Lille RNA-sekventering - Illumina
Funktioner
● Forberedelse af størrelsesvalgsbibliotek.
● Bioinformatisk analyse centreret omkring miRNA-forudsigelse og -mål.
Servicefordele
●Omfattende ekspertiseVi har behandlet over 300 prøver, der spænder over forskellige prøvetyper. Vi bringer vores brede ekspertise til ethvert projekt.
●Strenge kvalitetskontrolVi implementerer centrale kontrolpunkter på tværs af alle faser, fra prøveforberedelse til biblioteksforberedelse, sekventering og bioinformatik. Vores omhyggelige overvågning sikrer levering af resultater af ensartet høj kvalitet.
●Omfattende bioinformatisk analyse:Det muliggør identifikation af både kendte og nye miRNA'er, identifikation af miRNA-mål og tilsvarende funktionel annotering og berigelse med flere databaser (KEGG, GO).
●Support efter salgVi forstår, hvor vigtigt det er at være til stede, og derfor strækker vores engagement sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I denne periode tilbyder vi projektopfølgning, assistance til fejlfinding og spørgerunde for at besvare eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Platform | Anbefalede data | Datakvalitetskontrol |
| Valgt størrelse | Illumina SE50 | 10-20 millioner aflæsninger | Q30≥85% |
Prøvekrav:
Nukleotider:
| Konc. (ng/μl) | Mængde (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gelen. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrænset eller ingen basislinjehøjde |
● Planter:
Rod, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frugt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 450 mg
Indvolde eller hjerne: 240 mg
Muskel: 600 mg
Knogler, hår eller hud: 1,5 g
● Leddyr:
Insekter: 9 g
Krebsdyr: 450 mg
● Fuldblod2 rør
● Celler: 106 celler
● Serum og plasma:6 ml
Anbefalet prøvelevering
Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. RNAstable-rør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes ved stuetemperatur.
Servicearbejdsgang
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Bioinformatik
● Kvalitetskontrol af rådata
● Klassificering af små RNA'er
● miRNA-ekspression og differentiel ekspressionsanalyse
● miRNA-målgen og annotation af differentielt udtrykte miRNA-målgener
● Annotation af målgen og berigelse af differentielt udtrykt miRNA-genfunktion
Identifikation af miRNA: struktur og dybde
Differentiel ekspression af miRNA – hierarkisk klyngedannelse
Funktionel annotation af målet for differentielt udtrykte miRNA'er
Udforsk de forskningsfremskridt, der muliggøres af BMKGene's sRNA-sekventeringstjenester, gennem en kurateret samling af publikationer.
Chen, H. et al. (2023) 'Virusinfektioner hæmmer saponinbiosyntese og fotosyntese i Panax notoginseng',Plantefysiologi og biokemi, 203, s. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) 'Det plantebaserede FYVE-domæneholdige protein FREE1 associerer med mikroprocessorkomponenter for at undertrykke miRNA-biogenese',EMBO-rapporter24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'MicroRNA Ame-Bantam-3p styrer larvepuppeudvikling ved at målrette gen 8 (megf8) med flere epidermale vækstfaktorlignende domæner i honningbien, Apis mellifera'.Internationalt Tidsskrift for Molekylvidenskab, 24(6), s. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'Integreret analyse af miRNA og gener forbundet med kødkvalitet afslører, at Gga-MiR-140-5p påvirker intramuskulær fedtaflejring hos kyllinger',Cellulær fysiologi og biokemi, 46(6), s. 2421-2433. doi: 10.1159/000489649.
