-
Metagenomisk sekventering -NGS
Et metagenom er en samling af det samlede genetiske materiale fra et blandet samfund af organismer, såsom miljømæssige og menneskelige metagenomer. Det indeholder genomer af både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer. Shotgun-metagenomisk sekventering med NGS muliggør studiet af disse indviklede genomiske landskaber indlejret i miljøprøver ved at give mere end taksonomisk profilering, men også give detaljeret indsigt i artsdiversitet, forekomstdynamik og komplekse populationsstrukturer. Ud over taksonomiske studier tilbyder shotgun-metagenomik også et funktionelt genomisk perspektiv, der muliggør udforskning af kodede gener og deres formodede roller i økologiske processer. Endelig bidrager etableringen af korrelationsnetværk mellem genetiske elementer og miljøfaktorer til en holistisk forståelse af det indviklede samspil mellem mikrobielle samfund og deres økologiske baggrund. Afslutningsvis står metagenomisk sekventering som et centralt instrument til at opklare de genomiske indviklede detaljer i forskellige mikrobielle samfund og belyse de mangesidede forhold mellem genetik og økologi inden for disse komplekse økosystemer.
Platforme: Illumina NovaSeq og DNBSEQ-T7
-
Metagenomisk sekventering-TGS
Et metagenom er en samling af genetisk materiale fra et blandet samfund af organismer, såsom miljømæssige og menneskelige metagenomer. Det indeholder genomer fra både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer. Metagenomisk sekventering muliggør studiet af disse indviklede genomiske landskaber indlejret i økologiske prøver ved at give mere end taksonomisk profilering. Det tilbyder også et funktionelt genomisk perspektiv ved at udforske de kodede gener og deres formodede roller i miljøprocesser. Mens traditionelle shotgun-tilgange med Illumina-sekventering har været meget anvendt i metagenomiske studier, har fremkomsten af Nanopore- og PacBio-long-read-sekventering ændret feltet. Nanopore- og PacBio-teknologi forbedrer downstream bioinformatiske analyser, især metagenomsamling, hvilket sikrer mere kontinuerlige samlinger. Rapporter indikerer, at Nanopore-baseret og PacBio-baseret metagenomik med succes har genereret komplette og lukkede bakterielle genomer fra komplekse mikrobiomer (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Integrering af Nanopore-læsninger med Illumina-læsninger giver en strategisk tilgang til fejlkorrektion, hvilket afbøder Nanopores iboende lave nøjagtighed. Denne synergistiske kombination udnytter styrkerne ved hver sekventeringsplatform og tilbyder en robust løsning til at overvinde potentielle begrænsninger og forbedre præcisionen og pålideligheden af metagenomiske analyser.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia og PacBio Revio
-
16S/18S/ITS amplikonsekventering - PacBio
16S- og 18S-rRNA-generne fungerer sammen med Internal Transcribed Spacer (ITS)-regionen som centrale molekylære fingeraftryksmarkører på grund af deres kombination af stærkt konserverede og hypervariable regioner, hvilket gør dem til uvurderlige værktøjer til karakterisering af prokaryote og eukaryote organismer. Amplifikation og sekventering af disse regioner tilbyder en isolationsfri tilgang til undersøgelse af den mikrobielle sammensætning og diversitet på tværs af forskellige økosystemer. Mens Illumina-sekventering typisk er rettet mod korte hypervariable regioner som V3-V4 af 16S og ITS1, er det blevet vist, at overlegen taksonomisk annotering kan opnås ved at sekventere den fulde længde af 16S, 18S og ITS. Denne omfattende tilgang resulterer i højere procentdele af nøjagtigt klassificerede sekvenser, hvilket opnår et opløsningsniveau, der strækker sig til artsidentifikation. PacBios Single-Molecule Real-Time (SMRT)-sekventeringsplatform skiller sig ud ved at levere meget nøjagtige lange aflæsninger (HiFi), der dækker amplikoner i fuld længde og konkurrerer med præcisionen af Illumina-sekventering. Denne evne giver forskere mulighed for at opnå en uovertruffen fordel - et panoramabillede af det genetiske landskab. Den udvidede dækning øger opløsningen i artsannotering betydeligt, især inden for bakterie- eller svampesamfund, hvilket muliggør en dybere forståelse af mikrobielle populationers indviklede detaljer.
