条形banner-03

Transkriptomik

  • Enkeltkerner RNA-sekventering

    Enkeltkerner RNA-sekventering

    Udviklingen af ​​enkeltcelleindfangning og brugerdefinerede bibliotekskonstruktionsteknikker, kombineret med high-throughput sekventering, har revolutioneret genekspressionsundersøgelser på celleniveau. Dette gennembrud giver mulighed for dybere og mere omfattende analyse af komplekse cellepopulationer, der overvinder begrænsningerne forbundet med at beregne genekspression i gennemsnit over alle celler og bevare den sande heterogenitet inden for disse populationer. Mens enkeltcellet RNA-sekventering (scRNA-seq) har ubestridelige fordele, støder det på udfordringer i visse væv, hvor skabelsen af ​​en enkeltcellesuspension viser sig at være vanskelig og kræver friske prøver. Hos BMKGene adresserer vi denne forhindring ved at tilbyde single-nucleus RNA-sekventering (snRNA-seq) ved hjælp af den avancerede 10X Genomics Chromium-teknologi. Denne tilgang udvider spektret af prøver, der er modtagelige for transkriptomanalyse på enkeltcelleniveau.

    Isoleringen af ​​kerner opnås gennem den innovative 10X Genomics Chromium-chip, der byder på et otte-kanals mikrofluidiksystem med dobbelte krydsninger. I dette system er gelperler, der indeholder stregkoder, primere, enzymer og en enkelt kerne, indkapslet i oliedråber på størrelse med nanoliter og danner Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Efter GEM-dannelse sker cellelyse og stregkodefrigivelse inden for hver GEM. Efterfølgende gennemgår mRNA-molekyler omvendt transkription til cDNA'er, der inkorporerer 10X stregkoder og Unique Molecular Identifiers (UMI'er). Disse cDNA'er udsættes derefter for standard sekventeringsbibliotekskonstruktion, hvilket letter en robust og omfattende udforskning af genekspressionsprofiler på enkeltcelleniveau.

    Platform: 10× Genomics Chromium og Illumina NovaSeq Platform

  • 10x Genomics Visium Spatial Transcriptome

    10x Genomics Visium Spatial Transcriptome

    Spatial transcriptomics er en banebrydende teknologi, der giver forskere mulighed for at undersøge genekspressionsmønstre i væv og samtidig bevare deres rumlige kontekst. En kraftfuld platform i dette domæne er 10x Genomics Visium koblet med Illumina-sekventering. Princippet i 10X Visium ligger på en specialiseret chip med et udpeget indfangningsområde, hvor vævssnit placeres. Dette indfangningsområde indeholder stregkodede pletter, der hver svarer til en unik rumlig placering i vævet. De opfangede RNA-molekyler fra vævet mærkes derefter med unikke molekylære identifikatorer (UMI'er) under omvendt transkriptionsprocessen. Disse stregkodede pletter og UMI'er muliggør præcis rumlig kortlægning og kvantificering af genekspression ved en enkeltcellet opløsning. Kombinationen af ​​rumligt stregkodede prøver og UMI'er sikrer nøjagtigheden og specificiteten af ​​de genererede data. Ved at bruge denne Spatial Transcriptomics-teknologi kan forskere opnå en dybere forståelse af den rumlige organisering af celler og de komplekse molekylære interaktioner, der forekommer i væv, hvilket giver uvurderlig indsigt i de mekanismer, der ligger til grund for biologiske processer på flere områder, herunder onkologi, neurovidenskab, udviklingsbiologi, immunologi og botaniske studier.

    Platform: 10X Genomics Visium og Illumina NovaSeq

  • Fuld-længde mRNA-sekventering-Nanopore

    Fuld-længde mRNA-sekventering-Nanopore

    Mens NGS-baseret mRNA-sekventering er et alsidigt værktøj til at kvantificere genekspression, begrænser dens afhængighed af korte læsninger dens effektivitet i komplekse transkriptomiske analyser. På den anden side anvender nanopore-sekventering langlæst teknologi, hvilket muliggør sekventering af fuldlængde mRNA-transkripter. Denne tilgang letter en omfattende udforskning af alternativ splejsning, genfusioner, polyadenylering og kvantificering af mRNA-isoformer.

    Nanopore-sekventering, en metode, der er afhængig af nanopore enkeltmolekyle-elektriske signaler i realtid, giver resultater i realtid. Ledet af motorproteiner binder dobbeltstrenget DNA sig til nanopore-proteiner indlejret i en biofilm og afvikles, når det passerer gennem nanoporekanalen under en spændingsforskel. De karakteristiske elektriske signaler genereret af forskellige baser på DNA-strengen detekteres og klassificeres i realtid, hvilket letter nøjagtig og kontinuerlig nukleotidsekventering. Denne innovative tilgang overvinder kortlæsningsbegrænsninger og giver en dynamisk platform for indviklet genomisk analyse, herunder komplekse transkriptomiske undersøgelser, med øjeblikkelige resultater.

