Produk

Tanduran / Kewan De Novo Genome Sequencing

De Novosequencing nuduhake konstruksi saka kabèh genome spesies nggunakake teknologi urutan, contone, PacBio, Nanopore, NGS, etc., tanpa genom referensi.Peningkatan sing luar biasa ing dawa maca teknologi urutan generasi katelu wis nggawa kesempatan anyar kanggo ngumpulake genom kompleks, kayata sing heterozigositas dhuwur, rasio wilayah sing bola-bali dhuwur, poliploid, lan liya-liyane. ngrampungake unsur sing bola-bali, wilayah kanthi isi GC sing ora normal lan wilayah kompleks liyane.

Platform: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Platform Illumina NovaSeq

Hubungi Kita

Rincian Layanan

Asil Demo

Studi Kasus

Kaluwihan Service

1 Pangembangan-urutan-lan-bioinformatika-in-de-novo-genome-assembly

Pangembangan platform urutan lan bioinformatika ingsaikiperakitan génom

(Amarasinghe SL et al.,Biologi Genom, 2020)

● Mbangun génom novel lan ngapikake génom referensi sing ana kanggo spesies kapentingan.

● Akurasi sing luwih dhuwur, kontinuitas lan kelengkapan ing perakitan

● Mbangun sumber dhasar kanggo riset ing polimorfisme urutan, QTLs, editing gen, breeding, etc.

● Dilengkapi spektrum lengkap platform urutan generasi katelu: solusi perakitan genom siji-mandeg

● Strategi sekuensing lan ngumpulake fleksibel sing ngrampungake macem-macem génom kanthi fitur sing beda-beda

● Tim bioinformatika sing trampil kanthi pengalaman apik ing rakitan genom sing kompleks, kalebu poliploid, genom raksasa, lsp.

● Luwih saka 100 kasus sing sukses kanthi faktor pengaruh sing diterbitake akumulatif luwih saka 900

● Turn-around-time secepat 3 sasi kanggo perakitan genom tingkat kromosom.

● Dhukungan teknis sing solid kanthi seri paten lan hak cipta piranti lunak ing sisih eksperimen lan bioinformatika.

Spesifikasi Layanan

Isi

Platform

Dawane maca

Cakupan

Survey Genom

Illumina NovaSeq

PE150

≥ 50X

Urutan Genome

PacBio Revio

15 kb HiFi Wacan

≥ 30X

Hi-C

Illumina NovaSeq

PE150

≥100X

Aliran kerja

Syarat Sampel lan Pangiriman

Syarat Sampel:

Spesies	Tisu	Kanggo PacBio	Kanggo Nanopore
kewan	Organ visceral (ati, limpa, lsp)	≥ 1,0 g	≥ 3,5 g
	Otot	≥ 1,5 g	≥ 5,0 g
	Getih mamalia	≥ 1,5 ml	≥ 5,0 ml
	Getih iwak utawa manuk	≥ 0,2 ml	≥ 0,5 ml
Tanduran	Godhong seger	≥ 1,5 g	≥ 5,0 g
	Petal utawa stem	≥ 3,5 g	≥ 10,0 g
	Oyod utawa wiji	≥ 7,0 g	≥ 20,0 g
sel	Kultur sel	≥ 3×10⁷	≥ 1×10⁸

Pangiriman Sampel sing Disaranake

Wadah: 2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)
Kanggo umume conto, disaranake supaya ora disimpen ing etanol.
Labeling sampel: Sampel kudu diwenehi label kanthi jelas lan padha karo formulir informasi sampel sing dikirim.
Kintunan: Es garing: Sampel kudu dibungkus dhisik ing kantong lan dikubur ing es garing.

Alur Kerja Layanan

Desain eksperimen

pangiriman sampel

Ekstraksi DNA

Konstruksi perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Layanan sawise-sale

Sadurunge: Manungsa Whole Exome Sequencing

Sabanjure: Majelis Genome adhedhasar Hi-C

*Asil demo sing ditampilake ing kene kabeh saka génom sing diterbitake karo Biomarker Technologies

1.Circos ing kromosom-tingkat genome Déwan sakaG. rotundifoliumdening platform urutan Nanopore

3Circos-on-genomic-features-of-cotton-genom

Wang M et al.,Biologi Molekuler lan Evolusi, 2021

2. Statistik perakitan genom rye Weining lan anotasi

4 Statistik-of-genome-assembly-lan-anotasi

Li G et al.,Genetika Alam, 2021

3. Prediksi gen sakaSechium edulegenom, asalé saka telung cara prediksi:Saikiprediksi, prediksi basis Homology lan prediksi adhedhasar data RNA-Seq

5 Prediksi gen

Fu A et al.,Riset Hortikultura, 2021

4.Identifikasi baleni terminal dawa utuh ing telung génom katun

6Identifikasi-genom-elemen-repetitif

Wang M et al.,Biologi Molekuler lan Evolusi, 2021

5.Hi-C peta panas sakaC. acuminatagenom nuduhake interaksi kabeh-by-kabeh genom.Intensitas interaksi Hi-C sebanding karo jarak linear antarane contigs.Garis lurus sing resik ing peta panas iki nuduhake anchoring contigs sing akurat banget ing kromosom.(Rasio jangkar contig: 96,03%)

7Hi-C-heat-map-on-assembled-sequencing-anchoring

kang M et al.,Komunikasi Alam,2021

Kasus BMK

Rakitan genom berkualitas tinggi nyorot karakteristik genomik rye lan gen agronomis sing penting

Diterbitake: Genetika Alam, 2021

Strategi urutan:

Rakitan genom: Mode PacBio CLR kanthi perpustakaan 20 kb (497 Gb, kira-kira 63×)
Koreksi urutan: NGS kanthi perpustakaan DNA 270 bp (430 Gb, kira-kira 54 ×) ing platform Illumina
Contigs anchoring: Hi-C library(560 Gb, approx. 71×) on Illumina platform
Peta optik: (779,55 Gb, kira-kira 99 ×) ing Bionano Irys

Asil kunci

1. Majelis genom rye Weining diterbitake kanthi ukuran genom total 7,74 Gb (98,74% saka perkiraan ukuran genom miturut cytometry aliran).Scaffold N50 saka perakitan iki entuk 1,04 Gb.93,67% contigs kasil dipasang ing 7 pseudo-kromosom.Majelis iki dievaluasi kanthi peta linkage, LAI lan BUSCO, sing ngasilake skor dhuwur ing kabeh evaluasi.

2. Pasinaon luwih lanjut babagan genomik komparatif, peta hubungan genetik, studi transkriptomi ditindakake ing basis genom iki.Serangkaian fitur genom sing gegandhengan karo sifat-sifat kasebut dicethakaké kalebu duplikasi gen sing amba genom lan pengaruhe marang gen biosintesis pati;organisasi fisik lokus prolamin Komplek, fitur ekspresi gen sing ndasari sipat judhul awal lan wilayah kromosom sing gegandhengan karo domestikasi lan lokus ing rye.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Diagram Circos babagan fitur genom saka genom rye Weining

Analisis sintetik evolusi lan kromosom saka genom rye

Referensi

Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Rakitan genom berkualitas tinggi nyorot karakteristik genomik rye lan gen agronomis sing penting.Nat Genet 53,574–584 (2021).

https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z