Lang ikke-kodende Sequencing-Illumina
Service fordele
●Fælles analyse af mRNA og lncRNA: ved at kombinere kvantificeringen af mRNA-transkripter med undersøgelsen af lncRNA og deres mål, er det muligt at få et dybdegående overblik over den regulatoriske mekanisme, der ligger til grund for det cellulære respons.
●Omfattende ekspertise: Vores team bringer et væld af erfaring til hvert projekt med en track record med at behandle over 23.000 prøver hos BMK, der spænder over forskellige prøvetyper og lncRNA-projekter.
●Strenge kvalitetskontrol: Vi implementerer centrale kontrolpunkter på tværs af alle stadier, fra prøve- og biblioteksforberedelse til sekventering og bioinformatik. Denne omhyggelige overvågning sikrer levering af konsekvent højkvalitetsresultater.
●Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektafslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfindingshjælp og Q&A-sessioner for at løse eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Platform | Anbefalede data | Data QC |
| rRNA-udtømt retningsbibliotek | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotider:
| Konc.(ng/μl) | Mængde (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontamination vist på gel. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrænset eller ingen basislinjestigning |
● Planter:
Rod, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frugt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 450 mg
Indvolde eller hjerne: 240 mg
Muskel: 600 mg
Knogler, hår eller hud: 1,5 g
● Leddyr:
Insekter: 9g
Krebsdyr: 450 mg
● Fuldblod:2 rør
● Celler: 106 celler
● Serum og plasma: 6 ml
Anbefalet prøvelevering
Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. RNA-stabile rør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i stuetemperatur.
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Prøve levering
RNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Bioinformatik
Differentiel genekspression (DEGs) analyse
Kvantificering af lncRNA-ekspression – clustering
Berigelse af lncRNA-målgener
Fælles mRNA og lncRNA positionsanalyse - Circos plot (midterste cirkel er mRNA og indre cicrlce er lncRNA)
Udforsk de fremskridt, der er faciliteret af BMKGenes lncRNA-ekvenseringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifikation, funktionel forudsigelse og nøgle-lncRNA-verifikation af koldestress-relaterede lncRNA'er i rottelever', Scientific Reports 2020 10:1, 10(1), s. 1-14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Integrative Transcriptomic Analysis Reveals the Immune Mechanism for a CyHV-3-Resistant Common Carp Strain', Frontiers in Immunology, 12, s. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics integrationsbaseret prioritering af konkurrerende endogent RNA-reguleringsnetværk i småcellet lungekræft: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, s. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Genetisk dissektion af gen-samekspressionsnetværket, der ligger til grund for fotosyntese i Populus', Plant Biotechnology Journal, 18(4), pp. 1015-1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'A Global Regulatory Network for Dysregulated Gene Expression and Abnormal Metabolic Signaling in Immune Cells in the Microenvironment of Graves' Disease and Hashimoto's Thyroiditis', Frontiers in Immunology, 13, s. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
