Genomik Komparatif
Kaluwihan Service
●Expertise ekstensif lan cathetan publikasi: kanthi akumulasi, BMKGene wis ngrampungake luwih saka 90 proyek genomik komparatif, kanthi faktor dampak kumulatif tekan 900.
●Analisis bioinformatika sing komprehensif: paket analisis ngemot wolung analisis sing paling umum dibutuhake, nyedhiyakake tokoh sing siap kanggo diterbitake kanthi apik lan ngidini interpretasi asil sing gampang.
●Tim bioinformatika sing trampil lan siklus analisis cendhak: kanthi pengalaman gedhe ing analisis genomik komparatif, tim BMKGene ngrampungake panjaluk analisis pribadi sing beda-beda sajrone wektu sing cendhak.
●Dhukungan Pasca Penjualan:Komitmen kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise adol 3 wulan. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Spesifikasi Layanan
| Perkiraan wektu giliran | Jumlah spesies | Nganalisis |
| 30 dina kerja | 6 - 12 | Kluster kulawarga gen Ekspansi lan kontraksi kulawarga gen Konstruksi wit filogenetik Estimasi wektu divergensi (Kalibrasi fosil dibutuhake) Wektu nglebokake LTR (Kanggo tanduran) Duplikasi genom utuh (Kanggo tanduran) Tekanan selektif Analisis sintetik |
Analisis bioinformatika
● kulawarga Gene
● Filogenetik
● wektu divergensi
● Tekanan selektif
● Analisis sintetik
Syarat Sampel lan Pangiriman
Syarat Sampel:
Tisu utawa DNA kanggo urutan lan perakitan genom
Kanggo Tisu
| Spesies | Tisu | Survey | PacBio CCS |
| kewan | Jaringan viseral | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| jaringan otot | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| getih mamalia | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Darah unggas / iwak | |||
| tanduran | Godhong seger | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Petal / Batang | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Oyod / Wiji | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| sel | Sel kultur | - | ≥ 1 x 108 |
data
File urutan genom(.fasta) lan file anotasi (.gff3) saka spesies sing ana hubungane
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
*Asil demo sing ditampilake ing kene kabeh saka génom sing diterbitake karo Biomarker Technologies
1.LTR insert wektu ngira: Tokoh ditampilake distribusi bimodal unik ing LTR-RTs kaping selipan ing Weining rye génom, dibandhingake spesies liyane. Puncak paling anyar muncul watara 0,5 yuta taun kepungkur.
Li Guang et al.,Genetika Alam, 2021
2. Analisis filogeni lan kulawarga gen ing labu siam (Sechium edule): Kanthi nganalisa labu siam lan 13 spesies liyane sing gegandhengan ing kulawarga gen, labu siam ditemokake paling raket karo labu ula (Trichosanthes anguina). Chayote sing asalé saka labu ula ing watara 27-45 Mya lan duplikasi genom wutuh (WGD) diamati ing labu siam ing 25±4 Mya, yaiku acara WGD katelu ing cucuibitaceae.
Fu A et al.,Riset Hortikultura, 2021
3.Analisis Syntey: Sawetara gen sing ana hubungane karo fitohormon ing pangembangan woh ditemokake ing labu siam, labu ula lan squash. Korélasi antara labu siam lan labu kuning rada luwih dhuwur tinimbang antara labu siam lan labu ula.
Fu A et al.,Riset Hortikultura, 2021
4.Analisis kulawarga Gene: Pengayaan KEGG babagan ekspansi lan kontraksi kulawarga gen ing génom G.thurberi lan G.davidsonii nuduhake yen biosintesis steroid lan gen sing gegandhengan karo biosintesis brassinosteroid ditambahi.
Yang Z et al.,BMC Biologi, 2021
5.Analisis duplikasi genom kabèh: Analisis distribusi 4DTV lan Ks ditampilake acara duplikasi genom kabèh. Puncak intraspesies ditampilake acara duplikasi. Puncak interspesies ditampilake acara spesiasi. Analisis kasebut nuduhake yen mbandhingake karo telung spesies liyane sing raket, O. europaea ngalami duplikasi gen skala gedhe sing luwih anyar.
Rao G et al.,Riset Hortikultura, 2021
Kasus BMK
Mawar tanpa prickle: wawasan genomik sing ana gandhengane karo adaptasi kelembapan
Diterbitake: Kajian Ilmu Nasional, 2021
Strategi urutan:
'BasyeTanpa duri' (R.Wichurainan) genom:
Kira-kira. 93 X PacBio + kira-kira. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Asil kunci
1. Genom R.wichuraiana kualitas dhuwur dibangun kanthi nggunakake teknik urutan sing wis suwe diwaca, sing ngasilake perakitan 530,07 Mb (Ukuran genom kira-kira 525,9 Mb kanthi cytometry aliran lan 525,5 kanthi survey genom; Heterozigositas sekitar 1,03%). Skor BUSCO kira-kira 93,9%. Dibandhingake karo "Old blush" (haploOB), kualitas lan kelengkapan genom iki dikonfirmasi kanthi akurasi basis tunggal lan indeks perakitan LTR (LAI = 20.03). Genom R.wichuraiana ngandhut 32.674 gen pengkode protein.
2.Analisis gabungan multi-omics, dumadi saka genomics komparatif, transcriptomics, analisis QTL populasi genetik, dicethakaké speciation wigati antarane R. wichuraiana lan Rosa chinensis. Uga, variasi ekspresi gen sing gegandhengan ing QTL bisa uga ana gandhengane karo pola prickle stem.
Anasis genomik komparatif antarane Basye;s Thornless lan Rosa chinensis kalebu analisis synteny, kluster kulawarga gen, analisis ekspansi lan kontraksi, nuduhake akeh variasi, sing ana hubungane karo sifat penting ing roses. Ekspansi unik ing kulawarga gen NAC lan FAR1 / FRS kemungkinan banget ana gandhengane karo resistensi kanggo titik ireng.
Analisis genom komparatif antarane genom BT lan haploOB.
Zhong, M., et al. "Mawar tanpa prickle: wawasan genomik sing ana gandhengane karo adaptasi kelembapan"Kajian Ilmu Nasional, 2021;, nwab092.
