page_head_bg

Produkter

Metagenomisk sekvensering-Nanopore

Metagenomics er et molekylært værktøj, der bruges til at analysere de blandede genomiske materialer ekstraheret fra miljøprøver, som giver detaljeret information om artsdiversitet og overflod, populationsstruktur, fylogenetisk forhold, funktionelle gener og korrelationsnetværk med miljøfaktorer osv. Nanopore sekventeringsplatforme har for nylig introduceret til metagenomiske undersøgelser.Dens enestående ydeevne i læselængde forbedrede i vid udstrækning downstream metagenomisk analyse, især metagenomsamling.Ved at udnytte fordelene ved læselængde er Nanopore-baseret metagenomisk undersøgelse i stand til at opnå mere kontinuerlig samling sammenlignet med haglgeværmetagenomik.Det er blevet offentliggjort, at Nanopore-baseret metagenomics med succes genererede komplette og lukkede bakterielle genomer fra mikrobiomer (Moss, EL, et. al,Natur Biotek, 2020)

Platform:Nanopore PromethION P48


Servicedetaljer

Demo resultater

BMK sag

Service fordele

ØHøjkvalitets samling - Forbedring af nøjagtigheden af ​​artsidentifikation og funktionel genforudsigelse

ØLukket bakteriel genomisolering

ØMere kraftfuld og pålidelig anvendelse på forskellige områder, f.eks. påvisning af patogene mikroorganismer eller antibiotikaresistensrelaterede gener

ØSammenlignende metagenomanalyse

Servicespecifikationer

SekvenseringPlatform

Bibliotek

Anbefalet dataudbytte

Estimeret ekspeditionstid

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Tags

30 dage

Bioinformatiske analyser

üKvalitetskontrol af rådata

üMetagenom samling

üIkke-redundant gensæt og annotering

üartsdiversitetsanalyse

üGenetisk funktionsdiversitetsanalyse

üInter-gruppe analyse

üAssociationsanalyse mod eksperimentelle faktorer

2

Prøvekrav og levering

Prøvekrav og levering

Prøvekrav:   

TilDNA-ekstrakter:

Prøvetype

Beløb

Koncentration

Renhed

DNA-ekstrakter

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

For miljøprøver:

Prøvetype

Anbefalet prøveudtagningsprocedure

Jord

Prøvemængde: ca.5 g;Resterende visnet stof skal fjernes fra overfladen;Slib store stykker og passer gennem 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube til reservation.

Afføring

Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube til reservation.

Tarmindhold

Prøver skal behandles under aseptisk tilstand.Vask opsamlet væv med PBS;Centrifuger PBS'en og opsaml præcipitanten i EP-rør.

Slam

Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryorør til reservation

Vandlegeme

For prøver med begrænset mængde mikrobiel, såsom postevand, brøndvand osv., Saml mindst 1 L vand og passer gennem 0,22 μm filter for at berige mikrobiel på membranen.Opbevar membranen i sterilt rør.

Hud

Skrab forsigtigt hudoverfladen med en steril vatpind eller et kirurgisk blad og læg den i et sterilt rør.

Anbefalet prøvelevering

Frys prøverne i flydende nitrogen i 3-4 timer og opbevar dem i flydende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservation.Prøveforsendelse med tøris er påkrævet.

Service Work Flow

logo_02

Prøve levering

logo_04

Biblioteksbyggeri

logo_05

Sekvensering

logo_06

Dataanalyse

logo_07

Eftersalgsservice


  • Tidligere:
  • Næste:

  • 1.Heatmap: Klynger af artrigdom32. Funktionelle gener annoteret til KEGG metaboliske veje43. Artskorrelationsnetværk54.Circos af CARD-antibiotikaresistensgener
    6

    BMK sag

    Nanopore metagenomics muliggør hurtig klinisk diagnose af bakteriel nedre luftvejsinfektion

    Udgivet:Nature Biotechnology, 2019

    Tekniske højdepunkter
    Sekvensering: Nanopore MinION
    Klinisk metagenomisk bioinformatik: Værts-DNA-udtømning, WIMP- og ARMA-analyse
    Hurtig detektion: 6 timer
    Høj følsomhed: 96,6 %

    Nøgleresultater

    I 2006 forårsagede lavere luftvejsinfektion (LR) 3 millioner menneskers død globalt.Den typiske metode til LR1-patogendetektion er dyrkning, som har dårlig følsomhed, lang omløbstid og er manglende vejledning i tidlig antibiotikabehandling.En hurtig og præcis mikrobiel diagnose har længe været et presserende behov.Dr. Justin fra University of East Anglia og hans partnere udviklede med succes en Nanopore-baseret metagenomisk metode til påvisning af patogener.Ifølge deres arbejdsgang kan 99,99% af værts-DNA udtømmes.Påvisning i patogener og antibiotikaresistente gener kan afsluttes på 6 timer.

    Reference
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore metagenomics muliggør hurtig klinisk diagnose af bakteriel nedre luftvejsinfektion.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    få et citat

    Skriv din besked her og send den til os

    Send din besked til os: