Metagenomik (NGS)

Shotgun-metagenomik med Illumina er et populært værktøj til at studere mikrobiomer ved direkte at sekventere DNA fra komplekse prøver, hvilket muliggør studiet af både taksonomisk og funktionel diversitet. BMKCloud-metagenomik (NGS)-pipeline begynder med kvalitetskontrol og metagenomsamling, hvorfra gener forudsiges og grupperes i ikke-redundante datasæt, der er annoteret for funktion og taksonomi ved hjælp af flere databaser. Denne information bruges til at analysere taksonomisk diversitet inden for stikprøven (alfa-diversitet) og diversitet mellem stikprøver (beta-diversitet). Differentiel analyse mellem grupper finder OTU'er og biologiske funktioner, der adskiller sig mellem de to grupper ved hjælp af både parametriske og ikke-parametriske tests, mens korrelationsanalyse relaterer disse forskelle til miljøfaktorer.