Peta panas
Piranti Heatmap nampa file data matriks minangka input lan ngidini pangguna nyaring, normalisasi, lan nglompokake data. Kasus panggunaan utama kanggo heatmap yaiku analisis kluster tingkat ekspresi gen antarane sampel sing beda-beda.
Anotasi Gen
Piranti Anotasi Gen nindakake anotasi gen adhedhasar penyelarasan urutan file FASTA input marang macem-macem basis data.
Piranti Panelusuran Alignment Lokal Dasar (BLAST)
Piranti BLAST minangka versi terintegrasi BMKCloud saka NCBI BLAST lan bisa digunakake kanggo nindakake fungsi sing padha nggunakake data sing diunggah menyang akun BMKCloud.
Prediksi CDS_UTR
Piranti Prediksi CDS_UTR dirancang kanggo prédhiksi wilayah pengkodean (CDS) lan wilayah non-pengkodean (UTR) ing urutan transkrip sing diwenehake adhedhasar asil BLAST nglawan basis data protein sing dikenal lan asil prediksi ORF.
Plot Manhattan
Piranti Manhattan Plot nggampangake tampilan eksperimen sampel sing dhuwur lan umume digunakake ing studi asosiasi genom (GWAS).
Diagram Sirkus
Piranti Diagram CIRCOS nyedhiyakake visualisasi sing efisien babagan kepiye fitur genomik disebarake ing saindenging genom. Fitur umum kalebu lokus kuantitatif, SNP, InDels, varian struktural lan nomer salinan.
Pengayaan Ontologi Gen (GO)
Piranti Pengayaan GO nyedhiyakake analisis pengayaan fungsional. Piranti lunak utama ing piranti iki yaiku paket TopGO-Bioconductor, sing kalebu analisis ekspresi diferensial, analisis pengayaan GO, lan visualisasi asil.
Analisis Jaringan Ko-ekspresi Gen Tertimbang (WGCNA)
WGCNA iku metode penambangan data sing digunakake sacara wiyar kanggo nemokake modul ko-ekspresi gen. Iki bisa ditrapake kanggo macem-macem set data ekspresi kalebu microarray lan data ekspresi gen NGS.
InterProScan
Piranti InterProScan nyedhiyakake analisis lan klasifikasi urutan protein InterPro.
Pengayaan GO KEGG
Piranti Pengayaan GO KEGG dirancang kanggo ngasilake histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG, lan jalur pengayaan KEGG adhedhasar set gen sing diwenehake lan anotasi sing cocog.
