●Metode Isolasi lan Tanpa Budidaya kanggo Profil Komunitas Mikroba: Ngaktifake urutan materi genetik saka organisme sing ora bisa diolah.
●Resolusi dhuwur: Ndeteksi spesies kurang kelimpahan ing sampel lingkungan.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif:Fokus ora mung ing keragaman taksonomi nanging uga ing keragaman fungsional masyarakat.
●Pengalaman ekstensif:Kanthi rekaman sukses nutup pirang-pirang proyek metagenomik ing macem-macem domain riset lan ngolah luwih saka 200.000 conto, tim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek.
Platform urutan | Strategi Sequencing | Data dianjurake | Kontrol kualitas |
Illumina NovaSeq utawa DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (ng) | Volume (µL) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Lemah / endhas: 2-3g
● Isi usus-kewan: 0,5-2g
● Isi usus-serangga: 0,1-0,25g
● Lumahing tanduran (sedimen sing diperkaya): 0,5-1g
● Duduh kaldu fermentasi enriched endhepan): 0,2-0,5g
● Fees (kewan gedhe): 0,5-2g
● Fees (mouse): 3-5biji
● Cairan lavage alveolar paru: kertas saring
● Swab vagina: 5-6 swab
● swab kulit/genital/saliva/jaringan lembut oral/faringeal swab/rektal swab: 2-3 swab
● Mikroorganisme lumahing: 5-6 swab
● Badan banyu/udara/biofilm: kertas saring
● Endofit: 2-3g
● Plaque Dental: 0,5-1g
Kalebu analisis ing ngisor iki:
● Sequencing kontrol kualitas data
● Déwan metagenome lan prediksi gen
● Anotasi gen
● Analisis keragaman alfa taksonomi
● Analisis fungsional komunitas: fungsi biologis, metabolisme, resistensi antibiotik
● Analisis babagan keragaman fungsional lan taksonomi:
Analisis keragaman beta
Analisis antarkelompok
Analisis korelasi: antarane faktor lingkungan lan komposisi lan keragaman OUT
Analisis fungsional: CARD resistensi antibiotik
Analisis diferensial saka jalur metabolik KEGG: peta panas saka jalur sing signifikan
Bhinéka Alpha distribusi taksonomi: indeks ACE
Beta bhinéka distribusi taksonomi: PCoA
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan urutan metagenome BMKGene karo Illumina liwat koleksi publikasi sing dipilih.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analisis metagenomik lan metabolomik saka owah-owahan isi usus trout pelangi (Oncorhynchus mykiss) sing kena infeksi virus nekrosis hematopoietik infèksius ing suhu banyu kultur sing beda-beda',Frontiers ing Mikrobiologi, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Komunitas mikroba, gen resistensi, lan risiko resistome ing tlaga kutha saka negara trofik sing beda: Hubungan internal lan pengaruh eksternal',Jurnal Kemajuan Bahan Mbebayani, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Analisis Metagenomik Ngungkapake Bedane Komposisi lan Fungsi Antarane Mikroorganisme Rumen Wedhus sing Gegandhengan Cairan lan Padhet',Frontiers ing Mikrobiologi, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikrobiota sing asale saka babi Ningxiang obese nyepetake metabolisme karnitin kanggo ningkatake deposisi asam lemak otot ing babi DLY tanpa lemak',Inovasi kasebut, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Wawasan metagenomik babagan risiko potensial saka sampah bio/plastik lan non-plastik sing bisa didegradasi ing sisih ndhuwur lan ngisor Muara Haihe, China',Ilmu Lingkungan Total, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.