BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Fordele ved BMKMANU S1000
1) Subcellulær opløsning: Hvert indfangningsområde indeholdt >2 millioner rumlige stregkodede pletter med en diameter på 2,5 µm og en afstand på 5 µm mellem spotcentre, hvilket muliggjorde rumlig transkriptomanalyse med subcellulær opløsning (5 µm).
2) Multi-level opløsningsanalyse: Fleksibel multi-level analyse fra 100 μm til 5 μm for at løse forskellige vævstræk ved optimal opløsning.
3) Omfattende transkriptomprofilering: Transkripter fanget fra hele vævsglasset kan analyseres uden begrænsning af antallet af målgener og målområde.
Service specifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Dataoutput anbefales |
| S1000 cDNA-bibliotek | BMKMANU S1000-Illumina PE150 | 60 Gb/prøve |
Prøvekrav
| Prøve | Nummer | Størrelse | RNA kvalitet |
| OCT indlejret vævsblok | 2-3 blokke/prøve | Ca.6,8x6,8x6,8 mm3 | RIN≥7 |
For flere detaljer om prøveforberedelsesvejledning og serviceworkflow er du velkommen til at tale med enBMKGENE ekspert
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Prøve levering
Foreksperiment
Rumlig stregkodning
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Dataene genereret af BMKMANU S1000 analyseres ved hjælp af softwaren "BSTMatrix", som er uafhængigt designet af BMKGENE, herunder:
1) Generering af genekspressionsmatrix
2) HE billedbehandling
3) Kompatibel med downstream tredjepartssoftware til analyse
4) Online "BSTViewer" hjælper med at opnå visualiseringsresultater ved forskellige opløsninger.
1.Spot clustering
2. Rumlig fordeling
Nnote: Løsningniveau=13 (100 µm, venstre); 7 (50 µm, højre)
3.Markør udtryk overflod klynge varmekort
4.Inter-sample dataanalyse