    Platform: Nanopore PromethION 48

  • MRNA-sekventering i fuld længde -PacBio

    MRNA-sekventering i fuld længde -PacBio

    Mens NGS-baseret mRNA-sekventering er et alsidigt værktøj til at kvantificere genekspression, begrænser dens afhængighed af korte læsninger dets anvendelse i komplekse transkriptomiske analyser. På den anden side anvender PacBio-sekventering (Iso-Seq) langlæst teknologi, der muliggør sekventering af fuldlængde mRNA-transkripter. Denne tilgang letter en omfattende udforskning af alternativ splejsning, genfusioner og polyadenylering. Der er dog andre valg til kvantificering af genekspression på grund af den høje mængde data, der kræves. PacBio-sekventeringsteknologi er afhængig af enkelt-molekyle, real-time (SMRT) sekventering, hvilket giver en klar fordel ved at fange fuldlængde mRNA-transkripter. Denne innovative tilgang involverer brug af nul-mode bølgeledere (ZMW'er) og mikrofabrikerede brønde, der muliggør realtidsobservation af DNA-polymeraseaktivitet under sekventering. Inden for disse ZMW'er syntetiserer PacBios DNA-polymerase en komplementær DNA-streng, der genererer lange læsninger, der spænder over hele mRNA-transkripterne. PacBio-drift i Circular Consensus Sequencing-tilstand (CCS) forbedrer nøjagtigheden ved gentagne gange at sekventere det samme molekyle. De genererede HiFi-aflæsninger har en nøjagtighed, der kan sammenlignes med NGS, hvilket yderligere bidrager til en omfattende og pålidelig analyse af komplekse transkriptomiske funktioner.

    Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio

  • Eukaryot mRNA-sekventering-NGS

    Eukaryot mRNA-sekventering-NGS

    mRNA-sekventering, en alsidig teknologi, giver mulighed for den omfattende profilering af alle mRNA-transkripter i celler under specifikke forhold. Med sine vidtspændende applikationer afslører dette banebrydende værktøj indviklede genekspressionsprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer forbundet med forskellige biologiske processer. MRNA-sekventering, der er bredt udbredt inden for grundforskning, klinisk diagnostik og lægemiddeludvikling, giver indsigt i forviklingerne af cellulær dynamik og genetisk regulering, hvilket vækker nysgerrighed om dets potentiale på forskellige områder.

    Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7

  • Ikke-referencebaseret mRNA-sekventering-NGS

    Ikke-referencebaseret mRNA-sekventering-NGS

    mRNA-sekventering giver mulighed for den omfattende profilering af alle mRNA-transkripter i celler under specifikke forhold. Denne banebrydende teknologi tjener som et potent værktøj, der afslører indviklede genekspressionsprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer forbundet med forskellige biologiske processer. MRNA-sekventering, der er bredt udbredt inden for grundforskning, klinisk diagnostik og lægemiddeludvikling, giver indsigt i forviklingerne af cellulær dynamik og genetisk regulering.

    Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7

  • Lang ikke-kodende Sequencing-Illumina

    Lang ikke-kodende Sequencing-Illumina

    Lange ikke-kodende RNA'er (lncRNA'er) er længere end 200 nukleotider, som har minimalt kodende potentiale og er centrale elementer i ikke-kodende RNA. Fundet i kernen og cytoplasmaet spiller disse RNA'er afgørende roller i epigenetisk, transkriptionel og post-transkriptionel regulering, hvilket understreger deres betydning i udformningen af ​​cellulære og molekylære processer. LncRNA-sekventering er et kraftfuldt værktøj til celledifferentiering, ontogenese og menneskelige sygdomme.

    Platform: Illumina NovaSeq

  • Lille RNA-sekventering-Illumina

    Lille RNA-sekventering-Illumina

    Små RNA (sRNA) molekyler omfatter mikroRNA'er (miRNA'er), små interfererende RNA'er (siRNA'er) og piwi-interagerende RNA'er (piRNA'er). Blandt disse er miRNA'er, omkring 18-25 nukleotider lange, særligt bemærkelsesværdige for deres centrale regulatoriske roller i forskellige cellulære processer. Med vævsspecifikke og fasespecifikke ekspressionsmønstre udviser miRNA'er høj bevaring på tværs af forskellige arter.

    Platform: Illumina NovaSeq

  • CircRNA Sequencing-Illumina

    CircRNA Sequencing-Illumina

    Cirkulær RNA-sekventering (circRNA-seq) er at profilere og analysere cirkulære RNA'er, en klasse af RNA-molekyler, der danner lukkede løkker på grund af ikke-kanoniske splejsningshændelser, hvilket giver dette RNA øget stabilitet. Mens nogle circRNA'er har vist sig at fungere som mikroRNA-svampe, sekvestrere mikroRNA'er og forhindre dem i at regulere deres mål-mRNA'er, kan andre circRNA'er interagere med proteiner, modulere genekspression eller have roller i cellulære processer. circRNA-ekspressionsanalyse giver indsigt i disse molekylers regulatoriske roller og deres betydning i forskellige cellulære processer, udviklingsstadier og sygdomstilstande, hvilket bidrager til en dybere forståelse af kompleksiteten af ​​RNA-regulering i sammenhæng med genekspression.

  • Hele transkriptom-sekventering – Illumina

    Hele transkriptom-sekventering – Illumina

    Hele transkriptomsekventering tilbyder en omfattende tilgang til profilering af forskellige RNA-molekyler, omfattende kodende (mRNA) og ikke-kodende RNA'er (lncRNA, circRNA og miRNA). Denne teknik fanger hele transkriptomet af specifikke celler på et givet tidspunkt, hvilket giver mulighed for en holistisk forståelse af cellulære processer. Også kendt som "total RNA-sekventering", sigter det mod at afsløre indviklede regulatoriske netværk på transkriptomniveau, hvilket muliggør dybdegående analyse såsom konkurrerende endogent RNA (ceRNA) og fælles RNA-analyse. Dette markerer det indledende skridt mod funktionel karakterisering, især i at optrevle de regulatoriske netværk, der involverer circRNA-miRNA-mRNA-baserede ceRNA-interaktioner.

Send din besked til os: