Urutan Metagenomik-TGS
Metagenom iku kumpulan materi genetik saka komunitas campuran organisme, kayata metagenom lingkungan lan manungsa. Metagenom iki ngandhut genom mikroorganisme sing bisa dibudidayakake lan ora bisa dibudidayakake. Sekuensing metagenomik ngidini panliten babagan lanskap genomik sing rumit iki sing dilebokake ing sampel ekologis kanthi nyedhiyakake luwih saka profil taksonomi. Metagenom uga nawakake perspektif genomik fungsional kanthi njelajah gen sing dikodekake lan peran putatif ing proses lingkungan. Nalika pendekatan shotgun tradisional karo sekuensing Illumina wis digunakake sacara wiyar ing panliten metagenomik, munculé sekuensing maca dawa Nanopore lan PacBio wis ngganti lapangan kasebut. Teknologi Nanopore lan PacBio ningkatake analisis bioinformatik hilir, utamane perakitan metagenom, njamin perakitan sing luwih terus-terusan. Laporan nuduhake yen metagenomik berbasis Nanopore lan PacBio wis sukses ngasilake genom bakteri lengkap lan tertutup saka mikrobioma kompleks (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ngintegrasikan bacaan Nanopore karo bacaan Illumina nyedhiyakake pendekatan strategis kanggo koreksi kesalahan, nyuda akurasi Nanopore sing kurang. Kombinasi sinergis iki nggunakake kekuwatan saben platform sekuensing, menehi solusi sing kuat kanggo ngatasi watesan potensial lan ningkatake presisi lan linuwih analisis metagenomik.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia lan PacBio Revio
Fitur Layanan
● Urutan maca dawa ing Nanopore P48 (pustaka 10Kb); PacBio Revio (pustaka 8Kb)
● Koreksi kesalahan: urutan ing Illumina NovaSeq (pustaka PE150)
Kauntungan Layanan
●Perakitan Metagenom Berkualitas Tinggi:Kanthi luwih sithik contig sing nduweni kontinuitas sing luwih dhuwur.
●Akurasi sing luwih dhuwur:Identifikasi spesies lan prediksi gen fungsional.
●Perakitan sing DitingkatakeNggampangake isolasi genom bakteri lan analisis metagenom komparatif.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif:Analisis kita ora mung fokus ing keragaman taksonomi nanging uga ing keragaman fungsional komunitas kasebut.
●Pengalaman sing jembarTim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek, kanthi rekam jejak kasil nutup pirang-pirang proyek metagenomik ing macem-macem domain riset lan ngolah luwih saka 200.000 sampel, tim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek.
Spesifikasi Layanan
| Platform sekuensing | Strategi Urutan | Data sing disaranake |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Gb |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6 / 10 Gb |
| PacBio Revio | 8 kb | 10 / 20 Gb |
Sarat Conto
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) | Volume (µL) | |
| Perpustakaan Illumina PE150 | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
| Perpustakaan Nanopore 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Pustaka PacBio 8 kb | ≥50 | 10 µg/sel | ≥20 |
Alur Kerja Layanan
Pangiriman conto
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
Kalebu analisis ing ngisor iki:
● Kontrol Kualitas Data Urutan
● Perakitan Metagenom lan Prediksi Gen
● Anotasi Gen
● Analisis Keanekaragaman Alfa Taksonomi
● Analisis Fungsional Komunitas: Fungsi Biologis, Metabolik, Resistensi Antibiotik
● Analisis babagan Keragaman Fungsional lan Taksonomi:
Analisis Keragaman Beta
Analisis Antar-Klompok
Analisis Korelasi: antarane faktor lingkungan lan komposisi lan keragaman OUT
Distribusi set gen non-redundan:
Anotasi gen: jalur KEGG
Anotasi gen: eggNOG
Anotasi gen: karbohidrat CAZY
Jaringan korelasi spesies:
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan sekuensing metagenomik BMKGene nganggo Nanopore + Illumina nganggo publikasi unggulan iki:
Jin, H. et al. (2023) 'Kompendium genom kualitas dhuwur saka mikrobioma usus manungsa saka Inner Mongolians', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), pp. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
