Ikke-referencebaseret mRNA-sekventering-NGS
Funktioner
● Indfangning af poly-mRNA før biblioteksfremstilling
● Uafhængigt af ethvert referencegenom: baseret på de novo samling af transkripter, genererer en liste over unigener, der er annoteret med flere databaser (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Omfattende bioinformatisk analyse af genekspression og transskriptionsstruktur
Service fordele
●Omfattende ekspertise: Med en track record med at behandle over 600.000 prøver hos BMKGENE, der spænder over forskellige prøvetyper såsom cellekulturer, væv og kropsvæsker, bringer vores team et væld af erfaring til hvert projekt. Vi har med succes lukket over 100.000 mRNA-Seq-projekter inden for forskellige forskningsdomæner.
●Strenge kvalitetskontrol: Vi implementerer kernekontrolpunkter på tværs af alle stadier, fra prøve- og biblioteksforberedelse til sekventering og bioinformatik. Denne omhyggelige overvågning sikrer levering af konsekvent højkvalitetsresultater.
● Omfattende annotering: vi bruger flere databaser til funktionelt at annotere de differentielt udtrykte gener (DEG'er) og udføre den tilsvarende berigelsesanalyse, hvilket giver indsigt i de cellulære og molekylære processer, der ligger til grund for transkriptomresponset.
●Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektafslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfindingshjælp og Q&A-sessioner for at løse eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontrol |
| Poly A beriget | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85 % |
Prøvekrav:
Nukleotider:
| Konc.(ng/μl) | Mængde (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontamination vist på gel. | For planter: RIN≥4,0; For dyr: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrænset eller ingen basislinjestigning |
● Planter:
Rod, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frugt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 300 mg
Indvolde eller hjerne: 240 mg
Muskel: 450 mg
Knogler, hår eller hud: 1g
● Leddyr:
Insekter: 6g
Krebsdyr: 300 mg
● Fuldblod: 1 rør
● Celler: 106 celler
Anbefalet prøvelevering
Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. RNA-stabile rør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i stuetemperatur.
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Prøve levering
RNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Bioinformatik
Transkriptomsamling og unigen udvælgelse
Unigene annotation
Prøvekorrelation og vurdering af biologiske replikater
Differentielt udtrykte gener (DEG'er)
Funktionel annotering af DEG'er
Funktionel berigelse af DEG'er
Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGenes eukaryote NGS mRNA-sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transkriptomsamling og kønsbestemt genekspression i kønskirtlerne hos Amur havkat (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), s. 2603-2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transkriptomanalyse af saccharosemetabolisme under løghævelse og udvikling i løg (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (september), s. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo samling, karakterisering og annotering for transkriptomet af Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo transkriptomanalyse giver indsigt i salttolerancen af Podocarpus macrophyllus under saltholdighedsstress', BMC Plant Biology, 21(1), s. 1-17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURE/9.
