Urutan RNA inti tunggal
Skema Teknis
Isolasi inti ditindakake kanthi 10× Genomics Chromium™, sing kasusun saka sistem mikrofluidika wolung saluran kanthi persilangan ganda. Ing sistem iki, manik-manik gel kanthi barcode lan primer, enzim, lan inti tunggal dienkapsulasi ing tetes lenga ukuran nanoliter, ngasilake Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Sawise GEM kawangun, lisis sel lan pelepasan barcode ditindakake ing saben GEM. mRNA ditranskripsikan terbalik dadi molekul cDNA kanthi barcode 10× lan UMI, sing luwih lanjut tundhuk karo konstruksi perpustakaan sekuensing standar.
Fitur-fitur
● Persiapan suspensi inti tunggal saka jaringan beku
● Pembentukan Gel Bead-in-Emulsion (GEM) banjur diterusake karo sintesis cDNA
● Saben manik-manik ing GEM diisi karo primer sing kasusun saka 4 bagean:
buntut poli(dT) kanggo priming mRNA lan sintesis cDNA,
Identifikasi Molekuler Unik (UMI) kanggo mbenerake bias amplifikasi
10x kode batang
Urutan pengikatan primer sekuensing maca sebagian 1
Kauntungan
Sekuensing RNA inti tunggal ngatasi watesan sekuensing RNA sel tunggal, sing ndadekake:
● Panggunaan sampel beku lan ora mung winates ing sampel seger
● Stres sel beku sing endhek dibandhingake karo perawatan enzimatik sel seger, sing katon ing data transkriptom awujud gen sing kurang kena stres
● Ora perlu mbusak sel getih abang sadurunge
● Diameter sel tanpa wates
● Macem-macem conto sing layak dianalisis, kalebu jinis jaringan kompleks lan rapuh sing rentan nglumpuk utawa ngrusak sel sajrone disosiasi jaringan
Sampel sing ora bisa dianalisis nganggo sekuensing RNA sel tunggal lan layak kanggo sekuensing RNA inti tunggal:
| Sel / Jaringan | Alesan |
| Tisu beku sing durung seger | Ora bisa entuk organisasi anyar utawa sing wis suwe disimpen |
| Sel otot, Megakariosit, Lemak… | Diameter sel kegedhen kanggo mlebu instrumen |
| Ati… | Keren banget kanggo pecah, ora bisa mbedakake sel tunggal |
| Sel neuron, Otak… | Luwih sensitif, gampang stres, bakal ngowahi asil sekuensing |
| Pankreas, Tiroid… | Sugih enzim endogen, sing mengaruhi produksi suspensi sel tunggal |
Inti tunggal vs Sel tunggal
| Inti tunggal | Sel tunggal |
| Diameter sel tanpa wates | Diameter sel: 10-40 μm |
| Materi kasebut bisa awujud jaringan beku | Bahan kasebut kudu saka jaringan seger |
| Tekanan rendah saka sel beku | Perawatan enzim bisa nyebabake reaksi stres sel |
| Ora perlu mbusak sel getih abang | Sel getih abang kudu dicopot |
| Nuklir ngekspresikake bioinformasi | Sel sakabèhé ngungkapaké bioinformasi |
Spesifikasi
| Sarat Conto | Perpustakaan | Strategi urutan | Data sing disaranake | Kontrol Kualitas |
| Jaringan kewan ≥ 200 mg Jaringan tanduran ≥ 400 mg | 10x Pustaka cDNA Genomics sn | Illumina PE150 | 100K PE maca saben sel (100-200 Gb) | 700-1200 inti/μl lan integritas inti diamati ing mikroskop |
Kanggo katrangan luwih lengkap babagan pandhuan persiapan conto lan alur kerja layanan, monggo hubungiPakar BMKGENE
Alur Kerja Layanan
Kalebu analisis ing ngisor iki:
● Kontrol Kualitas: cacahing sel, deteksi gen, identifikasi sel sing akurat, molekul RNA lan kuantifikasi ekspresi
● Analisis Sampel Batin:
Klasterisasi sel lan anotasi kluster
Analisis Ekspresi Diferensial: identifikasi DEG ing kluster
Anotasi fungsional lan pengayaan DEG kluster
● Analisis Antar-klompok:
Kombinasi data
Analisis Ekspresi Diferensial: identifikasi DEG ing klompok
Anotasi fungsional lan pengayaan DEG grup
● Analisis Lanjut:
Analisis siklus sel
Analisis pseudotime
Analisis komunikasi seluler (CellPhoneDB)
Analisis Pengayaan Set Gen (GSEA)
Analisis sampel njero
Klasterisasi sel:
Analisis Ekspresi Diferensial: DEG kluster
Analisis antar-kelompok
Analisis Ekspresi Diferensial: DEG Grup
Analisis Lanjut:
Analisis pseudotime:
Analisis siklus sel:
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan sekuensing RNA inti tunggal BMKGene dening 10X Chromium ing publikasi unggulan iki:
Wang, L. et al. (2021) 'Analisis transkriptomik sel tunggal mbukak lanskap kekebalan paru-paru ing eksaserbasi asma sing tahan steroid',Prosiding Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional Amerika Serikat, 118(2), hlm. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'Jaringan Regulasi Global kanggo Ekspresi Gen sing Ora Diatur lan Sinyal Metabolik Abnormal ing Sel Kekebalan Tubuh ing Lingkungan Mikro Penyakit Graves lan Tiroiditis Hashimoto',Wates ing Imunologi, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian, H. et al. (2023) 'Transkriptom sel tunggal nemokake heterogenitas lan respon imun leukosit sawise vaksinasi karo Edwardsiella tarda sing ora aktif ing flounder (Paralichthys olivaceus)',Budidaya Akuatik, 566, hlm. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) 'Terapi fotodinamik ningkatake asil saka inhibitor checkpoint imun liwat remodeling kekebalan anti-tumor ing pasien kanker lambung',Kanker Lambung, 26(5), hlm. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRIK.
