Genetika Evolusi
Kaluwihan Service
Takagi et al.,Jurnal tanduran, 2013
● Ngitung wektu lan kacepetan beda spesies adhedhasar variasi ing tingkat nukleotida lan asam amino
● Ngungkapake hubungan filogenetik sing luwih dipercaya antarane spesies kanthi pengaruh evolusi konvergen lan evolusi paralel sing minimal
● Nggawe pranala antarane owah-owahan genetik lan fenotipe kanggo nemokake gen sing gegandhengan karo sifat
● Ngira-ira keragaman genetik, sing nggambarake potensi evolusi spesies
● Wektu Turnaround luwih cepet
● Pengalaman ekstensif: BMK wis nglumpukake pengalaman gedhe ing populasi lan proyèk sing gegandhengan karo evolusi luwih saka 12 taun, nyakup atusan spesies, lan liya-liyane lan nyumbang ing luwih saka 80 proyek tingkat dhuwur sing diterbitake ing Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, lsp.
Spesifikasi Layanan
Bahan:
Biasane, paling ora telung subpopulasi (umpamane subspesies utawa galur) dianjurake.Saben sub-populasi kudu ngemot ora kurang saka 10 individu (Tetuwuhan> 15, bisa dikurangi kanggo spesies langka).
Strategi urutan:
* WGS bisa digunakake kanggo spesies kanthi genom referensi kualitas dhuwur, dene SLAF-Seq ditrapake kanggo spesies kanthi utawa tanpa genom referensi, utawa genom referensi kualitase kurang.
| Ditrapake kanggo ukuran genom | WGS | SLAF-Tag (×10.000) |
| ≤ 500 Mb | 10× / individu | WGS luwih dianjurake |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Analisis bioinformatika
● Analisis evolusi
● Sapuan sing dipilih
● Aliran gen
● Riwayat demografi
● wektu divergensi
Syarat Sampel lan Pangiriman
Syarat Sampel:
| Spesies | Tisu | WGS-NGS | SLAF |
| kewan
| Jaringan viseral |
0,5 nganti 1 g
|
0,5g
|
| jaringan otot | |||
| getih mamalia | 1,5 ml
| 1,5 ml
| |
| Darah unggas / iwak | |||
| tanduran
| Godhong seger | 1~2g | 0,5 nganti 1 g |
| Petal / Batang | |||
| Oyod / Wiji | |||
| sel | Sel kultur |
| gDNA | Konsentrasi | Jumlah (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
*Asil demo sing ditampilake ing kene kabeh saka génom sing diterbitake karo BMKGENE
1.Analisis evolusi ngandhut konstruksi wit filogenetik, struktur populasi lan PCA adhedhasar variasi genetik.
Wit filogenetik nggambarake hubungan taksonomi lan evolusi antarane spesies kanthi leluhur sing padha.
PCA nduweni tujuan kanggo nggambarake kedekatan antarane subpopulasi.
Struktur populasi nuduhake anané sub-populasi sing béda sacara genetis ing babagan frekuensi alel.
Chen, lan.al.,PNAS, 2020
2. Sapuan selektif
Sapuan selektif nuduhake proses sing milih situs sing nguntungake lan frekuensi situs netral sing digandhengake ditambah lan situs sing ora disambungake dikurangi, sing nyebabake nyuda wilayah.
Deteksi genom ing wilayah sweep selektif diproses kanthi ngitung indeks genetik populasi (π，Fst, Tajima's D) kabeh SNP ing jendela geser (100 Kb) ing langkah tartamtu (10 Kb).
Keanekaragaman nukleotida (π)
Tajima D
Indeks fiksasi (Fst)
Wu, et.al.,Tanduran Molekul, 2018
3. Aliran Gene
Wu, et.al.,Tanduran Molekul, 2018
4. Riwayat demografi
Zhang, et.al.,Ekologi Alam & Evolusi, 2021
5. Divergensi wektu
Zhang, et.al.,Ekologi Alam & Evolusi, 2021
Kasus BMK
Peta variasi genomik menehi wawasan babagan basis genetis pilihan Spring Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp. Pekinensis).
Diterbitake: Tanduran Molekul, 2018
Strategi urutan:
Resequencing: ambane urutan: 10 ×
Asil kunci
Ing panliten iki, 194 kubis Cina diproses kanggo re-sequencing kanthi ambane rata-rata 10 ×, sing ngasilake 1.208.499 SNP lan 416.070 InDels.Analisis filogenetik ing 194 garis kasebut nuduhake yen garis kasebut bisa dipérang dadi telung ekotipe, musim semi, musim panas lan musim gugur.Kajaba iku, struktur populasi lan analisis PCA nuduhake yen kubis Cina musim semi asale saka kubis musim gugur ing Shandong, China.Iki banjur dikenalaké ing Korea lan Jepang, nyabrang karo garis lokal lan sawetara varieties pungkasan-bolting saka wong-wong mau padha ngenalaken bali menyang China lan pungkasanipun dadi Spring Cina kubis.
Genom-sudhut mindhai ing spring Cina Gobis lan Autumn Gobis ing pilihan dicethakaké ana 23 loci genomik sing wis liwat pilihan kuwat, loro kang tumpang tindih karo bolting-wektu kontrol wilayah adhedhasar QTL-pemetaan.Wilayah loro iki ditemokake ngemot gen kunci sing ngatur kembang, BrVIN3.1 lan BrFLC1.Loro gen iki luwih dikonfirmasi melu wektu bolting kanthi sinau transkriptom lan eksperimen transgenik.
 Analisis struktur populasi ing kubis Cina |  Informasi genetik babagan pilihan kubis Cina |
Tongbing, et al."Peta Variasi Genomik Nyedhiyakake Wawasan babagan Basis Genetik Kubis Cina Musim Semi (Brassica rapa ssp.pekinensis) Pilihan."Tanduran Molekul,11 (2018): 1360-1376.
