-
Interaksi Kromatin adhedhasar Hi-C
Hi-C iku metode sing dirancang kanggo nangkep konfigurasi genomik kanthi nggabungake interaksi adhedhasar jarak lan sekuensing throughput dhuwur. Metode iki adhedhasar crosslinking kromatin karo formaldehida, banjur pencernaan lan re-ligasi kanthi cara mung fragmen sing disambung sacara kovalen sing bakal mbentuk produk ligasi. Kanthi ngurutake produk ligasi iki, bisa nyinaoni organisasi 3D genom. Hi-C ngidini nyinaoni distribusi bagean genom sing dikemas entheng (kompartemen A, eukromatin) lan luwih cenderung aktif sacara transkripsi, lan wilayah sing luwih rapet (kompartemen B, Heterokromatin). Hi-C uga bisa digunakake kanggo nemtokake Topologically Associated Domains (TAD), wilayah genom sing duwe struktur lipatan lan cenderung duwe pola ekspresi sing padha, lan kanggo ngenali puteran kromatin, wilayah DNA sing disambung bebarengan dening protein lan asring diperkaya unsur pengatur. Layanan sekuensing Hi-C BMKGene nguatake para peneliti kanggo njelajah dimensi spasial genomik, mbukak dalan anyar kanggo mangerteni regulasi genom lan implikasine ing kesehatan lan penyakit.
-
Urutan Imunopresipitasi Kromatin (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) iku teknik sing nggunakake antibodi kanggo ngayahi protein pengikat DNA lan target genomik sing cocog kanthi selektif. Integrasi karo NGS ngidini profiling target DNA ing saindenging genom sing ana gandhengane karo modifikasi histon, faktor transkripsi, lan protein pengikat DNA liyane. Pendekatan dinamis iki ngidini perbandingan situs pengikatan ing macem-macem jinis sel, jaringan, utawa kondisi. Aplikasi ChIP-Seq wiwit saka nyinaoni regulasi transkripsi lan jalur perkembangan nganti njlentrehake mekanisme penyakit, dadi alat sing penting banget kanggo mangerteni lanskap regulasi genomik lan ngembangake wawasan terapeutik.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Sekuensing bisulfit genom sakabèhé (WGBS)
Teknik iki, adhedhasar perawatan bisulfit DNA kanggo ngindhuksi konversi sitosin sing ora termetilasi dadi urasil (C dadi U), nalika ninggalake sitosin sing termetilasi ora owah, dadi metodologi standar emas kanggo eksplorasi metilasi DNA sing jero, utamane ing posisi kaping lima ing sitosin (5-mC), regulator penting ekspresi gen lan aktivitas seluler.
Teknik iki nawakake resolusi basis tunggal, sing ngidini para peneliti nyelidiki metilom kanthi komprehensif lan nemokake pola metilasi abnormal ing sampel kasebut. Kanthi nggunakake WGBS, para ilmuwan bisa entuk wawasan sing ora ana tandhingane babagan lanskap metilasi ing saindenging genom, menehi pangerten sing luwih jero babagan mekanisme epigenetik sing ndasari macem-macem proses lan penyakit biologis.
-
Uji kanggo Kromatin sing Bisa Diakses Transposase kanthi Urutan Throughput Dhuwur (ATAC-seq)
ATAC-seq iku teknik sekuensing throughput dhuwur sing digunakake kanggo analisis aksesibilitas kromatin sak genom. Panggunaan iki nyedhiyakake pangerten sing luwih jero babagan mekanisme kompleks kontrol epigenetik global babagan ekspresi gen. Metode iki nggunakake transposase Tn5 hiperaktif kanggo fragmentasi lan menehi tag wilayah kromatin sing mbukak kanthi bebarengan kanthi nyisipake adaptor sekuensing. Amplifikasi PCR sabanjure nyebabake digawe perpustakaan sekuensing, sing ngidini identifikasi lengkap wilayah kromatin sing mbukak ing kahanan ruang-wektu tartamtu. ATAC-seq nyedhiyakake tampilan holistik babagan lanskap kromatin sing bisa diakses, ora kaya metode sing mung fokus ing situs pengikatan faktor transkripsi utawa wilayah sing dimodifikasi histon tartamtu. Kanthi ngurutake wilayah kromatin sing mbukak iki, ATAC-seq mbukak wilayah sing luwih cenderung menyang urutan peraturan aktif lan situs pengikatan faktor transkripsi potensial, menehi wawasan sing penting babagan modulasi dinamis ekspresi gen ing saindenging genom.
-
Urutan Bisulfit Representasi sing Dikurangi (RRBS)
Sekuensing bisulfit representasi sing dikurangi (RRBS) gumantung marang pengayaan wilayah sing sugih pulo CpG kanthi pembelahan MspI sing diikuti karo pemilihan ukuran fragmen 200-500/600 bps. Akibate, mung wilayah sing proksimal karo pulo CpG sing diurut, dene sing duwe pulo CpG sing adoh ora kalebu ing analisis. Proses iki, digabungake karo sekuensing bisulfit, ngidini deteksi metilasi DNA kanthi resolusi dhuwur, lan pendekatan sekuensing, PE150, fokus khusus ing ujung sisipan tinimbang tengah, nambah efisiensi profil metilasi.
Teknik iki wis muncul minangka alternatif sing efektif biaya lan efisien kanggo Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ing riset metilasi DNA. Nalika WGBS menehi wawasan lengkap kanthi mriksa kabeh genom ing resolusi basa tunggal, biaya sing dhuwur bisa dadi faktor pembatas, sing RRBS kanthi strategis nyuda tantangan iki kanthi selektif nganalisis bagean sing representatif saka genom. Metodologi iki minangka alat sing ora ana regane sing ngidini riset metilasi DNA sing efektif biaya lan ngembangake kawruh babagan mekanisme epigenetik.
