16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Kaluwihan Service
● Identifikasi komposisi mikroba sing bebas isolasi lan cepet ing conto lingkungan
● Resolusi dhuwur ing komponen kurang KALUBÈRAN ing conto lingkungan
● Aliran nganalisa QIIME2 paling anyar kanthi analisa macem-macem babagan database, anotasi, OTU/ASV.
● High-throughput, akurasi luwih
● Ditrapake kanggo macem-macem studi komunitas mikroba
● BMK ndarbeni pengalaman ekstensif karo liwat 100.000 conto / taun, panutup lemah, banyu, gas, endhot, feces, usus, kulit, duduh kaldu fermentasi, serangga, tetanduran, etc.
● BMKCloud nggampangake interpretasi data sing ngemot 45 alat analisis pribadi
Spesifikasi Layanan
| SequencingPlatform | Pustaka | Ngasilake data sing disaranake | Perkiraan wektu giliran |
| Platform Illumina NovaSeq | PE250 | Tag 50K / 100K / 300K | 30 dina |
Analisis bioinformatika
● Kontrol kualitas data mentah
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● anotasi OTU
● Alpha bhinéka
● Beta bhinéka
● Analisis antarkelompok
● Analisis asosiasi marang faktor eksperimen
● Prediksi gen fungsi
Syarat Sampel lan Pangiriman
Syarat Sampel:
KanggoEkstrak DNA:
| Tipe Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kemurnian |
| Ekstrak DNA | > 30 ng | > 1 ng/l | OD260/280= 1.6-2.5 |
Kanggo sampel lingkungan:
| jinis sampel | Prosedur sampling sing disaranake |
| lemah | Jumlah sampling: approx.5 g;Sisa zat layu kudu dibuang saka permukaan;Tlatah potongan gedhe lan ngliwati saringan 2 mm;Sampel Aliquot ing tabung EP utawa cyrotube steril kanggo leladen. |
| najis | Jumlah sampling: approx.5 g;Nglumpukake lan conto aliquot ing EP-tabung steril utawa cryotube kanggo leladen. |
| isi usus | Sampel kudu diproses ing kahanan aseptik.Wisuh tissue diklumpukake karo PBS;Centrifuge PBS lan ngumpulake precipitant ing EP-tabung. |
| Sludge | Jumlah sampling: approx.5 g;Nglumpukake lan aliquot sampel endhot ing steril EP-tabung utawa cryotube kanggo leladen |
| Badan banyu | Kanggo sampel kanthi jumlah mikroba sing winates, kayata banyu tap, banyu sumur, lsp., Nglumpukake paling sethithik 1 liter banyu lan ngliwati saringan 0,22 μm kanggo nambah mikroba ing membran.Simpen membran ing tabung steril. |
| Kulit | Kasebut kanthi teliti, scrape lumahing kulit karo swab katun steril utawa agul-agul bedhah lan sijine ing tabung steril. |
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Beku conto ing nitrogen cair kanggo 3-4 jam lan simpen ing nitrogen cair utawa -80 derajat kanggo reservasi jangka panjang.Pengiriman sampel nganggo es garing dibutuhake.
Alur Kerja Layanan
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
1. Distribusi spesies
2. Peta panas: Klaster kekayaan spesies
3. Kurva fraksi langka
4. Analisis NMDS
5. Analisis Lefse
Kasus BMK
Individu lemu kanthi lan tanpa Diabetes Tipe 2 nuduhake kapasitas fungsional lan komposisi mikroba usus sing beda
Diterbitake:Host Sel & Mikroba, 2019
Strategi urutan:
Lean non-diabetes (n=633);Lemu non-diabetes (n=494);Diabetes Tipe 2 Obese (n=153);
Wilayah target: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (NGS-based amplicon sequencing)
Subset saka ekstrak DNA ngalami urutan metagenomik ing Illumina Hiseq
Asil kunci
Profil mikroba saka penyakit metabolik kasebut kasil dibedakake.
Kanthi mbandhingake fitur mikroba sing diasilake dening urutan 16S, obesitas ditemokake ana gandhengane karo owah-owahan komposisi mikroba, fitur individu, utamane nyuda Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, lan liya-liyane. .
Referensi
Thingholm, LB, et al."Wong lemu karo lan tanpa Diabetes Tipe 2 Nuduhake Kapasitas Fungsi lan Komposisi Mikroba Gut sing Beda."Host Sel & Mikroba26.2 (2019).
