-
Genom-dækkende associationsanalyse
Genom-wide association study (GWAS) sigter mod at identificere genetiske varianter (genotype), der er forbundet med specifikke træk (fænotype).GWAS-undersøgelse undersøger genetiske markører på tværs af hele genomet af et stort antal individer og forudsiger genotype-fænotype-associationer ved statistisk analyse på populationsniveau.Det har været bredt anvendt i forskning i menneskelige sygdomme og funktionel genudvinding på komplekse egenskaber hos dyr eller planter.
-
Single-nucleus RNA-sekventering
Fremskridtet inden for enkeltcelleindfangning og individuel bibliotekskonstruktionsteknik kombineret med high-throughput sekventering muliggør genekspressionsundersøgelser på celle-for-celle basis.Det muliggør en dybere og komplet systemanalyse af komplekse cellepopulationer, hvor den stort set undgår maskering af deres heterogenitet ved at tage gennemsnit af alle celler.
Nogle celler er dog ikke egnede til at blive omdannet til enkeltcellesuspension, så andre prøveforberedelsesmetoder – kerneekstraktion fra væv er nødvendig, det vil sige, at kerne ekstraheres direkte fra væv eller celle og fremstilles til single-nucleussuspension til enkelt- cellesekvensering.
BMK leverer 10× Genomics ChromiumTM baseret enkeltcellet RNA-sekventeringsservice.Denne service er blevet meget brugt i undersøgelser af sygdomsrelaterede undersøgelser, såsom immuncelledifferentiering, tumorheterogenitet, vævsudvikling osv.
Rumlig transkriptomchip: 10× Genomics
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Plante/dyrs helgenomsekventering
Re-sekventering af hele genomet, også kendt som WGS, muliggør afsløring af både almindelige og sjældne mutationer på hele genomet, herunder Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV) og Copy Number Variation (CNV) ).SV'er udgør en større del af variationsbasen end SNP'er og har en større indflydelse på genomet, hvilket har en betydelig effekt på levende organismer.Langlæst gensekventering giver mulighed for mere præcis identifikation af store fragmenter og komplicerede variationer, fordi lange aflæsninger gør det meget lettere at kromosomal krydsning over komplicerede regioner såsom tandemgentagelser, GC/AT-rige regioner og hypervariable regioner.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Rumlig organisering af celler spiller en afgørende rolle i forskellige biologiske processer, såsom immuninfiltration, embryoudvikling osv. Spatial transkriptomsekventering, som indikerer genekspressionsprofilering, samtidig med at information om rumlig position bevares, har givet stor indsigt i vævsarkitektur på transkriptomniveau.Med udviklingen af teknologi skal den ultraklare vævsmorfologi og den reelle strukturelle forskel mellem rumlig molekylær ekspression studeres med højere opløsning.BMKGENE leverer omfattende, one-stop rumlig transkriptom-sekventeringsservice fra prøver til biologisk indsigt.
Spatial transcriptomics teknologier bemyndigede nye perspektiver i forskellige forskningsarenaer ved at løse genekspressionsprofil med rumligt indhold i heterogene prøver.
Rumlig transkriptom-chip: BMKMANU S1000
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression er en almindelig rumlig transkriptom-sekventeringsteknologi til klassificering af væv baseret på totalt mRNA.Kortlæg hele transkriptomet med morfologisk kontekst for at opdage ny indsigt i normal udvikling, sygdomspatologi og klinisk translationel forskning.BMKGENE leverer omfattende, one-stop rumlig transkriptom-sekventeringsservice fra prøver til biologisk indsigt.
Spatial transcriptomics-teknologier bemyndigede nye perspektiver i forskellige forskningsarenaer ved at løse genekspressionsprofil med rumligt indhold i heterogene prøver.
Rumlig transkriptom-chip: 10x Genomics Visium
Platform:Illumina NovaSeq 6000
-
Fuld-længde mRNA-sekventering-Nanopore
RNA-sekventering har været et uvurderligt værktøj til omfattende transkriptomanalyse.Uden tvivl opnåede traditionel kortlæst sekvensering adskillige vigtige udviklinger her.Ikke desto mindre støder det ofte på begrænsninger i fuldlængde isoformidentifikationer, kvantificering, PCR-bias.
Nanopore-sekventering adskiller sig fra andre sekventeringsplatforme, ved at nukleotiderne aflæses direkte uden DNA-syntese og genererer lang læsning ved titusvis af kilobaser.Dette giver mulighed for direkte udlæsning, der krydser fuldlængde transskriptioner og tackler udfordringerne i undersøgelser på isoformniveau.
Platform:Nanopore PromethION
Bibliotek:cDNA-PCR
-
MRNA-sekventering i fuld længde -PacBio
De novotranskriptomsekventering i fuld længde, også kendt somDe novoIso-Seq udnytter fordelene ved PacBio sequencer i læselængde, som muliggør sekventering af cDNA-molekyler i fuld længde uden nogen pauser.Dette undgår fuldstændigt eventuelle fejl genereret i transskriptionssamlingstrin og konstruerer unigen sæt med opløsning på isoformniveau.Disse unigen-sæt giver kraftfuld genetisk information som "referencegenom" på transkriptom-niveau.Derudover, kombineret med næste generations sekventeringsdata, giver denne service mulighed for en nøjagtig kvantificering af udtryk på isoformniveau.
Platform: PacBio Sequel IIBibliotek: SMRT klokkebibliotek -
Eukaryot mRNA-sekventering-Illumina
mRNA-sekventering muliggør profilering af alle mRNA'er transskripteret fra celler under specifikke betingelser.Det er en kraftfuld teknologi til at afsløre genekspressionsprofil, genstrukturer og molekylære mekanismer for visse biologiske processer.Hidtil har mRNA-sekventering i vid udstrækning været anvendt i grundforskning, klinisk diagnostik, lægemiddeludvikling osv.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Ikke-referencebaseret mRNA-sekventering-Illumina
mRNA-sekventering vedtager næste generations sekventeringsteknik (NGS) til at fange messenger-RNA (mRNA) fra eukaryot i en bestemt periode, som nogle specielle funktioner aktiverer.Det længste splejsede transkript blev kaldt 'Unigene' og brugt som referencesekvens for efterfølgende analyse, hvilket er et effektivt middel til at studere artens molekylære mekanisme og regulatoriske netværk uden reference.
Efter transkriptomdatasamling og unigen funktionel annotering
(1)SSR-analyse, CDS-forudsigelse og genstruktur vil blive udført.
(2) Kvantificering af unigen ekspression i hver prøve vil blive udført.
(3) Differentielt udtrykte unigener mellem prøver (eller grupper) vil blive opdaget baseret på unigen ekspression
(4) Clustering, funktionel annotering og berigelsesanalyse af differentielt udtrykte unigener vil blive udført
-
Lang ikke-kodende sekventering-Illumina
Lange ikke-kodende RNA'er (lncRNA'er) er en type RNA-molekyler med en længde på over 200 nt, som er karakteriseret ved ekstremt lavt kodningspotentiale.LncRNA, som et nøglemedlem i ikke-kodende RNA'er, findes hovedsageligt i kerne og plasma.Udviklingen inden for sekventeringsteknologi og bioinformtik muliggør identifikation af talrige nye lncRNA'er og forbinder dem med biologiske funktioner.Akkumulative beviser tyder på, at lncRNA er bredt involveret i epigenetisk regulering, transkriptionsregulering og post-transkriptionsregulering.
