Majelis Genome Jamur De novo
BMKGENE nawakake solusi serbaguna kanggo génom jamur, nyukupi kabutuhan riset sing manéka warna lan kelengkapan génom sing dikarepake. Nggunakake urutan Illumina sing diwaca cekak mung ngidini nggawe draf génom. Urutan maca cekak lan dawa maca nggunakake Nanopore utawa Pacbio digabungake kanggo génom jamur sing luwih olahan kanthi contigs sing luwih dawa. Kajaba iku, nggabungake urutan Hi-C luwih nambah kapabilitas, supaya bisa nggayuh genom tingkat kromosom sing lengkap.
Fitur Layanan
Kanthi telung opsi sing bisa dipilih gumantung saka tingkat kelengkapan genom sing dikarepake:
● Opsi Genome Draft: Urutan maca cekak kanthi Illumina NovaSeq PE150.
● Opsi Genome Halus Jamur:
Survey Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Majelis Genome: PacBio Revio (Waca HiFi) utawa Nanopore PromethION 48.
● Genom Jamur tingkat kromosom:
Survey Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Majelis Genome: PacBio Revio (Waca HiFi) utawa Nanopore PromethION 48.
Contig anchoring karo Hi-C rakitan.
Kaluwihan Service
●Multiple Sequencing Sastranegara kasedhiya: Kanggo macem-macem tujuan riset lan syarat genom lengkap
●Alur Kerja Bioinformatika Lengkap:Iki kalebu perakitan genom lan prediksi pirang-pirang unsur genom, anotasi gen fungsional, lan jangkar contig.
●Keahlian ekstensif: Kanthi luwih saka 12.000 genom mikroba sing dirakit, kita nggawa pengalaman luwih saka sepuluh taun, tim analisis sing trampil, konten lengkap, lan dhukungan pasca dodolan sing apik.
●Dhukungan Pasca Penjualan:Komitmen kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise adol 3 wulan. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Spesifikasi Layanan
| Layanan | Strategi Sequencing | Kontrol kualitas |
| Draf Genome | Illumina PE 150 100x Kab | Q30≥85% |
| Genome apik | Survey génom: Illumina PE150 50 x Majelis: PacBio HiFi 30x utawa Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT Unicellular） contig N50 ≥500kb（Liyane） |
| Genom tingkat kromosom | Survey génom: Illumina PE150 50 x Majelis: PacBio HiFi 30x utawa Nanopore 100x Hi-C Majelis 100x | Contig anchoring ratio>90%
|
Syarat Layanan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Jamur uniseluler: ≥3.5x1010 sel
Jamur Makro: ≥10 g
Alur Kerja Layanan
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
Kalebu Analisis ing ngisor iki:
Survey Genom:
- Kontrol kualitas data urutan
- Perkiraan genom: ukuran, heterozigositas, unsur repetitif
Majelis Genome Halus:
- Kontrol Kualitas Data Urutan
- SaikiMajelis
- Analisis Komponen Genom: Prediksi CDS lan pirang-pirang unsur genom
- Anotasi fungsional kanthi macem-macem basis data umum (GO, KEGG, lsp.) lan database lanjutan (CARD, VFDB, lsp.)
Hi-C Majelis:
- Hi-C Library Assessment.
- Contigs anchoring clustering, pesenan lan orienting
- Evaluasi Majelis HI-C: Adhedhasar genom referensi lan peta panas
survey génom: distribusi k-mer
Perakitan genom: anotasi homolog gen (database NR)
Perakitan genom: anotasi gen fungsional (GO)
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi layanan perakitan genom jamur BMKGene liwat koleksi publikasi sing dipilih.
Hao, J. et al. (2023) 'Profiling omic terintegrasi saka jamur obat Inonotus obliquus ing kahanan sing tenggelam',BMC Genomics, 24(1), kaca 1–12. doi: 10.1186 / S12864-023-09656-Z / ANGKA / 3.
Lu, L. et al. (2023) 'Sequencing genom nuduhake evolusi lan mekanisme patogen saka patogen eyespot tajem gandum Rhizoctonia cerealis',Jurnal Tanaman, 11(2), kaca 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Sumber Daya Genom kanggo Papat Spesies Clarireedia Nimbulake Titik Dolar ing Maneka Tunggal Rumput',Penyakit tanduran, 107(3), kaca 929–934. doi: 10.1094 / PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Bukti Genetik lan Molekul saka Sistem Kawin Tetrapolar ing Grifola Frondosa Jamur Edible',Jurnal Fungi, 9(10), p. 959. doi: 10.3390 / JOF9100959 / S1.
