Tanduran / Kewan De Novo Genome Sequencing
De NovoSekuensing nuduhake konstruksi genom sakabèhé spesies nggunakake teknologi sekuensing tanpa genom referensi. Pengenalan lan adopsi sekuensing generasi katelu sing nyebar, sing nampilake bacaan sing luwih dawa, wis ningkatake perakitan genom kanthi signifikan kanthi nambah tumpang tindih antarane bacaan. Peningkatan iki utamane relevan nalika ngatasi genom sing tantangan, kayata sing nuduhake heterozigositas sing dhuwur, rasio wilayah sing bola-bali, poliploid, lan wilayah kanthi unsur sing bola-bali, isi GC sing ora normal, utawa kerumitan dhuwur sing biasane dirakit kanthi ora apik mung nggunakake sekuensing bacaan cendhak.
Solusi siji-mandeg kita nyedhiyakake layanan sekuensing terpadu lan analisis bioinformatika sing ngasilake genom rakitan de novo sing berkualitas tinggi. Survei genom awal karo Illumina nyedhiyakake prakiraan ukuran lan kerumitan genom, lan informasi iki digunakake kanggo nuntun langkah sabanjure saka sekuensing maca dawa nganggo PacBio HiFi, diterusake karoanyarperakitan kontinjensi. Panggunaan perakitan HiC sabanjure ngidini penambatan kontinjensi menyang genom, entuk perakitan tingkat kromosom. Pungkasan, genom kasebut diwenehi anotasi dening prediksi gen lan kanthi ngurutake gen sing diekspresikan, nggunakake transkriptom kanthi bacaan cendhak lan dawa.
Fitur Layanan
● Integrasi layanan sekuensing ganda lan bioinformatika ing solusi siji-mandeg:
Survei genom karo Illumina kanggo ngira-ira ukuran genom lan nuntun langkah-langkah sabanjure;
Urutan maca dawa kanggoanyarperakitan contigs;
Sekuensing Hi-C kanggo penahan kromosom;
sekuensing mRNA kanggo anotasi gen;
Validasi perakitan kasebut.
● Layanan sing cocog kanggo mbangun genom anyar utawa ningkatake genom referensi sing wis ana kanggo spesies sing diminati.
Kauntungan Layanan
Pangembangan platform sekuensing lan bioinformatika inganyarperakitan genom
(Amarasinghe SL dkk.,Biologi Genom, 2020)
●Cathetan Keahlian lan Publikasi sing EkstensifBMKGene wis nglumpukake pengalaman sing akeh banget ing perakitan genom berkualitas tinggi saka macem-macem spesies, kalebu genom diploid lan genom spesies poliploid lan alopoliploid sing kompleks banget. Wiwit taun 2018, kita wis nyumbang luwih saka300 publikasi sing nduweni dampak dhuwur, lan 20+ publikasi kasebut diterbitake ing Nature Genetics.
● Solusi Siji MandegPendekatan terpadu kita nggabungake pirang-pirang teknologi sekuensing lan analisis bioinformatika dadi alur kerja sing kohesif, ngasilake genom rakitan sing berkualitas tinggi.
●Disesuaikan karo KebutuhanmuAlur kerja layanan kita bisa disesuaikan, ngidini adaptasi kanggo genom kanthi fitur sing maneka warna lan kabutuhan riset tartamtu. Iki kalebu nampung genom raksasa, genom poliploid, genom heterozigot sing dhuwur banget, lan liya-liyane.
●Tim Bioinformatika lan Laboratorium sing trampil bangetkanthi pengalaman gedhe ing babagan eksperimen lan bioinformatika saka rakitan genom sing kompleks lan serangkaian paten lan hak cipta piranti lunak.
