mRNA-sekvens (NGS) med referencegenom
RNA-seq er et standardværktøj på tværs af biovidenskab og afgrødevidenskab, der bygger bro mellem genomer og proteomer. Dets styrke ligger i at opdage nye transkripter og kvantificere deres ekspression i ét assay. Det bruges i vid udstrækning til sammenlignende transkriptomiske studier, hvor det kaster lys over gener relateret til forskellige træk eller fænotyper, f.eks. ved at sammenligne mutanter med vildtyper eller afsløre genekspression under specifikke forhold. BMKCloud mRNA(Reference) APP integrerer ekspressionskvantificering, differentiel ekspressionsanalyse (DEG) og sekvensstrukturanalyser i mRNA-seq(NGS) bioinformatik-pipeline og samler styrkerne ved lignende software, hvilket sikrer bekvemmelighed og brugervenlighed. Brugere kan uploade deres RNA-seq-data til skyen, hvor appen tilbyder en omfattende, one-stop bioinformatisk analyseløsning. Derudover prioriterer den kundeoplevelsen og tilbyder personlige operationer skræddersyet til brugernes specifikke behov. Brugere kan selv indstille parametre og indsende pipeline-missionen, tjekke den interaktive rapport, se data/diagrammer og fuldføre data mining, såsom: målgenvalg, funktionel klyngedannelse, diagrammer osv.
Platform:Illumina, MGI
Strategi:RNA-sekvens
Layout: Parrede, rene data.
Bibliotekstype:fr-ustrenget, fr-førstestreng eller fr-andenstreng
Læselængde:150 bp
Filtype:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz eller *.fq.gz. Systemet vilparrer automatisk .fastq-filerne i henhold til deres filnavne,f.eks. *_1.fastq parret med *._2.fastq.
Antal prøver:Der er ingen begrænsninger på antalletaf prøver, men analysetiden vil stige i takt med at antallet afprøverne vokser.
Anbefalet datamængde:6G pr. prøve
