Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-NGS
Fitur Layanan
● Platform sekuensing: Illumina NovaSeq.
● Amplifikasi wilayah cendhak 16S, 18S lan ITS, ing antarane target amplifikasi liyane.
● Pilihan amplikon sing fleksibel.
● Pengalaman proyèk sadurungé kanthi pirang-pirang target amplifikasi.
Kauntungan Layanan
●Bebas isolasi:Identifikasi komposisi mikroba kanthi cepet ing sampel lingkungan.
●Resolusi DhuwurIng komponen sing kurang akeh ing sampel lingkungan.
●Bisa Ditrapake kanthi Luas: Panliten komunitas mikroba sing maneka warna.
●Analisis Bioinformatika KomprehensifPaket QIIME2 paling anyar (wawasan kuantitatif babagan ekologi mikroba) kanthi macem-macem analisis babagan basis data, anotasi, OTU/ASV.
●Keahlian sing jembarKanthi 150 ewu proyèk sekuensing amplikon sing ditindakaké saben taun, BMKGENE nduwèni pengalaman luwih saka dasawarsa, tim analisis sing trampil, konten sing komprehensif, lan dhukungan pasca-penjualan sing apik banget.
Spesifikasi Layanan
| Perpustakaan | Strategi Urutan | Data sing disaranake |
| Amplikon | Illumina PE250 | Tag 50/100/300K (Waca Pasangan) |
Syarat Layanan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Lemah/lumpur: 1-2g
● Isi usus-kewan: 0,5-2g
● Isi usus-serangga: 0,1-0,25g
● Lumahing tanduran (sedimen sing diperkaya): 0,1-0,5g
● Endapan sing diperkaya karo duduh kaldu fermentasi): 0,1-0,5g
● Feses (kewan gedhe): 0,5-2g
● Feses (tikus): 3-5 butir
● Cairan lavage alveolar paru: kertas saring
● Swab vagina: 5-6 swab
● Apusan kulit/kelamin/ludah/jaringan lunak oral/apusan faring/apusan rektum: 2-3 apusan
● Mikroorganisme permukaan: kertas saring
● Banyu/udara/biofilm: kertas saring
● Endofit: 1-2g
● Plak Gigi: 0,5-1g
Alur Kerja Layanan
Pangiriman conto
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
Kalebu analisis ing ngisor iki:
- Kontrol kualitas data mentah
- Klaster OTU / De-noise (ASV)
- Anotasi OTU
- Analisis keragaman alfa: pirang-pirang indeks, kalebu Shannon, Simpson lan ACE.
- Analisis keragaman beta
- Analisis antar-kelompok
- Analisis korelasi: antarane faktor lingkungan lan komposisi lan keragaman OUT
- Prediksi gen fungsional 16S
Histogram distribusi taksonomi
peta panas pengelompokan kelimpahan taksonomi
Analisis keragaman alfa: kurva rarefraksi
analisis keragaman beta: NMDS
Analisis antar kelompok: panemuan biomarker LEFSE
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan sekuensing amplikon BMKGene karo Illumina liwat koleksi publikasi sing dikuratori.
Dong, C. et al. (2022) 'Perakitan, Mikrobiota Inti, lan Fungsi Mikrobiota Tanah lan Kulit Kayu Rhizosfer ing Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Transplantasi konsorsium bakteri sintetis kanggo perawatan vaginosis bakteri sing diinduksi Gardnerella vaginalis ing tikus', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. lan Liu, H. (2022) 'Mikrobioma saka bledug udara sing dikumpulake sajrone eksperimen dhukungan urip bioregeneratif tertutup berbasis lemah "Lunar Palace 365"', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Kelimpahan gen fungsional sing gumantung karo bahan baku sing ana gandhengane karo transformasi nitrogen ngontrol ilang nitrogen ing kompos', Bioresource Technology, 361, hlm. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
