Urutan Metagenomik -NGS
Metagenom iku kumpulan materi genetik total saka komunitas campuran organisme, kayata metagenom lingkungan lan manungsa. Metagenom iki ngandhut genom mikroorganisme sing bisa ditandur lan ora bisa ditandur. Sekuensing metagenomik shotgun nganggo NGS ngidini panliten babagan lanskap genomik sing rumit iki sing dilebokake ing sampel lingkungan kanthi nyedhiyakake luwih saka profil taksonomi, uga menehi wawasan rinci babagan keragaman spesies, dinamika kelimpahan, lan struktur populasi sing kompleks. Saliyane panliten taksonomi, metagenomik shotgun uga nawakake perspektif genomik fungsional, sing ngidini eksplorasi gen sing dikodekake lan peran putatif ing proses ekologis. Pungkasan, pembentukan jaringan korelasi antarane unsur genetik lan faktor lingkungan nyumbang kanggo pangerten holistik babagan interaksi sing rumit antarane komunitas mikroba lan latar mburi ekologis. Kesimpulane, sekuensing metagenomik minangka instrumen penting kanggo mbukak kerumitan genomik saka macem-macem komunitas mikroba, sing madhangi hubungan multifaset antarane genetika lan ekologi ing ekosistem kompleks iki.
Platform: Illumina NovaSeq lan DNBSEQ-T7
Kauntungan Layanan
●Metode Isolasi lan Tanpa Budidaya kanggo Profiling Komunitas MikrobaNggampangake sekuensing materi genetik saka organisme sing ora bisa ditanduri.
●Resolusi DhuwurNdeteksi spesies kanthi kelimpahan rendah ing sampel lingkungan.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif:Fokus ora mung ing keragaman taksonomi nanging uga ing keragaman fungsional komunitas kasebut.
●Pengalaman sing jembar:Kanthi rekam jejak sing kasil nutup pirang-pirang proyek metagenomik ing macem-macem domain riset lan ngolah luwih saka 200.000 sampel, tim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek.
Spesifikasi Layanan
| Platform sekuensing | Strategi Urutan | Data sing disaranake | Kontrol kualitas |
| Illumina NovaSeq utawa DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Syarat Layanan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Lemah/lumpur: 2-3g
● Isi usus-kewan: 0,5-2g
● Isi usus-serangga: 0,1-0,25g
● Lumahing tanduran (sedimen sing diperkaya): 0,5-1g
● Endapan sing diperkaya karo duduh kaldu fermentasi): 0,2-0,5g
● Feses (kewan gedhe): 0,5-2g
● Feses (tikus): 3-5 butir
● Cairan lavage alveolar paru: kertas saring
● Swab vagina: 5-6 swab
● Apusan kulit/kelamin/ludah/jaringan lunak oral/apusan faring/apusan rektum: 2-3 apusan
● Mikroorganisme permukaan: 5-6 swab
● Banyu/udara/biofilm: kertas saring
● Endofit: 2-3g
● Plak Gigi: 0,5-1g
Alur Kerja Layanan
Pangiriman conto
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
Kalebu analisis ing ngisor iki:
● Kontrol kualitas data urutan
● Perakitan metagenom lan prediksi gen
● Anotasi gen
● Analisis keragaman alfa taksonomi
● Analisis fungsional komunitas: fungsi biologis, metabolisme, resistensi antibiotik
● Analisis babagan keragaman fungsional lan taksonomi:
Analisis keragaman beta
Analisis antar-kelompok
Analisis korelasi: antarane faktor lingkungan lan komposisi lan keragaman OUT
Analisis fungsional: Resistensi antibiotik CARD
Analisis diferensial jalur metabolisme KEGG: peta panas jalur sing signifikan
Keragaman alfa saka distribusi taksonomi: indeks ACE
Keragaman beta saka distribusi taksonomi: PCoA
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan sekuensing metagenom BMKGene karo Illumina liwat koleksi publikasi sing dikuratori.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analisis metagenomik lan metabolomik babagan owah-owahan ing isi usus iwak trout pelangi (Oncorhynchus mykiss) sing kena infeksi virus nekrosis hematopoietik infeksius ing suhu banyu kultur sing beda',Wates ing Mikrobiologi, 14, kaca 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Komunitas mikroba, gen resistensi, lan risiko resistensi ing tlaga kutha saka macem-macem kahanan trofik: Pranala internal lan pengaruh eksternal',Jurnal Kemajuan Bahan Berbahaya, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Analisis Metagenomik Ngumumake Bedane Komposisi lan Fungsi Antarane Mikroorganisme Rumen Wedhus sing Ana gandhengane karo Cairan lan Padat',Wates ing Mikrobiologi, 13, kaca 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikrobiota sing asale saka babi Ningxiang sing lemu ngowahi metabolisme karnitin kanggo ningkatake deposisi asam lemak otot ing babi DLY sing ramping',Inovasi, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Wawasan metagenomik babagan risiko potensial saka plastik bio/non-degradable lan lebu non-plastik sing representatif ing sisih ndhuwur lan ngisor Muara Haihe, China',Ilmu Lingkungan Total, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
