16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Fitur Layanan
● Platform urutan: Illumina NovaSeq.
● Amplifikasi wilayah cendhak 16S, 18S lan ITS, ing antarane target amplifikasi liyane.
● Pilihan fleksibel amplicon.
● Pengalaman proyek sadurunge karo sawetara target amplifikasi.
Kaluwihan Service
●Bebas isolasi:Identifikasi cepet komposisi mikroba ing sampel lingkungan.
●Resolusi dhuwur: Ing komponen kurang KALUBÈRAN ing sampel lingkungan.
●Ditrapake kanthi wiyar: Studi komunitas mikroba maneka warna.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif: Paket QIIME2 paling anyar (wawasan kuantitatif babagan ekologi mikroba) kanthi analisis maneka warna babagan basis data, anotasi, OTU/ASV.
●Keahlian ekstensif: Kanthi 150 ewu proyek urutan amplicon sing ditindakake saben taun, BMKGENE nggawa pengalaman luwih saka sepuluh taun, tim analisis sing trampil, konten lengkap, lan dhukungan pasca dodolan sing apik.
Spesifikasi Layanan
| Pustaka | Strategi Sequencing | Data dianjurake |
| Amplikon | Illumina PE 250 Kab | 50/100/300K tags (Maca Pasangan) |
Requirements Layanan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Lemah / endhas: 1-2g
● Isi usus-kewan: 0,5-2g
● Isi usus-serangga: 0,1-0,25g
● Lumahing tanduran (sedimen enriched): 0.1-0.5g
● Duduh kaldu fermentasi enriched endhepan): 0,1-0,5g
● Fees (kewan gedhe): 0,5-2g
● Fees (mouse): 3-5biji
● Cairan lavage alveolar paru: kertas saring
● Swab vagina: 5-6 swab
● swab kulit/genital/saliva/jaringan lembut oral/faringeal swab/rektal swab: 2-3 swab
● Mikroorganisme lumahing: kertas saring
● Badan banyu/udara/biofilm: kertas saring
● Endofit: 1-2g
● Plaque Dental: 0,5-1g
Alur Kerja Layanan
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
Kalebu analisis ing ngisor iki:
- Kontrol kualitas data mentah
- Pengelompokan OTU / De-noise (ASV)
- anotasi OTU
- Analisis keragaman Alpha: macem-macem indeks, kalebu Shannon, Simpson lan ACE.
- Analisis keragaman beta
- Analisis antarkelompok
- Analisis korelasi: antarane faktor lingkungan lan komposisi lan keragaman OUT
- Prediksi gen fungsional 16S
Histogram distribusi taksonomi
peta panas clustering kelimpahan taksonomi
Analisis keragaman alfa: kurva rarefaction
analisis bhinéka beta: NMDS
Analisis antarkelompok: panemuan biomarker LEFSE
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan urutan amplicon BMKGene karo Illumina liwat koleksi publikasi sing disusun.
Dong, C. et al. (2022) 'Majelis, Mikrobiota Inti, lan Fungsi Rhizosphere Lemah lan Kulit Mikrobiota ing Eucommia ulmoides', Frontiers ing Mikrobiologi, 13. doi: 10.3389 / FMICB.2022.855317 / FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Transplantasi konsorsium bakteri sintetis kanggo perawatan saka Gardnerella vaginalis-induced bacterial vaginosis ing tikus', Microbiome, 11(1), pp. 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. lan Liu, H. (2022) 'Microbiomes saka bledug online diklumpukake sak basis lemah bioregenerative urip support eksperimen "Lunar Palace 365"', Lingkungan Microbiomes, 17 (1), pp. 1-20. doi: 10.1186 / S40793-022-00399-0 / ANGKA / 8.
Yin, S. et al. (2022) 'Kelimpahan gen fungsional sing gumantung saka feedstock sing ana hubungane karo transformasi nitrogen sing ngontrol mundhut nitrogen ing kompos', Teknologi Bioresource, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