●Dhukungan Pasca-Penjualan:Komitmen kita ngluwihi rampunging proyek kanthi periode layanan purna jual 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, lan sesi tanya jawab kanggo njawab pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Spesifikasi Layanan
| Survei genom | Perakitan genom | Tingkat kromosom | Anotasi Genom |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi maca | 100X Dhuwur-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (opsional) RNA-seq PacBio dawane lengkap 40 Gb utawa Nanopore 12 Gb |
Syarat Layanan
Kanggo Survei Genom, Perakitan Genom, lan Perakitan Hi-C:
| Asam nukleat jaringan utawa sing diekstrak | Survei Genom | Perakitan Genom nganggo PacBio | Perakitan Hi-C |
| Jeroan Kewan | ≥ 0,2 g
| ≥ 1 g | ≥ 1 g |
| Otot Kewan | |||
| Getih Mamalia | ≥ 0,3 mL | ≥ 1 ml | ≥ 2 ml |
| Getih Unggas/Iwak | ≥ 0,05 mL | ≥ 0,1 mL | |
| Tanduran - Godhong Seger | ≥ 0,5 g | ≥ 2 g | ≥ 2 g |
| Sel sing Dikultur | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 1x107 |
| Serangga | ≥ 0,2 g | ≥ 1 g | ≥ 1 g |
| Organisme akuatik – Jaringan otot | ≥ 0,3 g | ≥ 1,5 g | ≥ 1.0 g |
| Organisme akuatik – Alga | ≥ 0,5 g | ≥ 3.0 g | ≥ 2.0 g |
| DNA sing diekstrak | Konsentrasi: ≥1 ng/µL Jumlah ≥ 30 ng Degradasi utawa kontaminasi winates utawa ora ana | Konsentrasi: ≥ 50 ng/µL Jumlah: 8 µg/sel aliran/sampel OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 Degradasi utawa kontaminasi winates utawa ora ana |
-
|
Kanggo anotasi genom nganggo transkriptomik:
| Asam nukleat jaringan utawa sing diekstrak | Transkriptom Illumina | Transkriptom PacBio | Transkriptom Nanopore |
| Tanduran - Oyot/Batang/Kelopak | 450 mg | 600 mg | |
| Tanduran - Godhong/Wiji | 300 mg | 300 mg | |
| Tanduran - Woh-wohan | 1.2 g | 1.2 g | |
| Jantung/Usus Kewan | 300 mg | 300 mg | |
| Jeroan/Otak Kewan | 240 mg | 240 mg | |
| Otot Kewan | 450 mg | 450 mg | |
| Balung/Rambut/Kulit Kewan | 1 gram | 1 gram | |
| Arthropoda - Serangga | 6 | 6 | |
| Arthropoda - Krustasea | 300 mg | 300 mg | |
| Getih utuh | 1 tabung | 1 tabung | |
| RNA sing diekstrak | Konsentrasi: ≥ 20 ng/µL Jumlah ≥ 0,3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Konsentrasi: ≥ 100 ng/µL Jumlah ≥ 1 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Konsentrasi: ≥ 100 ng/µL Jumlah ≥ 1 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadhah: tabung centrifuge 2 ml (Foil timah ora disaranake)
(Kanggo umume sampel, disaranake supaya ora diawetake ing etanol.)
Label conto: Sampel kudu diwenehi label kanthi jelas lan padha karo formulir informasi conto sing dikirim.
Pangiriman: Es garing: Sampel kudu dikemas ing kantong dhisik lan dikubur ing es garing.
Alur kerja
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pangiriman conto
Ekstraksi DNA
Konstruksi perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan sawise dodolan
Analisis bioinformatika lengkap, dipérang dadi 4 langkah:
1) Survei genom, adhedhasar analisis k-mer nganggo NGS maca:
Perkiraan ukuran genom
Estimasi heterozigositas
Perkiraan wilayah sing bola-bali
2) Perakitan Genom nganggo PacBio HiFi:
Anyarperakitan
Penilaian perakitan: kalebu analisis BUSCO kanggo kelengkapan genom lan pemetaan mburi bacaan NGS lan PacBio HiFi
3) Perakitan Hi-C:
QC perpustakaan Hi-C: estimasi interaksi Hi-C sing valid
Perakitan Hi-C: kluster contigs ing klompok, diterusake karo urutan contig ing saben klompok lan menehi orientasi contig
Evaluasi Hi-C
4) Anotasi genom:
Prediksi RNA non-koding
Identifikasi urutan sing bola-bali (transposon lan pengulangan tandem)
Prediksi gen
§Anyaralgoritma ab initio
§ Adhedhasar homologi
§ Adhedhasar transkriptom, kanthi bacaan dawa lan cendhak: bacaan kasebutanyardirakit utawa dipetakan menyang draf genom
§ Anotasi gen sing diprediksi nganggo pirang-pirang basis data
1) Survei Genom - analisis k-mer
2) Perakitan Genom
2) Perakitan Genom – PacBio HiFi maca pemetaan menyang draf perakitan
2) Hi-C Assembly – prakiraan pasangan interaksi Hi-C sing valid
3) Evaluasi pasca-perakitan Hi-C
4) Anotasi Genom – integrasi gen sing diprediksi
4) Anotasi genom – anotasi gen sing diprediksi
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan perakitan genom de novo BMKGene liwat koleksi publikasi sing dikuratori:
Li, C. et al. (2021) 'Urutan genom nuduhake rute panyebaran global lan menehi saran adaptasi genetik konvergen ing evolusi jaran laut', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Owah-owahan Kromosom Skala Gedhe Nyebabake Owah-owahan Ekspresi Tingkat Genom, Adaptasi Lingkungan, lan Spesiasi ing Gayal (Bos frontalis)', Biologi Molekuler lan Evolusi, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Perakitan genom lan diseksi genetik saka plasma nutfah jagung tahan kekeringan sing misuwur', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Ngungkapake evolusi biosintesis alkaloid tropane kanthi nganalisis rong genom ing kulawarga Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Studi kasus sing tantangan:
Perakitan telomer-ke-telomer:Fu, A. et al. (2023) 'Rakitan genom telomere-ke-telomere saka pare (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) nuduhake perkembangan woh, komposisi lan karakteristik genetik pematangan', Horticulture Research, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Perakitan haplotipe:Hu, W. et al. (2021) 'Genom sing ditemtokake alel nuduhake diferensiasi biallelik sajrone evolusi singkong', Molecular Plant, 14(6), pp. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Perakitan genom raksasa:Yuan, J. et al. (2022) 'Dasar genomik kromosom giga lan genom giga saka peony wit Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), pp. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Perakitan genom poliploid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Wawasan genomik babagan reduksi kromosom anyar saka tebu autopoliploid Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), pp. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
