Varmekort
Heatmap-værktøjet accepterer en matrixdatafil som input og giver brugerne mulighed for at filtrere, normalisere og gruppere data. Det primære anvendelsesområde for heatmaps er klyngeanalyse af genekspressionsniveau mellem forskellige prøver.
Genannotation
Genannotationsværktøjet udfører genannotering baseret på sekvensjustering af input-FASTA-filer mod forskellige databaser.
Grundlæggende lokal justeringssøgningsværktøj (BLAST)
BLAST-værktøjet er en BMKCloud-integreret version af NCBI BLAST og kan bruges til at udføre de samme funktioner ved hjælp af data uploadet til BMKCloud-kontoen.
CDS_UTR-forudsigelse
CDS_UTR-forudsigelsesværktøjet er designet til at forudsige kodende regioner (CDS) og ikke-kodende regioner (UTR) i givne transkriptsekvenser baseret på BLAST-resultater mod kendte proteindatabaser og ORF-forudsigelsesresultater.
Manhattan-plottet
Manhattan Plot-værktøjet muliggør visning af eksperimenter med et højt antal stikprøver og bruges almindeligvis i genomdækkende associationsstudier (GWAS).
Circus-diagram
CIRCOS Diagram-værktøjet giver effektiv visualisering af, hvordan genomiske funktioner er fordelt på tværs af genomet. Fælles funktioner omfatter kvantitative loci, SNP'er, InDels, strukturelle og kopinummervarianter.
Genontologi (GO) berigelse
GO Enrichment-værktøjet tilbyder funktionel berigelsesanalyse. Den primære software i dette værktøj er TopGO-Bioconductor-pakken, som inkluderer differentiel ekspressionsanalyse, GO-berigelsesanalyse og visualisering af resultaterne.
Vægtet gen-co-ekspressionsnetværksanalyse (WGCNA)
WGCNA er en udbredt data mining-metode til at opdage gen-co-ekspressionsmoduler. Den kan anvendes til forskellige ekspressionsdatasæt, herunder microarray- og NGS-genekspressionsdata.
InterProScan
InterProScan-værktøjet tilbyder InterPro-proteinsekvensanalyse og -klassificering.
GO KEGG Berigelse
GO KEGG-berigelsesværktøjet er designet til at generere et GO-berigelseshistogram, KEGG-berigelseshistogram og KEGG-berigelsesvej baseret på et angivet gensæt og tilsvarende annotation.