-
16S/18S/ITS amplikonsekventering-NGS
Amplikonsekventering med Illumina-teknologi, der specifikt er rettet mod de genetiske markører 16S, 18S og ITS, er en effektiv metode til at afdække fylogeni, taksonomi og artsrækkefølge i mikrobielle samfund. Denne tilgang involverer sekventering af de hypervariable regioner af genetiske markører for husholdning. Oprindeligt introduceret som et molekylært fingeraftryk afWoeses et al.I 1977 revolutionerede denne teknik mikrobiomprofilering ved at muliggøre isolationsfri analyser. Gennem sekventering af 16S (bakterier), 18S (svampe) og Internal Transcribed Spacer (ITS, svampe) kan forskere ikke kun identificere rigelige arter, men også sjældne og uidentificerede. Amplikonsekventering er bredt anvendt som et centralt værktøj og er blevet instrumental til at skelne mellem forskellige mikrobielle sammensætninger på tværs af forskellige miljøer, herunder den menneskelige mund, tarme, afføring og videre.
-
Bakteriel og svampehelgenom-resekvensering
Projekter inden for resekvensering af bakterielle og svampehelgenomer er afgørende for at fremme mikrobiel genomik ved at muliggøre færdiggørelse og sammenligning af mikrobielle genomer. Dette letter fermenteringsteknik, optimering af industrielle processer og udforskning af sekundære metabolismeveje. Desuden er resekvensering af svampe og bakterier afgørende for at forstå miljøtilpasning, optimere stammer og afdække genetisk evolutionsdynamik, med brede implikationer inden for medicin, landbrug og miljøvidenskab.
-
Prokaryotisk RNA-sekventering
RNA-sekventering muliggør omfattende profilering af alle RNA-transkripter i celler under specifikke forhold. Denne banebrydende teknologi fungerer som et effektivt værktøj, der afslører indviklede genekspressionsprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer forbundet med forskellige biologiske processer. RNA-sekventering er bredt anvendt i grundforskning, klinisk diagnostik og lægemiddeludvikling og giver indsigt i de indviklede detaljer ved cellulær dynamik og genetisk regulering. Vores prokaryote RNA-prøvebehandling er skræddersyet til prokaryote transkriptomer, der involverer rRNA-udtømning og retningsbestemt biblioteksforberedelse.
-
Metatranscriptomsekventering
Ved at udnytte Illumina-sekventeringsteknologi afslører BMKGENES metatranscriptom-sekventeringstjeneste den dynamiske genekspression af en bred vifte af mikrober, der spænder fra eukaryoter til prokaryoter og vira, i naturlige miljøer som jord, vand, hav, afføring og tarm. Vores omfattende tjeneste giver forskere mulighed for at dykke ned i komplekse mikrobielle samfunds komplette genekspressionsprofiler. Ud over taksonomisk analyse letter vores metatranscriptom-sekventeringstjeneste udforskning af funktionel berigelse og kaster lys over differentielt udtrykte gener og deres roller. Afdæk et væld af biologiske indsigter, mens du navigerer i de komplekse landskaber af genekspression, taksonomisk diversitet og funktionel dynamik inden for disse forskellige miljømæssige nicher.
-
De novo svampegenomsamling
BMKGENE tilbyder alsidige løsninger til svampegenomer, der imødekommer forskellige forskningsbehov og ønsket genomfuldstændighed. Brug af Illumina-sekventering med kort læsning alene muliggør generering af et udkast af genom. Kort læsning og lang læsning ved hjælp af Nanopore eller Pacbio kombineres for et mere raffineret svampegenom med længere contigs. Desuden forbedrer integrationen af Hi-C-sekventering yderligere mulighederne og muliggør opnåelse af et komplet genom på kromosomniveau.
-
De novo bakteriel genomsamling
Vi tilbyder en komplet service til samling af bakterielle genomer, der garanterer 0 huller. Dette er muligt ved at integrere long-read-sekventeringsteknologier, såsom Nanopore og PacBio til samling, og short-read-sekventering med Illumina til validering af samling og fejlkorrektion af ONT-læsninger. Vores service leverer den komplette bioinformatiske arbejdsgang fra samling, funktionel annotation og avanceret bioinformatisk analyse, der opfylder specifikke forskningsmål. Denne service muliggør udvikling af præcise referencegenomer til forskellige genetiske og genomiske studier. Derudover danner den grundlag for applikationer som belastningsoptimering, genteknologi og udvikling af mikrobiel teknologi, hvilket sikrer pålidelige og hullefri genomiske data, der er afgørende for at fremme videnskabelig indsigt og bioteknologisk innovation.
