baze (bp)	ccs stopa (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27