Analisis mRNA Eukariotik (Based Referensi lan opsi de novo kasedhiya)
Pipa iki nggunakake data NGS RNA-Seq minangka input lan ngasilake asil saka pirang-pirang analisis hilir kalebu nanging ora winates ing: penilaian kualitas data urutan,saikianotasi situs transkripsi, analisis splicing variabel, analisis ekspresi diferensial, anotasi fungsi lan analisis pengayaan.
Long non-coding RNA Analysis
Long non-coding RNAs (lncRNA) yaiku transkrip non-coding kanthi dawa luwih saka 200 nt lan dikenal nduweni peran ing organisasi lan regulasi kromatin. Teknologi urutan lan bioinformatika kanthi throughput dhuwur wis menehi daya pangerten babagan urutan lncRNA lan informasi posisi kanggo ngenali lncRNA kanthi fungsi pangaturan sing penting. Pipa iki nyedhiyakake analisis lncRNA saliyane analisis sing kasebut ing pipa Analisis mRNA Eukariotik.
16S/18S/ITS amplicon sequencing
Pipa analisis keragaman mikroba Amplicon Sequencing dikembangake adhedhasar pengalaman pirang-pirang taun ing analisis proyek keragaman mikroba. Pipa kasebut ngemot analisis dhasar standar, sing nyakup konten analisis arus utama riset mikroba saiki lan analisis pribadi. Laporan analisis sugih lan lengkap, kanthi pilihan kanggo nindakake analisis pribadi sing beda-beda. Kajaba iku, conto lan klompok bisa diowahi kanthi cepet kanggo kustomisasi lan kontrol tambahan.
Analisis Metagenomik Shotgun
Pipa Analisis Metagenomik Shotgun nggunakake data NGS saka bahan genomik campuran sing diekstrak saka conto lingkungan. Analisa sing kalebu nyedhiyakake informasi rinci babagan keragaman lan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional, lan jaringan korelasi karo faktor lingkungan.
Analisis Varian NGS-WGS
Analisis Varian NGS-WGS minangka pipa deteksi varian terpadu sing nindakake kontrol kualitas data, keselarasan urutan, anotasi, lan analisis mutasi gen. Pipa kasebut ngetutake praktik paling apik GATK kanggo deteksi SNP lan InDel lan nggunakake Manta kanggo panggilan varian struktural.
Studi Asosiasi Genom Wide (GWAS)
Pipa GWAS minangka analisis hilir sing njupuk file VCF sing wis digawe sadurunge lan data fenotipe sing cocog kanggo klompok individu minangka input. Nggunakake metodologi statistik tartamtu, GWAS duwe tujuan kanggo nemokake variasi nukleotida genom sing ana hubungane karo beda fenotipik. Iki nduweni peran penting kanggo njelajah gen fungsional sing ana gandhengane karo penyakit manungsa sing kompleks lan sifat-sifat rumit ing tanduran lan kewan.
Analisis Segregasi Bulk (BSA)
Analisis BSA kalebu nglumpukake individu kanthi sipat fenotipik sing ekstrem saka populasi sing misahake. Kanthi mbandhingake lokus diferensial ing antarane conto sing dikumpulake, pendekatan iki kanthi cepet ngenali marker molekuler sing ana hubungane karo gen target. Digunakake sacara umum ing pemetaan genetis tanduran lan kewan, minangka alat sing migunani kanggo breeding sing dibantu karo marker.
Analisis Genetika Evolusi
Alur kerja Analisis Genetika Evolusi nggunakake pengalaman ekstensif BMKGENE ing proyek evolusi genetik lan kalebu konstruksi wit filogenetik, analisis disekuilibrium linkage, penilaian keragaman genetik, identifikasi sapuan selektif, analisis kekerabatan, analisis komponen utama, lan karakterisasi struktur populasi.
