page_head_bg

Produk

Metagenomic Sequencing -NGS

Metagenome nuduhake koleksi materi genetik total saka komunitas campuran organisme, kayata metagenom lingkungan, metagenom manungsa, lan sapiturute. Ngandhut genom saka mikroorganisme sing bisa dibudidaya lan ora bisa diolah.Urutan metagenomik minangka alat molekuler sing digunakake kanggo nganalisis bahan genom campuran sing diekstrak saka conto lingkungan, sing nyedhiyakake informasi rinci babagan keragaman lan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional lan jaringan korelasi karo faktor lingkungan.

Platform:Illumina NovaSeq6000


Rincian Layanan

Asil Demo

Studi Kasus

Kaluwihan Service

● Isolasi lan bebas budidaya kanggo profil komunitas mikroba

● Resolusi dhuwur kanggo ndeteksi spesies kurang akeh ing conto lingkungan

● Gagasan "meta-" nggabungake kabeh fitur biologi ing tingkat fungsional, tingkat spesies lan tingkat gen, sing nggambarake tampilan dinamis sing luwih cedhak karo kasunyatan.

● BMK nglumpukake pengalaman gedhe ing macem-macem jinis sampel kanthi luwih saka 10.000 conto sing diproses.

Spesifikasi Layanan

 Platform

Sequencing

Data sing disaranake

Wektu turnaround

Illumina NovaSeq 6000

PE150

6 G/10 G/20 G

45 dina kerja

Analisis bioinformatika

● Kontrol kualitas data mentah

● Déwan metagenome

● Non-redundant gen set lan anotasi

● Analisis keragaman spesies

● Analisis keragaman fungsi genetik

● Analisis antarkelompok

● Analisis asosiasi marang faktor eksperimen

liuchengtu11

Syarat Sampel lan Pangiriman

Syarat Sampel:

KanggoEkstrak DNA:

Tipe Sampel

Jumlah

Konsentrasi

Kemurnian

Ekstrak DNA

> 100 ng

> 1 ng/l

OD260/280= 1.6-2.5

Kanggo sampel lingkungan:

jinis sampel

Prosedur sampling sing disaranake

lemah

Jumlah sampling: approx.5 g;Sisa zat layu kudu dibuang saka permukaan;Tlatah potongan gedhe lan ngliwati saringan 2 mm;Sampel Aliquot ing tabung EP utawa cyrotube steril kanggo leladen.

najis

Jumlah sampling: approx.5 g;Nglumpukake lan conto aliquot ing EP-tabung steril utawa cryotube kanggo leladen.

isi usus

Sampel kudu diproses ing kahanan aseptik.Wisuh tissue diklumpukake karo PBS;Centrifuge PBS lan ngumpulake precipitant ing EP-tabung.

Sludge

Jumlah sampling: approx.5 g;Nglumpukake lan aliquot sampel endhot ing steril EP-tabung utawa cryotube kanggo leladen

Waterbody

Kanggo sampel kanthi jumlah mikroba sing winates, kayata banyu tap, banyu sumur, lsp., Nglumpukake paling sethithik 1 liter banyu lan ngliwati saringan 0,22 μm kanggo nambah mikroba ing membran.Simpen membran ing tabung steril.

Kulit

Kasebut kanthi teliti, scrape lumahing kulit karo swab katun steril utawa agul-agul bedhah lan sijine ing tabung steril.

Pangiriman Sampel sing Disaranake

Beku conto ing nitrogen cair kanggo 3-4 jam lan simpen ing nitrogen cair utawa -80 derajat kanggo reservasi jangka panjang.Pengiriman sampel nganggo es garing dibutuhake.

Alur Kerja Layanan

logo_02

pangiriman sampel

logo_04

Konstruksi perpustakaan

logo_05

Sequencing

logo_06

Analisis data

logo_07

Layanan sawise-sale


  • Sadurunge:
  • Sabanjure:

  • 1.Histogram: Distribusi spesies

    3

    2.Gen fungsional anotasi kanggo jalur metabolik KEGG

    4

    3. Peta panas: Fungsi diferensial adhedhasar kelimpahan gen relatif54. Sirkos gen resistensi antibiotik CARD

    6

    Kasus BMK

    Prevalensi gen resistensi antibiotik lan patogen bakteri ing sadawane kontinum akar lemah-mangrove

    Diterbitake:Jurnal Bahan Mbebayani, 2021

    Strategi urutan:

    Bahan: Ekstrak DNA saka patang fragmen sampel sing gegandhengan karo akar bakau: lemah sing ora ditandur, rhizosfer, episphere lan kompartemen endosfer
    Platform: Illumina HiSeq 2500
    Sasaran: Metagenome
    16S rRNA gen V3-V4 wilayah

    Asil kunci

    Sekuensing metagenomik lan profiling metabarkoding ing kontinuum akar-tanah saka anakan bakau diolah kanggo nyinaoni panyebaran gen resistensi antibiotik (ARG) saka lemah menyang tanduran.Data metagenomik ngandhakake yen 91.4% gen resistensi antibiotik umume diidentifikasi ing kabeh papat kompartemen lemah sing kasebut ing ndhuwur, sing nuduhake cara sing terus-terusan.Urutan amplicon 16S rRNA ngasilake 29.285 urutan, sing nuduhake 346 spesies.Digabungake karo profil spesies kanthi urutan amplicon, panyebaran iki ditemokake bebas saka mikrobiota sing ana gandhengane karo oyod, nanging bisa difasilitasi dening unsur genetik seluler.Panliten iki nemtokake aliran ARG lan patogen saka lemah menyang tanduran liwat kontinum lemah-root sing saling nyambungake.

    Referensi

    Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalensi gen resistensi antibiotik lan patogen bakteri ing sadawane kontinum akar lemah-mangrove.Jurnal Bahan Berbahaya, 408, 124985.

    njaluk kutipan

    Tulis pesen sampeyan ing kene lan kirimake menyang kita

    Kirim pesen kanggo kita: