-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Transkriptomi spasial minangka teknik sing ngidini kita nangkep lan nggambarake ekspresi gen ing jaringan. Iki bisa dadi penting kanggo ngerti carane sel sesambungan.
Ana macem-macem platform kanggo pendekatan iki. Ing prakara iki, BMKGene wis ngembangake BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, platform sing ngedongkrak kinerja technique, nggayuh résolusi subselular lan mbisakake setelan resolusi multi-level.
Chip iki nyakup 4,2 yuta titik kanthi nggunakake teknologi microwell sing dipatenake kanthi manik-manik sing diisi probe barcode spasial. Kanthi metode iki, sawise njupuk lan amplifikasi, kita entuk perpustakaan cDNA sing diperkaya karo conto barcoded sing kompatibel karo Illumina.
Ing data kasebut, kombinasi barcode spasial lan UMI njamin akurasi lan spesifik data sing digawe. Nggabungake kabeh ing ndhuwur, BMKManu nyedhiyakake setelan data sing serbaguna.
-
Urutan RNA inti tunggal
Pangembangan teknik tangkapan sel siji lan teknik konstruksi perpustakaan khusus, ditambah karo urutan throughput dhuwur, wis ngrevolusi studi ekspresi gen ing tingkat sel. Terobosan iki ngidini analisis sing luwih jero lan luwih lengkap babagan populasi sel sing kompleks, ngatasi watesan sing ana gandhengane karo ekspresi gen rata-rata ing kabeh sel lan njaga heterogenitas sejatine ing populasi kasebut. Nalika urutan RNA sel siji (scRNA-seq) nduweni kaluwihan sing ora bisa dipungkiri, nemoni tantangan ing jaringan tartamtu ing ngendi nggawe suspensi sel siji mbuktekake angel lan mbutuhake conto anyar. Ing BMKGene, kita ngatasi alangan iki kanthi nawakake urutan RNA inti tunggal (snRNA-seq) nggunakake teknologi 10X Genomics Chromium sing paling canggih. Pendekatan iki nggedhekake spektrum sampel sing bisa ditrapake kanggo analisis transkriptom ing tingkat sel tunggal.
Isolasi inti ditindakake liwat chip 10X Genomics Chromium sing inovatif, kanthi sistem mikrofluida wolung saluran kanthi nyebrang kaping pindho. Ing sistem iki, manik-manik gel sing nggabungake barcode, primer, enzim, lan inti siji dienkapsulasi ing tetes minyak ukuran nanoliter, mbentuk Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Sawise pembentukan GEM, lisis sel lan release barcode dumadi ing saben GEM. Sabanjure, molekul mRNA ngalami transkripsi mbalikke menyang cDNA, nggabungake 10X barcode lan Unique Molecular Identifiers (UMI). cDNA iki banjur tundhuk construction perpustakaan urutan standar, nggampangake eksplorasi mantep lan lengkap saka profil ekspresi gen ing tingkat sel siji.
Platform: 10 × Genomics Chromium lan Platform Illumina NovaSeq
-
10x Transkriptom Spasial Visium Genomics
Transkriptomi spasial minangka teknologi canggih sing ngidini peneliti nyelidiki pola ekspresi gen ing jaringan nalika njaga konteks spasial. Salah sawijining platform sing kuat ing domain iki yaiku 10x Genomics Visium ditambah karo urutan Illumina. Prinsip 10X Visium dumunung ing chip khusus kanthi area panangkepan sing ditemtokake ing ngendi bagean jaringan diselehake. Wilayah panangkepan iki ngemot titik barcode, saben cocog karo lokasi spasial sing unik ing jaringan kasebut. Molekul RNA sing dijupuk saka jaringan banjur dilabeli karo pengenal molekul unik (UMI) sajrone proses transkripsi mbalikke. Titik barcode lan UMI iki mbisakake pemetaan spasial sing tepat lan kuantifikasi ekspresi gen ing resolusi sel siji. Kombinasi conto barcode spasial lan UMI njamin akurasi lan spesifik data sing digawe. Kanthi nggunakake teknologi Spatial Transcriptomics iki, peneliti bisa entuk pangerten sing luwih jero babagan organisasi spasial sel lan interaksi molekuler sing kompleks sing kedadeyan ing jaringan, menehi wawasan sing ora penting babagan mekanisme sing ndasari proses biologi ing pirang-pirang lapangan, kalebu onkologi, neurosains, biologi perkembangan, imunologi, lan studi botani.
Platform: 10X Genomics Visium lan Illumina NovaSeq
