Plante/dyr De Novo Genome Sequencing
Service fordele
Udvikling af sekventeringsplatforme og bioinformatik ide novogenom samling
(Amarasinghe SL et al.,Genom Biologi, 2020)
● Konstruktion af nye genomer og forbedring af eksisterende referencegenomer for arter af interesse.
● Højere nøjagtighed, kontinuitet og fuldstændighed i montagen
● Konstruktion af fundamental ressource til forskning i sekvenspolymorfi, QTL'er, genredigering, avl mv.
● Udstyret med fuldt spektrum af tredje generations sekventeringsplatforme: one-stop genomsamlingsløsning
● Fleksible sekventerings- og samlingsstrategier, der opfylder forskellige genomer med forskellige funktioner
● Højt kvalificeret bioinformatikerteam med stor erfaring i komplekse genomsamlinger, herunder polyploider, kæmpe genomer mv.
● Over 100 vellykkede sager med en akkumuleret publiceret effektfaktor på over 900
● Omløbstid så hurtigt som 3 måneder for genomsamling på kromosomniveau.
● Solid teknisk support med en række patenter og software copyrights inden for både eksperimentel side og bioinformatik.
Service specifikationer
|
Indhold
|
Platform
|
Læs længde
|
Dækning
|
| Genomundersøgelse
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genom sekventering
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Læser
| ≥ 30X
|
| Hej-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Workflow
Prøvekrav og levering
Prøvekrav:
| Arter | Væv | Til PacBio | Til Nanopore |
| Dyr | Viscerale organer (lever, milt osv.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Muskel | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Blod fra pattedyr | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Blod fra fisk eller fugle | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Planter | Friske blade | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Kronblad eller stilk | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Rødder eller frø | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Celler | Cellekultur | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Anbefalet prøvelevering
Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
For de fleste prøver anbefaler vi ikke at konservere i ethanol.
Prøvemærkning: Prøver skal være tydeligt mærkede og identiske med den indsendte prøveinformationsformular.
Forsendelse: Tøris: Prøver skal først pakkes i poser og begraves i tøris.
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Prøve levering
DNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
*Demoresultater vist her er alle fra genomer offentliggjort med Biomarker Technologies
1.Circos på kromosom-niveau genom samling afG. rotundifoliumaf Nanopore sekventeringsplatform
Wang M et al.,Molekylærbiologi og evolution, 2021
2. Statistik over Weining ruggenomsamling og annotering
Li G et al.,Naturgenetik, 2021
3.Gen forudsigelse afSechium edulegenom, afledt af tre forudsigelsesmetoder:De novoforudsigelse, homologi-baseret forudsigelse og RNA-Seq-databaseret forudsigelse
Fu A et al.,Havebrugsforskning, 2021
4.Identifikation af intakte lange terminale gentagelser i tre bomuldsgenomer
Wang M et al.,Molekylærbiologi og evolution, 2021
5.Hi-C varmekort overC. acuminatagenom, der viser genom-dækkende alt-for-alle interaktioner.Intensiteten af Hi-C-interaktioner er proportional med lineær afstand mellem contigs.En ren lige linje på dette varmekort indikerer en meget nøjagtig forankring af kontigs på kromosomerne.(Contig forankringsforhold: 96,03 %)
kang M et al.,Naturkommunikation,2021
BMK sag
En genomsamling af høj kvalitet fremhæver ruggenomiske egenskaber og agronomisk vigtige gener
Udgivet: Naturgenetik, 2021
Sekvenseringsstrategi:
Genomsamling: PacBio CLR-tilstand med 20 kb-bibliotek (497 Gb, ca. 63×)
Sekvenskorrektion: NGS med 270 bp DNA-bibliotek (430 Gb, ca. 54×) på Illumina platform
Contigs forankring: Hi-C bibliotek (560 Gb, ca. 71×) på Illumina platform
Optisk kort: (779,55 Gb, ca. 99×) på Bionano Irys
Nøgleresultater
1. En samling af Weining ruggenom blev offentliggjort med total genomstørrelse på 7,74 Gb (98,74% af estimeret genomstørrelse ved flowcytometri).Stillads N50 af denne samling opnåede 1,04 Gb.93,67% af contigs blev med succes forankret på 7 pseudo-kromosomer.Denne samling blev evalueret af linkage map, LAI og BUSCO, hvilket resulterede i høje scores i alle evalueringer.
2. Yderligere undersøgelser af komparativ genomik, genetisk koblingskort, transkriptomiske undersøgelser blev udført på basis af dette genom.En række træk relaterede genomiske træk blev afsløret, herunder genom-dækkende genduplikationer og deres indvirkning på stivelsesbiosyntese gener;fysisk organisering af komplekse prolamin loci, genekspressionstræk, der ligger til grund for tidlig overskriftsegenskab og formodede domesticeringsassocierede kromosomale regioner og loci i rug.
 Circos diagram over genomiske træk ved Weining ruggenom |  Evolutionære og kromosomsyntetiske analyser af ruggenomet |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.En genomsamling af høj kvalitet fremhæver ruggenomiske egenskaber og agronomisk vigtige gener.Nat Genet 53,574-584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
