Metagenomic Sequencing -NGS
Metagenom minangka kumpulan materi genetik total saka komunitas campuran organisme, kayata metagenom lingkungan lan manungsa. Isine génom mikroorganisme sing bisa dibudidaya lan sing ora bisa diolah. Urutan metagenomik senapan karo NGS mbisakake nyinaoni lanskap genomik rumit iki sing diselehake ing conto lingkungan kanthi menehi luwih saka profiling taksonomi, menehi uga wawasan granular babagan keragaman spesies, dinamika kelimpahan, lan struktur populasi sing kompleks. Ngluwihi studi taksonomi, metagenomics shotgun uga nawakake perspektif genomik fungsional, ngidini eksplorasi gen sing dikode lan peran sing diduga ing proses ekologis. Pungkasan, panyiapan jaringan korélasi antarane unsur genetik lan faktor lingkungan nyumbang kanggo pemahaman holistik babagan interaksi rumit antarane komunitas mikroba lan latar mburi ekologis. Kesimpulane, urutan metagenomik minangka instrumen penting kanggo ngungkapake kerumitan genom saka komunitas mikroba sing maneka warna, madhangi hubungan multifaset antarane genetika lan ekologi ing ekosistem kompleks kasebut.
Platform: Illumina NovaSeq lan DNBSEQ-T7
Kaluwihan Service
●Metode Isolasi lan Tanpa Budidaya kanggo Profil Komunitas Mikroba: Ngaktifake urutan materi genetik saka organisme sing ora bisa diolah.
●Resolusi dhuwur: Ndeteksi spesies kurang kelimpahan ing sampel lingkungan.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif:Fokus ora mung ing keragaman taksonomi nanging uga ing keragaman fungsional masyarakat.
●Pengalaman ekstensif:Kanthi rekaman sukses nutup pirang-pirang proyek metagenomik ing macem-macem domain riset lan ngolah luwih saka 200.000 conto, tim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek.
Spesifikasi Layanan
| Platform urutan | Strategi Sequencing | Data dianjurake | Kontrol kualitas |
| Illumina NovaSeq utawa DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Requirements Layanan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Lemah / endhas: 2-3g
● Isi usus-kewan: 0,5-2g
● Isi usus-serangga: 0,1-0,25g
● Lumahing tanduran (sedimen sing diperkaya): 0,5-1g
● Duduh kaldu fermentasi enriched endhepan): 0,2-0,5g
● Fees (kewan gedhe): 0,5-2g
● Fees (mouse): 3-5biji
● Cairan lavage alveolar paru: kertas saring
● Swab vagina: 5-6 swab
● swab kulit/genital/saliva/jaringan lembut oral/faringeal swab/rektal swab: 2-3 swab
● Mikroorganisme lumahing: 5-6 swab
● Badan banyu/udara/biofilm: kertas saring
● Endofit: 2-3g
● Plaque Dental: 0,5-1g
Alur Kerja Layanan
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
Kalebu analisis ing ngisor iki:
● Sequencing kontrol kualitas data
● Déwan metagenome lan prediksi gen
● Anotasi gen
● Analisis keragaman alfa taksonomi
● Analisis fungsional komunitas: fungsi biologis, metabolisme, resistensi antibiotik
● Analisis babagan keragaman fungsional lan taksonomi:
Analisis keragaman beta
Analisis antarkelompok
Analisis korelasi: antarane faktor lingkungan lan komposisi lan keragaman OUT
Analisis fungsional: CARD resistensi antibiotik
Analisis diferensial saka jalur metabolik KEGG: peta panas saka jalur sing signifikan
Bhinéka Alpha distribusi taksonomi: indeks ACE
Beta bhinéka distribusi taksonomi: PCoA
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan urutan metagenome BMKGene karo Illumina liwat koleksi publikasi sing dipilih.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analisis metagenomik lan metabolomik saka owah-owahan isi usus trout pelangi (Oncorhynchus mykiss) sing kena infeksi virus nekrosis hematopoietik infèksius ing suhu banyu kultur sing beda-beda',Frontiers ing Mikrobiologi, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Komunitas mikroba, gen resistensi, lan risiko resistome ing tlaga kutha saka negara trofik sing beda: Hubungan internal lan pengaruh eksternal',Jurnal Kemajuan Bahan Mbebayani, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Analisis Metagenomik Ngungkapake Bedane Komposisi lan Fungsi Antarane Mikroorganisme Rumen Wedhus sing Gegandhengan Cairan lan Padhet',Frontiers ing Mikrobiologi, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikrobiota sing asale saka babi Ningxiang obese nyepetake metabolisme karnitin kanggo ningkatake deposisi asam lemak otot ing babi DLY tanpa lemak',Inovasi kasebut, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Wawasan metagenomik babagan risiko potensial saka sampah bio/plastik lan non-plastik sing bisa didegradasi ing sisih ndhuwur lan ngisor Muara Haihe, China',Ilmu Lingkungan Total, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
