Amplikonsekventering (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) sekventering med Illumina er en metode til at analysere mikrobiel diversitet ved at identificere mikrobielle profiler i henhold til deres sekvenser og derefter forsøge at dechifrere samfundsrigdom og diversitet inden for hver prøve og mellem prøver. BMKCloud Amplicon (NGS) pipelinen muliggør analyse af 16S, 18S, ITS og multiple funktionelle gener. Det starter med trimning af læsninger, assembly af parrede læsninger og kvalitetsvurdering, efterfulgt af gruppering af lignende læsninger for at generere operationelle taksonomiske enheder (OTU'er), der bruges i seks forskellige analysesektioner. Taksonomisk annotering giver information om den relative forekomst og sammensætning af hver prøve, mens alfa- og beta-diversitetsanalyser fokuserer på mikrobiel diversitet inden for og mellem prøver. Differentiel analyse mellem grupper finder OTU'er, der adskiller sig ved hjælp af både parametriske og ikke-parametriske tests, mens korrelationsanalyse relaterer disse forskelle til miljøfaktorer. Endelig forudsiges funktionel genforekomst baseret på markørgenforekomst, hvilket giver indsigt i funktion og økologi i hver prøve.