Genetika Evolusi
Kauntungan Layanan
Takagi lan liya-liyane,Jurnal tanduran, 2013
●Analisis bioinformatika sing komprehensif:nggampangake prakiraan keragaman genetik, sing nggambarake potensi evolusi spesies, lan mbukak hubungan filogenetik sing bisa dipercaya antarane spesies kanthi pengaruh evolusi konvergen lan evolusi paralel sing minimal.
●Analisis khusus opsional: kayata prakiraan wektu lan kecepatan divergensi adhedhasar variasi ing tingkat nukleotida lan asam amino.
●Cathetan Keahlian lan publikasi sing ekstensifBMKGene wis nglumpukake pengalaman akeh banget ing proyèk genetika populasi lan evolusi sajrone luwih saka 15 taun, sing nyakup ewonan spesies, lan liya-liyane, lan nyumbang kanggo luwih saka 1000 proyèk tingkat dhuwur sing diterbitake ing Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, lan liya-liyane.
● Tim bioinformatika sing trampil banget lan siklus analisis sing cendhakKanthi pengalaman gedhe ing analisis genomik tingkat lanjut, tim BMKGene bisa ngasilake analisis lengkap kanthi wektu penyelesaian sing cepet.
● Dhukungan Pasca-Penjualan:Komitmen kita ngluwihi rampunging proyek kanthi periode layanan purna jual 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, lan sesi tanya jawab kanggo njawab pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Spesifikasi lan syarat Layanan
| Jinis urutan | Skala populasi sing disaranake | Strategi urutan | Kebutuhan nukleotida |
| Urutan Genom Kabèh | ≥ 30 individu, kanthi ≥ 10 individu saka saben subkelompok
| 10x | Konsentrasi: ≥ 1 ng/µL Jumlah total ≥ 30ng Degradasi utawa kontaminasi winates utawa ora ana |
| Fragmen Amplifikasi Lokus Spesifik (SLAF) | Ambane tag: 10x Cacahing tag: <400 Mb: WGS disaranake <1Gb: 100K tag 1Gb >2Gb: 300K tag Tag maksimal 500k | Konsentrasi ≥ 5 ng/µL Jumlah total ≥ 80 ng Gel agarose: ora ana utawa degradasi utawa kontaminasi winates
|
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pangiriman conto
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
Layanan kalebu analisis struktur populasi (wit filogenetik, PCA, grafik stratifikasi populasi), keragaman populasi, lan pemilihan populasi (ketidakseimbangan keterkaitan, pemilihan lokasi sing nguntungake kanthi selektif). Layanan kasebut uga bisa kalebu analisis khusus (kayata wektu divergensi, aliran gen).
*Asil demo sing dituduhake ing kene kabeh saka genom sing diterbitake karo BMKGENE
1. Analisis évolusi ngandhut konstruksi wit filogenetik, struktur populasi, lan PCA adhedhasar variasi genetik.
Wit filogenetik makili hubungan taksonomi lan evolusi antarane spesies sing nduweni leluhur sing padha.
PCA duwé tujuan kanggo mbayangaké keakraban antar sub-populasi.
Struktur populasi nuduhaké anané sub-populasi sing béda sacara genetis miturut frekuensi alel.
Chen, dkk.,PNAS, 2020
2. Sapuan selektif
Selective sweep nuduhake proses milih situs sing nguntungake lan frekuensi situs netral sing gegandhengan ditambah lan situs sing ora gegandhengan dikurangi, sing nyebabake pengurangan regional.
Deteksi sak genom ing wilayah sapuan selektif diolah kanthi ngetung indeks genetik populasi (π, Fst, Tajima's D) saka kabeh SNP ing sajrone jendela geser (100 Kb) ing langkah tartamtu (10 Kb).
Keragaman nukleotida (π）
D-ne Tajima
Indeks fiksasi (Fst)
Wu, dkk.,Tanduran Molekuler, 2018
3. Aliran Gen
Wu, dkk.,Tanduran Molekuler, 2018
4. Riwayat demografi
Zhang, dkk.,Ekologi & Evolusi Alam, 2021
5. Wektu divergensi
Zhang, dkk.,Ekologi & Evolusi Alam, 2021
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan genetika evolusioner BMKGene liwat koleksi publikasi sing dikuratori:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Panemuan Penanda Molekuler SNP lan Gen Kandidat sing Ana gandhengane karo Resistensi Virus Sacbrood ing Larva Apis cerana cerana kanthi Resekuensi Genom Utuh',Jurnal internasional ilmu molekuler, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Panemuan salamander raksasa Tiongkok sing liar lan murni sacara genetis nggawe kesempatan konservasi anyar',Riset Zoologi, 2022, Vol. 43, Edisi 3, Kaca: 469-480, 43(3), hlm. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Pola Filogeografi lan Sejarah Evolusi Populasi Pribumi Elymus sibiricus L. ing Dataran Tinggi Qinghai-Tibet',Wates ing Ilmu Tetuwuhan, 13, kaca 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Wawasan genomik babagan evolusi lengkeng saka perakitan genom tingkat kromosom lan genomik populasi aksesi lengkeng',Riset Hortikultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
