mRNA-sekventering i fuld længde - Nanopore
Funktioner
● Indfangning af poly-A mRNA efterfulgt af cDNA-syntese og biblioteksforberedelse
● Sekventering af transskriptionerne i fuld længde
● Bioinformatisk analyse baseret på tilpasning til et referencegenom
● Bioinformatisk analyse omfatter ikke kun ekspression på gen- og isoformniveau, men også analyse af lncRNA, genfusioner, polyadenylering og genstruktur
Servicefordele
●Kvantificering af ekspression på isoformniveaumuliggør detaljeret og præcis ekspressionsanalyse, der afslører ændringer, der kan maskeres ved analyse af hele genekspressionen
●Reduceret databehov:Sammenlignet med Next-Generation Sequencing (NGS) udviser nanopore-sekventering lavere datakrav, hvilket muliggør tilsvarende niveauer af genekspressionskvantificeringsmætning med mindre data.
●Højere nøjagtighed af ekspressionskvantificeringbåde på gen- og isoformniveau
●Identifikation af yderligere transkriptomisk informationalternativ polyadenylering, fusionsgener og lcnRNA og deres målgener
●Omfattende ekspertiseVores team bringer en bred vifte af erfaring til hvert projekt, idet de har gennemført over 850 Nanopore transkriptomprojekter i fuld længde og behandlet over 8.000 prøver.
●Support efter salgVores engagement strækker sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I denne periode tilbyder vi projektopfølgning, assistance til fejlfinding og spørgerunde for at besvare eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekventeringsstrategi | Anbefalede data | Kvalitetskontrol |
| Poly A-beriget | Nanopore PromethION 48 | 6/12 GB | Gennemsnitlig kvalitetsscore: Q10 |
Prøvekrav:
Nukleotider:
| Konc. (ng/μl) | Mængde (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gelen. | For planter: RIN≥7,0; For dyr: RIN ≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrænset eller ingen basislinjehøjde |
● Planter:
Rod, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frugt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 300 mg
Indvolde eller hjerne: 240 mg
Muskel: 450 mg
Knogler, hår eller hud: 1 g
● Leddyr:
Insekter: 6 g
Krebsdyr: 300 mg
● Fuldblod1 rør
● Celler: 106 celler
Anbefalet prøvelevering
Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. RNAstable-rør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes ved stuetemperatur.
Servicearbejdsgang
Nukleotider:
Prøvelevering
Biblioteksbyggeri
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Servicearbejdsgang
Væv:
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
● Behandling af rådata
● Identifikation af transskription
● Alternativ splejsning
● Ekspressionskvantificering på genniveau og isoformniveau
● Differentialekspressionsanalyse
● Funktionsannotering og berigelse (DEG'er og DET'er)
Alternativ splejsningsanalyse
Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)
lncRNA-forudsigelse
Annotering af nye gener
Klyngedannelse af DET'er
Protein-proteinnetværk i DEG'er
Udforsk de fremskridt, der er muliggjort af BMKGenes Nanopore mRNA-sekventeringstjenester i fuld længde, gennem en kurateret samling af publikationer.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetisk og transkriptionel aktivering af den sekretoriske kinase FAM20C som et onkogen i gliom', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Fuld længde transkriptomsekventering af lymfocytter, der reagerer på IFN-γ, afslører et Th1-skævt immunrespons hos skrubbe (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, s. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Sammenlignende analyse af PacBio- og ONT-RNA-sekventeringsmetoder til identifikation af Nemopilema Nomurai-gift', Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq-analyse afslører forskellig funktionel tendens mellem exosomer og mikrovesikler afledt af hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), s. 1-13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
