Genomomfattende associationsanalyse
Arbejdsgang
Servicefordele
●Omfattende ekspertise og publikationshistorikMed akkumuleret erfaring inden for global vandmasseanalyse har BMKGene gennemført hundredvis af artsprojekter inden for populations-GWAS-forskning, hjulpet forskere med at udgive mere end 100 artikler, og den kumulative effektfaktor har nået 500.
● Omfattende bioinformatisk analyseArbejdsgangen inkluderer SNP-trækassociationsanalyse, der leverer et sæt kandidatgener og deres tilsvarende funktionelle annotation.
●Højt kvalificeret bioinformatikteam og kort analysecyklusMed stor erfaring inden for avanceret genomisk analyse leverer BMKGenes team omfattende analyser med en hurtig ekspeditionstid.
●Support efter salg:Vores engagement rækker ud over projektets afslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I denne periode tilbyder vi projektopfølgning, assistance til fejlfinding og spørgerunde for at besvare eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Servicespecifikationer og krav
| Type af sekventering | Anbefalet populationsskala | Sekventeringsstrategi | Krav til nukleotider |
| Helgenomsekventering | 200 prøver | 10 gange | Koncentration: ≥ 1 ng/µL Samlet mængde ≥ 30 ng Begrænset eller ingen nedbrydning eller kontaminering |
| Specifikt-locus amplificeret fragment (SLAF) | Tagdybde: 10x Antal tags: < 400 Mb: WGS anbefales < 1 GB: 100.000 tags 1 GB > 2 GB: 300.000 tags Maks. 500.000 tags | Koncentration ≥ 5 ng/µL Samlet mængde ≥ 80 ng Nanodråbe OD260/280=1,6-2,5 Agarosegel: ingen eller begrænset nedbrydning eller kontaminering
|
Materialevalg
Forskellige sorter, underarter, landracer/genbanker/blandede familier/vilde ressourcer
Forskellige sorter, underarter, landracer
Halvsøskendefamilie/helsøskendefamilie/vilde ressourcer
Servicearbejdsgang
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Inkluderer følgende analyse:
- Genomdækkende associationsanalyse: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM-model
- Funktionel annotering af kandidatgener
SNP-trækassociationsanalyse – Manhattan-plot
SNP-trækassociationsanalyse – QQ-plot
Udforsk de fremskridt, der er muliggjort af BMKGenes de GWAS-tjenester, gennem en kurateret samling af publikationer:
Lv, L. et al. (2023) 'Indsigt i det genetiske grundlag for ammoniak-tolerance hos knivmusling Sinonovacula constricta ved genomomfattende associationsstudie',Akvakultur, 569, s. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Multi-omics-analyser af 398 rævehalehirse-tilføjelser afslører genomiske regioner forbundet med domesticering, metabolittræk og antiinflammatoriske effekter',Molekylær plante, 15(8), s. 1367-1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genomomfattende associationskortlægning af Hulless Barely-fænotyper i tørkemiljø',Grænser inden for plantevidenskab, 13, s. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, som koder for en sulfotransferase, giver resistens over for sojabønnemosaikvirusstammerne G2 og G3',Plante, celle og miljø, 44(8), s. 2777-2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
