Lang ikke-kodende sekventering - Illumina
Servicefordele
●Fælles analyse af mRNA og lncRNAVed at kombinere kvantificeringen af mRNA-transkripter med studiet af lncRNA og deres mål, er det muligt at få et dybdegående overblik over den reguleringsmekanisme, der ligger til grund for den cellulære respons.
●Omfattende ekspertiseVi har behandlet over 230.000 prøver, der spænder over forskellige prøve- og projektmål. Vi bringer vores brede ekspertise til hvert projekt.
●Fælles analyse af mRNA og lncRNAVi kombinerer kvantificering af mRNA-transkripter med studiet af lncRNA og deres mål, hvilket gør det muligt at få et dybdegående overblik over den reguleringsmekanisme, der ligger til grund for det cellulære respons.
●Strenge kvalitetskontrolVi implementerer centrale kontrolpunkter på tværs af alle faser, fra prøveforberedelse til biblioteksforberedelse, sekventering og bioinformatik. Vores omhyggelige overvågning sikrer levering af resultater af ensartet høj kvalitet.
●Omfattende annoteringVi bruger flere databaser til funktionelt at annotere de differentielt udtrykte gener (DEG'er) og udføre tilsvarende berigelsesanalyser. Denne omfattende tilgang giver indsigt i de cellulære og molekylære processer, der ligger til grund for transkriptomresponset, hvilket sikrer, at du får al den information, der er mulig om dit eksperiments data.
●Support efter salgVi forstår, hvor vigtigt det er at være til stede, og derfor strækker vores engagement sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I denne periode tilbyder vi projektopfølgning, assistance til fejlfinding og spørgerunde for at besvare eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Platform | Anbefalede data | Datakvalitetskontrol |
| rRNA-udtømt retningsbestemt bibliotek | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nukleotider:
| Konc. (ng/μl) | Mængde (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gelen. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrænset eller ingen basislinjehøjde |
● Planter:
Rod, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frugt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 450 mg
Indvolde eller hjerne: 240 mg
Muskel: 600 mg
Knogler, hår eller hud: 1,5 g
● Leddyr:
Insekter: 9 g
Krebsdyr: 450 mg
● Fuldblod:2 rør
● Celler: 106 celler
● Serum og plasma6 ml
Anbefalet prøvelevering
Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. RNAstable-rør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes ved stuetemperatur.
Servicearbejdsgang
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Bioinformatik
- Rådata
- Datakvalitetskontrol
- Genomjustering
- Genstruktur (alternativ splejsning, genstrukturoptimering og ny genforudsigelse)
- Genekspressionskvantificering
- Differentialekspressionsanalyse
- DEG-annotation og berigelse + Differentiel udtrykte lncRNA-målgener
- Identifikation af transskription
- lncRNA-identifikation (lncRNA-bevarelse og kendt lncRNA)
- lncRNA-målgener forudsigelse
- lncRNA-ekspressionskvantificering
- Fælles analyse med mRNA-data
Differentialgenekspression (DEG) analyse
Kvantificering af lncRNA-ekspression – klyngedannelse
Berigelse af lncRNA-målgener
Fælles mRNA- og lncRNA-positionsanalyse – Circos-plot (midtercirklen er mRNA, og den indre cirkel er lncRNA)
Udforsk de fremskridt, der er muliggjort af BMKGenes lncRNA-sekventeringstjenester, gennem en kurateret samling af publikationer.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifikation, funktionel forudsigelse og vigtig lncRNA-verifikation af kuldestressrelaterede lncRNA'er i rottelever',Videnskabelige rapporter2020 10:1, 10(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Integrativ transkriptomisk analyse afslører immunmekanismen for en CyHV-3-resistent almindelig karpestamme',Grænser inden for immunologi, 12, s. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics-integrationsbaseret prioritering af konkurrerende endogene RNA-reguleringsnetværk i småcellet lungekræft: Molekylære egenskaber og lægemiddelkandidater',Grænser inden for onkologi, 12, s. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Genetisk dissektion af det gen-koekspressionsnetværk, der ligger til grund for fotosyntese i Populus',Tidsskrift for plantebioteknologi, 18(4), s. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Et globalt regulatorisk netværk for dysreguleret genekspression og unormal metabolisk signalering i immunceller i mikromiljøet ved Graves' sygdom og Hashimotos thyroiditis',Grænser inden for immunologi, 13, s. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
