Metagenomic Sequencing-Nanopore
Kaluwihan Service
● Déwan kualitas dhuwur-Nambah akurasi identifikasi spesies lan prediksi gen fungsional
● Isolasi genom bakteri tertutup
● Aplikasi sing luwih kuat lan dipercaya ing macem-macem wilayah, contone, deteksi mikroorganisme patogen utawa gen sing gegandhengan karo resistensi antibiotik
● Analisis metagenome komparatif
Spesifikasi Layanan
| Platform | Sequencing | Data sing disaranake | Wektu Turnaround |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 dina kerja |
Analisis bioinformatika
● Kontrol kualitas data mentah
● Déwan metagenome
● Non-redundant gen set lan anotasi
● Analisis keragaman spesies
● Analisis keragaman fungsi genetik
● Analisis antarkelompok
● Analisis asosiasi marang faktor eksperimen
Syarat Sampel lan Pangiriman
syarat Sample lan pangiriman
Syarat Sampel:
KanggoEkstrak DNA:
| Tipe Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kemurnian |
| Ekstrak DNA | 1-1,5 ug | > 20 ng/ml | OD260/280= 1.6-2.5 |
Kanggo sampel lingkungan:
| jinis sampel | Prosedur sampling sing disaranake |
| lemah | Jumlah sampling: approx.5 g;Sisa zat layu kudu dibuang saka permukaan;Tlatah potongan gedhe lan ngliwati saringan 2 mm;Sampel Aliquot ing tabung EP utawa cyrotube steril kanggo leladen. |
| najis | Jumlah sampling: approx.5 g;Nglumpukake lan conto aliquot ing EP-tabung steril utawa cryotube kanggo leladen. |
| isi usus | Sampel kudu diproses ing kahanan aseptik.Wisuh tissue diklumpukake karo PBS;Centrifuge PBS lan ngumpulake precipitant ing EP-tabung. |
| Sludge | Jumlah sampling: approx.5 g;Nglumpukake lan aliquot sampel endhot ing steril EP-tabung utawa cryotube kanggo leladen |
| Waterbody | Kanggo sampel kanthi jumlah mikroba sing winates, kayata banyu tap, banyu sumur, lsp., Nglumpukake paling sethithik 1 L banyu lan ngliwati saringan 0,22 μm kanggo nambah mikroba ing membran.Simpen membran ing tabung steril. |
| Kulit | Kasebut kanthi teliti, scrape lumahing kulit karo swab katun steril utawa agul-agul bedhah lan sijine ing tabung steril. |
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Beku conto ing nitrogen cair kanggo 3-4 jam lan simpen ing nitrogen cair utawa -80 derajat kanggo reservasi jangka panjang.Pengiriman sampel nganggo es garing dibutuhake.
Alur Kerja Layanan
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
1.Heatmap: Klastering kekayaan spesies
2.Gen fungsional anotasi kanggo jalur metabolik KEGG
3. Jaringan korelasi spesies
4. Sirkos gen resistensi antibiotik CARD
Kasus BMK
Metagenomics nanopore mbisakake diagnosis klinis kanthi cepet saka infeksi saluran napas ngisor bakteri
Diterbitake:Bioteknologi Alam, 2019
Sorotan Teknis
Sequencing: Nanopore Minion
Bioinformatika metagenomik klinis: Host DNA depletion, WIMP and ARMA analysis
Deteksi cepet: 6 jam
Sensitivitas dhuwur: 96,6%
Asil kunci
Ing taun 2006, infèksi ambegan ngisor (LR) nyebabake 3 yuta wong mati ing saindenging jagad.Cara khas kanggo deteksi patogen LR1 yaiku budidaya, sing nduweni sensitivitas sing kurang, wektu sing suwe lan ora ana panuntun dhumateng terapi antibiotik awal.Diagnosis mikroba sing cepet lan akurat wis suwe dadi kabutuhan sing penting.Dr. Justin saka Universitas East Anglia lan kanca-kancane sukses ngembangake metode metagenomik berbasis Nanopore kanggo deteksi patogen.Miturut alur kerjane, 99.99% DNA host bisa entek.Deteksi ing patogen lan gen tahan antibiotik bisa rampung ing 6 jam.
Referensi
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Metagenomics nanopore mbisakake diagnosis klinis kanthi cepet saka infeksi saluran napas ngisor bakteri.Bioteknologi Alam, 37(7), 1.
